SAMN02116464
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-05-03T12:29:26.707Z
INSDC first public
2013-05-06T14:09:40.210Z
INSDC last update
SRS418814
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS418814
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (AGGC,BREAD_110979;TCAAGTT,BREAD_111074;ATGACGC,BREAD_111169;CGCTTGAA,BREAD_70046;GATT,BREAD_110987;GATCATA,BREAD_111082;TATTGCA,BREAD_111177;ATCGGTGT,BREAD_70057;CGAA,BREAD_110995;GCATTGA,BREAD_111090;GGATATC,BREAD_111185;CCTACCGA,BREAD_70066;GTCC,BREAD_111003;CAGGTAT,BREAD_111098;CCGAGCT,BREAD_111193;GGACAATA,BREAD_70077;ACAT,BREAD_111011;TGCAATA,BREAD_111106;TTGATAC,BREAD_111201;AACGGAAT,BREAD_70087;GCGA,BREAD_111019;ATATCGT,BREAD_111114;CACGACT,BREAD_111209;TCGATGGT,BREAD_70100;TGCT,BREAD_111027;AGTCTAT,BREAD_111122;ATCTAGC,BREAD_111217;GTTCATTA,BREAD_70113;CCTC,BREAD_111034;GTCTGAA,Blank;TGAATTC,BREAD_70007;GAATCGAA,BREAD_70121;AACA,BREAD_111042;ATCAGTT,BREAD_111137;CGGCTCA,BREAD_70015;CATGGTGT,BREAD_70129;CTGT,BREAD_111050;CAGTTGA,BREAD_111145;GGTACAC,BREAD_70022;TGGCTATT,BREAD_70140;TAAC,BREAD_111058;TGTGCAA,BREAD_111153;AATGTCT,BREAD_70030;ACCACCGT,BREAD_70150;CTCGA,BREAD_111066;CGACAGT,BREAD_111161;TCATGAC,BREAD_70038;CTATGTAA,BREAD_70159;ACCGT,BREAD_110980;ACGTGTA,BREAD_111075;TTCGGAC,BREAD_111170;AACGAGTA,BREAD_70047;CGTCA,BREAD_110988;GATGCAT,BREAD_111083;GCTTAGC,BREAD_111178;CCGACCAT,BREAD_70058;TCGCA,BREAD_110996;CTAATGT,BREAD_111091;ACTGCCA,BREAD_111186;TGTCTTAA,BREAD_70068;CGCAT,BREAD_111004;GTCGATA,BREAD_111099;TAGTACT,BREAD_111194;GTATACTA,BREAD_70078;GCACT,BREAD_111012;TATACGT,BREAD_111107;GACACTC,BREAD_111202;TGTGCAGT,BREAD_70088;AGCTA,BREAD_111020;GCGTAAT,BREAD_111115;CGAGTAC,BREAD_111210;ATGCTGGT,BREAD_70104;CAGCT,BREAD_111028;AGCGTTA,BREAD_111123;ATATGTC,BREAD_2769;GCAAGTAA,BREAD_70114;TCAGC,BREAD_111035;ATCCGGA,BREAD_111130;TGGACCT,BREAD_70008;CAGGAATA,BREAD_70122;CATGC,BREAD_111043;TCAGTAT,BREAD_111138;CATATGC,BREAD_70016;GTCTGGAT,BREAD_70130;GCTAC,BREAD_111051;CAATGTT,BREAD_111146;TTCGCCA,BREAD_70023;CACCACGT,BREAD_70142;CTGAC,BREAD_111059;GTTACGA,BREAD_111154;AGTTACT,BREAD_70031;TCATTGTA,BREAD_70152;GACTC,BREAD_111067;TGCATAT,BREAD_111162;GTGCCAC,BREAD_70039;GGTTCATT,BREAD_70161;ACGTC,BREAD_110981;CAGCGTA,BREAD_111076;ACCGGTC,BREAD_111171;AAGATCGA,BREAD_70050;CGATC,BREAD_110989;AGTTCGA,BREAD_111084;CGGTAGC,BREAD_111179;CGAAGAAT,BREAD_70059;ATGCGT,BREAD_110997;GCTAATT,BREAD_111092;GCAGTTC,BREAD_111187;TCTGATTA,BREAD_70069;TCCAGT,BREAD_111005;ACGCTGA,BREAD_111100;TATAGTC,BREAD_111195;ATCTCTGA,BREAD_70080;GCTTGA,BREAD_111013;TAAGCTT,BREAD_111108;ACTCCGC,BREAD_111203;AAGCAGAT,BREAD_70089;TCCGTA,BREAD_111021;CTTAGAT,BREAD_111116;GTATTAC,BREAD_111211;TGCGGATT,BREAD_70105;TCGGAT,BREAD_111029;TGATACA,BREAD_111124;TGAGCGC,BREAD_70001;CTCCTCGA,BREAD_70115;GTCTTA,BREAD_111036;ACCGAGT,BREAD_111131;GAGTCGC,BREAD_70009;GGTACTAT,BREAD_70123;CGGAGT,BREAD_111044;GTACTTA,BREAD_111139;ATTGATC,BREAD_70017;ACAGGATA,BREAD_70131;CGTCTA,BREAD_111052;ATGTCAA,BREAD_111147;TCCACGC,BREAD_70024;GATCTGGT,BREAD_70143;CACGTT,BREAD_111060;CACAGGT,BREAD_111155;GTTATTC,BREAD_70032;CTGAAGAA,BREAD_70153;GTTAGC,BREAD_111068;GGTGGCA,BREAD_111163;ATGCACC,BREAD_70040;TCCGCCAA,BREAD_70164;AGCATT,BREAD_110982;CTGAATT,BREAD_111077;TATGTAC,BREAD_111172;ATATTCGT,BREAD_70051;CTCCGA,BREAD_110990;TCGTTAA,BREAD_111085;AGACAAGT,BREAD_111180;CGGTGATT,BREAD_70060;TTGGCA,BREAD_110998;TGATCAT,BREAD_111093;GGCCGAGT,BREAD_111188;TATGCTGA,BREAD_70070;CCACGT,BREAD_111006;CGTCGGA,BREAD_111101;AACAAGGT,BREAD_111196;GAACAGTT,BREAD_70082;GATGTC,BREAD_111014;GACTATT,BREAD_111109;TAACGAGA,BREAD_111204;ACGATTAA,BREAD_70090;TGTTAC,BREAD_111022;TAGGTCA,BREAD_111117;ATACAGGA,BREAD_111212;GGTTACGT,BREAD_70108;CAGTTA,BREAD_111030;GCAACGT,BREAD_111125;CACAGAGT,BREAD_70002;TTACGGTA,BREAD_70116;GCCTAT,BREAD_111037;ACTTGAT,BREAD_111132;CGGCAGGT,BREAD_70010;CACGCCAT,Blank;AGTGGC,BREAD_111045;TCTGATA,BREAD_111140;GCGCGTGA,BREAD_70018;TCGAGATA,BREAD_70132;TGACCT,BREAD_111053;ATAGTCA,BREAD_111148;ACAATGGA,BREAD_70025;AGAACTGA,BREAD_70144;TTGCAC,BREAD_111061;TAGCCAT,BREAD_111156;ACAAGAGT,BREAD_70033;GTTCTAAT,BREAD_70154;CTAGCT,BREAD_111069;AGGAGTC,BREAD_111164;GAACATGA,BREAD_70041;CCTTAGAA,BREAD_70165;TAGTGC,BREAD_110983;GTAGAGC,BREAD_111078;CAAGAAGT,BREAD_111173;GACTGTGT,BREAD_70053;GTTCCA,BREAD_110991;GACCTAT,BREAD_111086;GTCATGGT,BREAD_111181;CGCGCCTA,BREAD_70062;TGAATC,BREAD_110999;CATTAGT,BREAD_111094;AACAGTGA,BREAD_111189;TTGCATAT,BREAD_70073;CGCCAT,BREAD_111007;ATTAGCA,BREAD_111102;GTGCAAGA,BREAD_111197;GCTATAGA,BREAD_70083;ATCGTC,BREAD_111015;GAATCTA,BREAD_111110;CAATAGGA,BREAD_111205;ACAGCCTT,BREAD_70091;GTCACT,BREAD_111023;TGTCATT,BREAD_111118;TGCAGTGT,BREAD_111213;CTGTGGTA,BREAD_70109;CATCGC,BREAD_111031;GCCAGAT,BREAD_111126;AGGCTAGA,BREAD_70003;TGCTTAAT,BREAD_70117;AGGTCT,BREAD_111038;CCAGGTA,BREAD_111133;CTAGTGGT,BREAD_70011;AATGACGA,BREAD_70124;CCTGCA,BREAD_111046;TGGCAAC,BREAD_111141;GCTAGTGT,Blank;AGAACGAT,BREAD_70134;GTACTC,BREAD_111054;ATGATCT,BREAD_111149;GCTGCGGA,BREAD_70026;GTGCGATT,BREAD_70145;ACCTGC,BREAD_111062;CATGTTA,BREAD_111157;TCGCAAGT,BREAD_70034;CTAATTGA,BREAD_70155;CTTGAC,BREAD_111070;TGTAAGC,BREAD_111165;CGATGTGT,BREAD_70042;TAGCAGTA,BREAD_70166;ACCGCT,BREAD_110984;ACGGCAT,BREAD_111079;AACGTAGA,BREAD_111174;TCCGATAT,BREAD_70054;GCTCAC,BREAD_110992;TTCTTGA,BREAD_111087;CTCACGGA,BREAD_111182;GCCTCCGA,BREAD_70063;CTATGC,BREAD_111000;GGACCTT,BREAD_111095;TAGCGTGT,BREAD_111190;AGTCGTGT,BREAD_70074;CAGCCT,BREAD_111008;GTGTACA,BREAD_111103;ACGTAAGA,BREAD_111198;CATGTATT,BREAD_70084;GCCATC,BREAD_111016;TAGCGGC,BREAD_111111;CGTATGGT,BREAD_111206;TGAAGCAA,BREAD_70092;CGCTCA,BREAD_111024;CGCTTAA,BREAD_111119;GTACGTGT,BREAD_111214;GCATTGGT,BREAD_70110;ACGCTC,BREAD_111032;GATAGCT,BREAD_111127;TTCGAAGA,BREAD_70004;AAGCGATA,BREAD_70118;CTGATC,BREAD_111039;AGAGCCT,BREAD_111134;AATACGGA,BREAD_70012;GTCAATAT,BREAD_70125;CCAGTC,BREAD_111047;TACGAGC,BREAD_111142;TGACTGGT,BREAD_70019;CGGCCGTA,BREAD_70135;TACGCC,BREAD_111055;TTGACTA,BREAD_111150;GCGGATGT,BREAD_70027;TTAGTCGA,BREAD_70146;CCGTAC,BREAD_111063;CGCCGAT,BREAD_111158;CATTGAGA,BREAD_70035;GACTCAAT,BREAD_70156;TCGACC,BREAD_111071;AATTGGC,BREAD_111166;GTAACAGA,BREAD_70043;ACTAGGAA,BREAD_70169;GCATCC,BREAD_110985;ATACTGC,BREAD_111080;AGCTTGGT,BREAD_111175;CGCAACTT,BREAD_70055;CGTACC,BREAD_110993;GCGGCTA,BREAD_111088;ACAGATGA,BREAD_111183;TCGGTTGA,BREAD_70064;ATTCAGT,BREAD_111001;CGTTATA,BREAD_111096;CAGTTGGT,BREAD_111191;AATTCTGT,BREAD_70075;TATCTGA,BREAD_111009;TTAGACT,BREAD_111104;TGCAAGAA,BREAD_111199;CTAGAGTA,BREAD_70085;TTCAAGT,BREAD_111017;AGGTTAC,BREAD_111112;ACTCGAGA,BREAD_111207;GCGCGCAT,BREAD_70095;GAGCAGT,BREAD_111025;GGCAACT,BREAD_111120;GGAGCTGT,BREAD_111215;CGATTAGA,BREAD_70111;TCTAGGA,BREAD_111033;TCACCGA,BREAD_111128;CTGAGTGT,BREAD_70005;ATTCAGTT,BREAD_70119;ACACGGT,BREAD_111040;AAGGTTC,BREAD_111135;GATCAGAA,BREAD_70013;TTGACAAT,BREAD_70126;GACGTGA,BREAD_111048;CTAGCAT,BREAD_111143;TGCATAGA,BREAD_2770;TACGTTAA,BREAD_70137;TCATAGT,BREAD_111056;AGCTGCA,BREAD_111151;GAACGAAT,BREAD_70028;AGATACGA,BREAD_70147;TTACGAT,BREAD_111064;AGTACTT,BREAD_111159;TTGGCGGA,BREAD_70036;GCTGGATT,BREAD_70157;GGCTAGA,BREAD_111072;TAATTGC,BREAD_111167;CGCCGCAT,BREAD_70044;GACACCTT,BREAD_70171;AATCGTT,BREAD_110986;GCTGGAC,BREAD_111081;ACGTGTGT,BREAD_111176;CCGCCTAA,BREAD_70056;CTATGGA,BREAD_110994;GTCATCA,BREAD_111089;CAAGTGAA,BREAD_111184;TTCTTGGA,BREAD_70065;TACGGTA,BREAD_111002;CAGTGAC,BREAD_111097;GTTAACGA,BREAD_111192;CAACGCTT,BREAD_70076;ACTATGT,BREAD_111010;GCACACT,BREAD_111105;TCGTGGAT,BREAD_111200;AGCAGATA,BREAD_70086;CGTGAAT,BREAD_111018;AAGTCTT,BREAD_111113;AGCGATAA,BREAD_111208;TCTTAGGT,BREAD_70097;TTGCAGA,BREAD_111026;TGTATCA,BREAD_111121;CCACCAGT,BREAD_111216;GTGGCTAT,BREAD_70112;AACTTGT,Blank;CTGGAAC,BREAD_111129;GGCGTGTA,BREAD_70006;AGACTGAA,BREAD_70120;TGACGTA,BREAD_111041;ATTCGAC,BREAD_111136;AAGACAGT,BREAD_70014;CATAATGA,BREAD_70128;GCTATAA,BREAD_111049;CAAGATC,BREAD_111144;TTGTGCGA,BREAD_70021;GTGTCAGT,BREAD_70138;ATCGTAT,BREAD_111057;TCGCGCA,BREAD_111152;GAAGACAT,BREAD_70029;AGTGGCTT,BREAD_70149;TACTGAT,BREAD_111065;AGTGTGC,BREAD_111160;TGTCAAGA,BREAD_70037;CCACTGCA,BREAD_70158;CTTGAGA,BREAD_111073;GAATTCT,BREAD_111168;GCGAGGTT,BREAD_70045;TACAGGAT,BREAD_70172;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title