SAMN02086296
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-04-30T11:27:22.963Z
INSDC first public
2013-04-30T22:21:12.857Z
INSDC last update
SRS417517
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS417517
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (AGGC,Ames20140;TCAAGTT,PI587150;ATGACGC,PI548805;CGCTTGAA,GEMN-0094;GATT,PI601376;GATCATA,PI600957;TATTGCA,Ames27445;ATCGGTGT,PI651538;CGAA,NSL32719;GCATTGA,PI511310;GGATATC,Ames14111;CCTACCGA,GEMN-0187;GTCC,PI257507;CAGGTAT,PI538009;CCGAGCT,PI550456;GGACAATA,Ames27214;ACAT,PI601360;TGCAATA,Ames30480;TTGATAC,PI559949;AACGGAAT,GEMN-0090;GCGA,PI553062;ATATCGT,PI548801;CACGACT,PI596502;TCGATGGT,PI651533;TGCT,Ames23426;AGTCTAT,PI538010;ATCTAGC,PI559954;GTTCATTA,GEMS-0185;CCTC,Ames22443;GTCTGAA,PI550695;TGAATTC,PI539925;GAATCGAA,GEMS-0206;AACA,PI601402;ATCAGTT,Ames26765;CGGCTCA,PI555651;CATGGTGT,GEMN-0077;CTGT,PI601774;CAGTTGA,PI391660;GGTACAC,NSL52605;TGGCTATT,PI651545;TAAC,NSL30873;TGTGCAA,PI560316;AATGTCT,Ames29024;ACCACCGT,Ames30791;CTCGA,NSL30835;CGACAGT,PI548808;TCATGAC,NSL247287;CTATGTAA,GEMS-0218;ACCGT,Ames27043;ACGTGTA,PI186215;TTCGGAC,PI596499;AACGAGTA,Ames27218;CGTCA,Ames28186;GATGCAT,NSL81595;GCTTAGC,PI601560;CCGACCAT,GEMS-0203;TCGCA,Ames27027;CTAATGT,Ames28997;ACTGCCA,PI601008;TGTCTTAA,Ames27206;CGCAT,Ames22064;GTCGATA,PI539927;TAGTACT,PI543850;GTATACTA,GEMN-0205;GCACT,PI539924;TATACGT,NSL29285;GACACTC,PI613179;TGTGCAGT,Ames27202;AGCTA,Ames22062;GCGTAAT,PI543846;CGAGTAC,PI548800;ATGCTGGT,PI659678;CAGCT,PI601781;AGCGTTA,PI559935;ATATGTC,PI543846;GCAAGTAA,Ames27219;TCAGC,PI601490;ATCCGGA,PI550519;TGGACCT,PI542943;CAGGAATA,GEMS-0080;CATGC,PI601584;TCAGTAT,PI548798;CATATGC,PI543843;GTCTGGAT,GEMS-0220;GCTAC,PI601466;CAATGTT,PI543849;TTCGCCA,Ames30531;CACCACGT,GEMS-0222;CTGAC,Ames19282;GTTACGA,PI559375;AGTTACT,PI601785;TCATTGTA,PI659681;GACTC,PI601571;TGCATAT,PI559921;GTGCCAC,CML116(Krakowsky);GGTTCATT,PI651531;ACGTC,PI607519;CAGCGTA,blank;ACCGGTC,PI559946;AAGATCGA,GEMS-0085;CGATC,Ames27118;AGTTCGA,GE180(Krakowsky);CGGTAGC,PI600981;CGAAGAAT,GEMS-0188;ATGCGT,Ames30523;GCTAATT,Ames19016;GCAGTTC,Ames28975;TCTGATTA,GEMN-0081;TCCAGT,Ames24712;ACGCTGA,blank;TATAGTC,Ames12818;ATCTCTGA,GEMN-0083;GCTTGA,PI600772;TAAGCTT,PI547088;ACTCCGC,PI601658;AAGCAGAT,PI658079;TCCGTA,Ames22443;CTTAGAT,PI391680;GTATTAC,PI601575;TGCGGATT,GEMN-0204;TCGGAT,Ames29447;TGATACA,Ames29010;TGAGCGC,PI538008;CTCCTCGA,GEMS-0199;GTCTTA,PI550568;ACCGAGT,PI596502;GAGTCGC,PI548830;GGTACTAT,PI658077;CGGAGT,Ames27188;GTACTTA,PI543850;ATTGATC,PI340835;ACAGGATA,PI651541;CGTCTA,Ames28994;ATGTCAA,NSL30863;TCCACGC,Ames30855;GATCTGGT,PI658090;CACGTT,PI547086;CACAGGT,PI559380;GTTATTC,CUB57c-2(Holland);CTGAAGAA,Ames27217;GTTAGC,Ames30864;GGTGGCA,PI600956;ATGCACC,blank;TCCGCCAA,Ames27211;AGCATT,NSL32720;CTGAATT,PI600755;TATGTAC,PI601773;ATATTCGT,GEMN-0076;CTCCGA,Ames26815;TCGTTAA,ECU_770b-2(Holland);AGACAAGT,PI601008;CGGTGATT,PI658089;TTGGCA,PI550473;TGATCAT,Ames19008;GGCCGAGT,PI601782;TATGCTGA,Ames27199;CCACGT,PI601457;CGTCGGA,PI538011;AACAAGGT,Ames29020;GAACAGTT,GEMN-0082;GATGTC,Ames23496;GACTATT,CML456(Krakowsky);TAACGAGA,PI559920;ACGATTAA,Ames30795;TGTTAC,Ames22058;TAGGTCA,NSL242484;ATACAGGA,PI559917;GGTTACGT,PI658078;CAGTTA,Ames22060;GCAACGT,PI555650;CACAGAGT,PI550470;TTACGGTA,GEMS-0068;GCCTAT,NSL8582;ACTTGAT,PI548805;CGGCAGGT,Ames12817;CACGCCAT,GEMS-0074;AGTGGC,PI542937;TCTGATA,PI548802;GCGCGTGA,Ames19288;TCGAGATA,Ames30794;TGACCT,NSL68211;ATAGTCA,PI543849;ACAATGGA,Ames27133;AGAACTGA,PI651532;TTGCAC,PI539926;TAGCCAT,PI543847;ACAAGAGT,Ames10246;GTTCTAAT,GEMN-0087;CTAGCT,PI550461;AGGAGTC,PI601573;GAACATGA,Ames30529;CCTTAGAA,GEMN-0186;TAGTGC,Ames27046;GTAGAGC,PI601322;CAAGAAGT,PI596500;GACTGTGT,Ames27215;GTTCCA,NSL246125;GACCTAT,NSL30872;GTCATGGT,PI601079;CGCGCCTA,Ames27204;TGAATC,Ames22067;CATTAGT,Ames28973;AACAGTGA,PI554616;TTGCATAT,PI659679;CGCCAT,Ames23482;ATTAGCA,PI601494;GTGCAAGA,PI550462;GCTATAGA,PI658087;ATCGTC,PI221747;GAATCTA,Ames30533;CAATAGGA,PI538007;ACAGCCTT,PI658073;GTCACT,PI601005;TGTCATT,PI601563;TGCAGTGT,PI600955;CTGTGGTA,Ames27200;CATCGC,Ames23428;GCCAGAT,PI340875;AGGCTAGA,PI639111;TGCTTAAT,PI651539;AGGTCT,Ames29447;CCAGGTA,PI544065;CTAGTGGT,PI546483;AATGACGA,GEMS-0219;CCTGCA,Ames28978;TGGCAAC,Ames30534;GCTAGTGT,NSL75976;AGAACGAT,Ames27210;GTACTC,Ames19327;ATGATCT,PI555660;GCTGCGGA,PI601498;GTGCGATT,Ames27197;ACCTGC,blank;CATGTTA,NSL42805;TCGCAAGT,Ames30536;CTAATTGA,PI651543;CTTGAC,NSL65866;TGTAAGC,PI547090;CGATGTGT,PI601470;TAGCAGTA,GEMN-0089;ACCGCT,Ames22015;ACGGCAT,MR15;AACGTAGA,Ames26135;TCCGATAT,GEMS-0072;GCTCAC,PI607522;TTCTTGA,Ames30534;CTCACGGA,PI559952;GCCTCCGA,PI658076;CTATGC,Ames23487;GGACCTT,Ames26022;TAGCGTGT,PI559919;AGTCGTGT,PI651535;CAGCCT,PI601567;GTGTACA,PI633839;ACGTAAGA,NSL65862;CATGTATT,Ames27213;GCCATC,Ames28983;TAGCGGC,PI601300;CGTATGGT,PI554615;TGAAGCAA,GEMS-0086;CGCTCA,Ames22443;CGCTTAA,PI596503;GTACGTGT,PI559381;GCATTGGT,Ames27208;ACGCTC,NSL30068;GATAGCT,PI559383;TTCGAAGA,NSL65869;AAGCGATA,PI651534;CTGATC,PI601570;AGAGCCT,GA220(Krakowsky);AATACGGA,PI554612;GTCAATAT,GEMS-0201;CCAGTC,PI595541;TACGAGC,PI559953;TGACTGGT,PI554615;CGGCCGTA,Ames30797;TACGCC,Ames28970;TTGACTA,PI608768;GCGGATGT,Ames30522;TTAGTCGA,GEMS-0223;CCGTAC,Ames19282;CGCCGAT,PI543840;CATTGAGA,Ames29026;GACTCAAT,PI642763;TCGACC,PI601403;AATTGGC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PI601790;ATTCGAC,PI546485;AAGACAGT,NSL91618;CATAATGA,Ames27205;GCTATAA,Ames28971;CAAGATC,PI546482;TTGTGCGA,Ames12816;GTGTCAGT,Ames30790;ATCGTAT,Ames27444;TCGCGCA,PI559382;GAAGACAT,PI558531;AGTGGCTT,GEMS-0073;TACTGAT,PI511309;AGTGTGC,PI358527;TGTCAAGA,Ames30537;CCACTGCA,PI658086;CTTGAGA,PI633844;GAATTCT,PI559945;GCGAGGTT,PI651540;TACAGGAT,Ames30799;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title