SAMN02116460
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-05-03T12:29:27.923Z
INSDC first public
2013-05-06T13:58:29.537Z
INSDC last update
SRS418810
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS418810
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (AGGC,BREAD-90096;TCAAGTT,BREAD-90192;ATGACGC,BREAD-90291;CGCTTGAA,BREAD-100018;GATT,BREAD-90103;GATCATA,BREAD-90202;TATTGCA,BREAD-90299;ATCGGTGT,BREAD-100026;CGAA,BREAD-90111;GCATTGA,BREAD-90210;GGATATC,BREAD-90307;CCTACCGA,BREAD-100034;GTCC,BREAD-90119;CAGGTAT,BREAD-90217;CCGAGCT,BREAD-90315;GGACAATA,BREAD-100042;ACAT,BREAD-90127;TGCAATA,BREAD-90227;TTGATAC,BREAD-90323;AACGGAAT,BREAD-100050;GCGA,BREAD-90093;ATATCGT,BREAD-90235;CACGACT,BREAD-90331;TCGATGGT,BREAD-100058;TGCT,BREAD-90143;AGTCTAT,BREAD-90243;ATCTAGC,BREAD-90338;GTTCATTA,BREAD-100066;CCTC,BREAD-90151;GTCTGAA,BREAD-90251;TGAATTC,BREAD-90346;GAATCGAA,BREAD-100073;AACA,BREAD-90159;ATCAGTT,BREAD-90259;CGGCTCA,BREAD-90354;CATGGTGT,BREAD-100081;CTGT,BREAD-90167;CAGTTGA,BREAD-90267;GGTACAC,BREAD-90362;TGGCTATT,BREAD-100089;TAAC,BREAD-90175;TGTGCAA,BREAD-90275;AATGTCT,BREAD-100002;ACCACCGT,BREAD-100097;CTCGA,BREAD-90183;CGACAGT,BREAD-90283;TCATGAC,BREAD-100010;CTATGTAA,BREAD-100105;ACCGT,Blank;ACGTGTA,BREAD-90193;TTCGGAC,BREAD-90292;AACGAGTA,BREAD-100019;CGTCA,BREAD-90104;GATGCAT,BREAD-90203;GCTTAGC,BREAD-90300;CCGACCAT,BREAD-100027;TCGCA,BREAD-90112;CTAATGT,BREAD-90211;ACTGCCA,BREAD-90308;TGTCTTAA,BREAD-100035;CGCAT,BREAD-90120;GTCGATA,BREAD-90218;TAGTACT,BREAD-90316;GTATACTA,BREAD-100043;GCACT,BREAD-90128;TATACGT,BREAD-90228;GACACTC,BREAD-90324;TGTGCAGT,BREAD-100051;AGCTA,BREAD-90136;GCGTAAT,BREAD-90236;CGAGTAC,BREAD-90332;ATGCTGGT,BREAD-100059;CAGCT,BREAD-90144;AGCGTTA,BREAD-90244;ATATGTC,BREAD-90339;GCAAGTAA,BREAD-100067;TCAGC,BREAD-90152;ATCCGGA,BREAD-90252;TGGACCT,BREAD-90347;CAGGAATA,BREAD-100074;CATGC,BREAD-90160;TCAGTAT,BREAD-90260;CATATGC,BREAD-90355;GTCTGGAT,BREAD-100082;GCTAC,BREAD-90168;CAATGTT,BREAD-90268;TTCGCCA,BREAD-90363;CACCACGT,BREAD-100090;CTGAC,BREAD-90176;GTTACGA,BREAD-90276;AGTTACT,BREAD-100003;TCATTGTA,BREAD-100098;GACTC,BREAD-90184;TGCATAT,BREAD-90284;GTGCCAC,BREAD-100011;GGTTCATT,BREAD-100106;ACGTC,BREAD-90097;CAGCGTA,BREAD-90194;ACCGGTC,BREAD-90293;AAGATCGA,BREAD-100020;CGATC,BREAD-90105;AGTTCGA,BREAD-90204;CGGTAGC,BREAD-90301;CGAAGAAT,BREAD-100028;ATGCGT,BREAD-90113;GCTAATT,BREAD-90212;GCAGTTC,BREAD-90309;TCTGATTA,BREAD-100036;TCCAGT,BREAD-90121;ACGCTGA,BREAD-90220;TATAGTC,BREAD-90317;ATCTCTGA,BREAD-100044;GCTTGA,BREAD-90129;TAAGCTT,BREAD-90229;ACTCCGC,BREAD-90325;AAGCAGAT,BREAD-100052;TCCGTA,BREAD-90137;CTTAGAT,BREAD-90237;GTATTAC,BREAD-90333;TGCGGATT,BREAD-100060;TCGGAT,BREAD-90145;TGATACA,BREAD-90245;TGAGCGC,BREAD-90340;CTCCTCGA,BREAD-100068;GTCTTA,BREAD-90153;ACCGAGT,BREAD-90253;GAGTCGC,BREAD-90348;GGTACTAT,BREAD-100075;CGGAGT,BREAD-90161;GTACTTA,BREAD-90261;ATTGATC,BREAD-90356;ACAGGATA,BREAD-100083;CGTCTA,BREAD-90169;ATGTCAA,BREAD-90269;TCCACGC,BREAD-90364;GATCTGGT,BREAD-100091;CACGTT,BREAD-90177;CACAGGT,BREAD-90277;GTTATTC,BREAD-100004;CTGAAGAA,BREAD-100099;GTTAGC,BREAD-90185;GGTGGCA,BREAD-90285;ATGCACC,BREAD-100012;TCCGCCAA,BREAD-100107;AGCATT,BREAD-90098;CTGAATT,BREAD-90197;TATGTAC,BREAD-90294;ATATTCGT,BREAD-100021;CTCCGA,BREAD-90106;TCGTTAA,BREAD-90205;AGACAAGT,BREAD-90302;CGGTGATT,BREAD-100029;TTGGCA,BREAD-90114;TGATCAT,BREAD-90213;GGCCGAGT,BREAD-90310;TATGCTGA,BREAD-100037;CCACGT,BREAD-90122;CGTCGGA,BREAD-90221;AACAAGGT,BREAD-90318;GAACAGTT,BREAD-100045;GATGTC,BREAD-90130;GACTATT,BREAD-90230;TAACGAGA,BREAD-90326;ACGATTAA,BREAD-100053;TGTTAC,BREAD-90138;TAGGTCA,BREAD-90238;ATACAGGA,BREAD-90334;GGTTACGT,BREAD-100061;CAGTTA,BREAD-90146;GCAACGT,BREAD-90246;CACAGAGT,BREAD-90341;TTACGGTA,Blank;GCCTAT,BREAD-90154;ACTTGAT,BREAD-90254;CGGCAGGT,BREAD-90349;CACGCCAT,BREAD-100076;AGTGGC,BREAD-90162;TCTGATA,BREAD-90262;GCGCGTGA,BREAD-90357;TCGAGATA,BREAD-100084;TGACCT,BREAD-90170;ATAGTCA,BREAD-90270;ACAATGGA,BREAD-90365;AGAACTGA,BREAD-100092;TTGCAC,BREAD-90178;TAGCCAT,BREAD-90278;ACAAGAGT,BREAD-100005;GTTCTAAT,BREAD-100100;CTAGCT,BREAD-90186;AGGAGTC,BREAD-90286;GAACATGA,BREAD-100013;CCTTAGAA,BREAD-100108;TAGTGC,BREAD-90099;GTAGAGC,BREAD-90198;CAAGAAGT,BREAD-90295;GACTGTGT,BREAD-100022;GTTCCA,BREAD-90107;GACCTAT,BREAD-90206;GTCATGGT,BREAD-90303;CGCGCCTA,BREAD-100030;TGAATC,BREAD-90115;CATTAGT,BREAD-90214;AACAGTGA,BREAD-90311;TTGCATAT,BREAD-100038;CGCCAT,BREAD-90123;ATTAGCA,BREAD-90222;GTGCAAGA,BREAD-90319;GCTATAGA,BREAD-100046;ATCGTC,BREAD-90131;GAATCTA,BREAD-90231;CAATAGGA,BREAD-90327;ACAGCCTT,BREAD-100054;GTCACT,BREAD-90139;TGTCATT,BREAD-90239;TGCAGTGT,BREAD-90335;CTGTGGTA,BREAD-100062;CATCGC,BREAD-90147;GCCAGAT,BREAD-90247;AGGCTAGA,BREAD-90342;TGCTTAAT,BREAD-100069;AGGTCT,BREAD-90155;CCAGGTA,BREAD-90255;CTAGTGGT,BREAD-90350;AATGACGA,BREAD-100077;CCTGCA,BREAD-90163;TGGCAAC,BREAD-90263;GCTAGTGT,BREAD-90358;AGAACGAT,BREAD-100085;GTACTC,BREAD-90171;ATGATCT,BREAD-90271;GCTGCGGA,BREAD-90366;GTGCGATT,BREAD-100093;ACCTGC,BREAD-90179;CATGTTA,BREAD-90279;TCGCAAGT,BREAD-100006;CTAATTGA,BREAD-100101;CTTGAC,BREAD-90187;TGTAAGC,BREAD-90287;CGATGTGT,BREAD-100014;TAGCAGTA,BREAD-100109;ACCGCT,BREAD-90100;ACGGCAT,BREAD-90199;AACGTAGA,BREAD-90296;TCCGATAT,BREAD-100023;GCTCAC,BREAD-90108;TTCTTGA,BREAD-90207;CTCACGGA,BREAD-90304;GCCTCCGA,BREAD-100031;CTATGC,BREAD-90116;GGACCTT,Blank;TAGCGTGT,BREAD-90312;AGTCGTGT,BREAD-100039;CAGCCT,BREAD-90124;GTGTACA,BREAD-90223;ACGTAAGA,BREAD-90320;CATGTATT,BREAD-100047;GCCATC,BREAD-90132;TAGCGGC,BREAD-90232;CGTATGGT,BREAD-90328;TGAAGCAA,BREAD-100055;CGCTCA,BREAD-90140;CGCTTAA,BREAD-90240;GTACGTGT,BREAD-90336;GCATTGGT,BREAD-100063;ACGCTC,BREAD-90148;GATAGCT,BREAD-90248;TTCGAAGA,BREAD-90343;AAGCGATA,BREAD-100070;CTGATC,BREAD-90156;AGAGCCT,BREAD-90256;AATACGGA,BREAD-90351;GTCAATAT,BREAD-100078;CCAGTC,BREAD-90164;TACGAGC,BREAD-90264;TGACTGGT,BREAD-90359;CGGCCGTA,BREAD-100086;TACGCC,BREAD-90172;TTGACTA,BREAD-90272;GCGGATGT,BREAD-90367;TTAGTCGA,BREAD-100094;CCGTAC,BREAD-90092;CGCCGAT,BREAD-90280;CATTGAGA,BREAD-100007;GACTCAAT,BREAD-100102;TCGACC,BREAD-90188;AATTGGC,BREAD-90288;GTAACAGA,BREAD-100015;ACTAGGAA,BREAD-100110;GCATCC,BREAD-90101;ATACTGC,BREAD-90200;AGCTTGGT,BREAD-90297;CGCAACTT,BREAD-100024;CGTACC,BREAD-90109;GCGGCTA,BREAD-90208;ACAGATGA,BREAD-90305;TCGGTTGA,BREAD-100032;ATTCAGT,BREAD-90117;CGTTATA,BREAD-90215;CAGTTGGT,BREAD-90313;AATTCTGT,BREAD-100040;TATCTGA,BREAD-90125;TTAGACT,BREAD-90225;TGCAAGAA,BREAD-90321;CTAGAGTA,BREAD-100048;TTCAAGT,BREAD-90133;AGGTTAC,BREAD-90233;ACTCGAGA,BREAD-90329;GCGCGCAT,BREAD-100056;GAGCAGT,BREAD-90141;GGCAACT,BREAD-90241;GGAGCTGT,BREAD-90337;CGATTAGA,BREAD-100064;TCTAGGA,BREAD-90149;TCACCGA,BREAD-90249;CTGAGTGT,BREAD-90344;ATTCAGTT,BREAD-100071;ACACGGT,BREAD-90157;AAGGTTC,BREAD-90257;GATCAGAA,BREAD-90352;TTGACAAT,BREAD-100079;GACGTGA,BREAD-90165;CTAGCAT,BREAD-90265;TGCATAGA,BREAD-90360;TACGTTAA,BREAD-100087;TCATAGT,BREAD-90173;AGCTGCA,BREAD-90273;GAACGAAT,BREAD-90368;AGATACGA,BREAD-100095;TTACGAT,BREAD-90181;AGTACTT,BREAD-90281;TTGGCGGA,BREAD-100008;GCTGGATT,BREAD-100103;GGCTAGA,BREAD-90189;TAATTGC,BREAD-90289;CGCCGCAT,BREAD-100016;GACACCTT,BREAD-100111;AATCGTT,BREAD-90102;GCTGGAC,BREAD-90201;ACGTGTGT,BREAD-90298;CCGCCTAA,BREAD-100025;CTATGGA,BREAD-90110;GTCATCA,BREAD-90209;CAAGTGAA,BREAD-90306;TTCTTGGA,BREAD-100033;TACGGTA,BREAD-90118;CAGTGAC,BREAD-90216;GTTAACGA,BREAD-90314;CAACGCTT,BREAD-100041;ACTATGT,BREAD-90126;GCACACT,BREAD-90226;TCGTGGAT,BREAD-90322;AGCAGATA,BREAD-100049;CGTGAAT,BREAD-90134;AAGTCTT,BREAD-90234;AGCGATAA,BREAD-90330;TCTTAGGT,BREAD-100057;TTGCAGA,BREAD-90142;TGTATCA,BREAD-90242;CCACCAGT,Blank;GTGGCTAT,BREAD-100065;AACTTGT,BREAD-90150;CTGGAAC,BREAD-90250;GGCGTGTA,BREAD-90345;AGACTGAA,BREAD-100072;TGACGTA,BREAD-90158;ATTCGAC,BREAD-90258;AAGACAGT,BREAD-90353;CATAATGA,BREAD-100080;GCTATAA,BREAD-90166;CAAGATC,BREAD-90266;TTGTGCGA,BREAD-90361;GTGTCAGT,BREAD-100088;ATCGTAT,BREAD-90174;TCGCGCA,BREAD-90274;GAAGACAT,BREAD-100001;AGTGGCTT,BREAD-100096;TACTGAT,BREAD-90182;AGTGTGC,BREAD-90282;TGTCAAGA,BREAD-100009;CCACTGCA,BREAD-100104;CTTGAGA,BREAD-90191;GAATTCT,BREAD-90290;GCGAGGTT,BREAD-100017;TACAGGAT,BREAD-100112;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title