SAMN02116466
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-05-03T12:29:26.020Z
INSDC first public
2013-05-06T14:09:53.107Z
INSDC last update
SRS418816
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS418816
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (ATGACGC,W23Acr/B73_N10_1;TTCGGAC,W23Acr/B73_N10_2;ACCGGTC,W23Acr/B73_N10_3;TATGTAC,W23Acr/B73_N10_4;CAAGAAGT,W23Acr/B73_N10_5;AACGTAGA,W23Acr/B73_N10_6;AGCTTGGT,W23Acr/B73_N10_7;ACGTGTGT,W23Acr/B73_N10_8;TATTGCA,W23Acr/B73_N10_9;GCTTAGC,W23Acr/B73_N10_10;CGGTAGC,W23Acr/B73_N10_11;AGACAAGT,W23Acr/B73_N10_12;GTCATGGT,W23Acr/B73_N10_13;CTCACGGA,W23Acr/B73_N10_14;ACAGATGA,W23Acr/B73_N10_15;CAAGTGAA,W23Acr/B73_N10_16;GGATATC,W23Acr/B73_N10_17;ACTGCCA,W23Acr/B73_N10_18;GCAGTTC,W23Acr/B73_N10_19;GGCCGAGT,W23Acr/B73_N10_20;AACAGTGA,W23Acr/B73_N10_21;TAGCGTGT,W23Acr/B73_N10_22;CAGTTGGT,W23Acr/B73_N10_23;GTTAACGA,W23Acr/B73_N10_24;CCGAGCT,W23Acr/B73_N10_25;TAGTACT,W23Acr/B73_N10_26;TATAGTC,W23Acr/B73_N10_27;AACAAGGT,W23Acr/B73_N10_28;GTGCAAGA,W23Acr/B73_N10_29;ACGTAAGA,W23Acr/B73_N10_30;TGCAAGAA,W23Acr/B73_N10_32;TCGTGGAT,W23Acr/B73_N10_33;TTGATAC,W23Acr/B73_N10_35;GACACTC,W23Acr/B73_N10_36;ACTCCGC,W23Acr/B73_N10_37;TAACGAGA,W23Acr/B73_N10_38;CAATAGGA,W23Acr/B73_N10_39;CGTATGGT,W23Acr/B73_N10_40;ACTCGAGA,W23Acr/B73_N10_41;AGCGATAA,W23Acr/B73_N10_42;CACGACT,W23Acr/B73_N10_44;CGAGTAC,W23Acr/B73_N10_45;GTATTAC,W23Acr/B73_N10_46;ATACAGGA,W23Acr/B73_N10_47;TGCAGTGT,W23Acr/B73_N10_48;GTACGTGT,W23Acr/B73_N10_49;GGAGCTGT,W23Acr/B73_N10_50;CCACCAGT,W23Acr/B73_N10_51;ATCTAGC,W23Acr/B73_N10_52;ATATGTC,W23Acr/B73_N10_53;TGAGCGC,W23Acr/B73_N10_54;CACAGAGT,W23Acr/B73_N10_55;AGGCTAGA,W23Acr/B73_N10_56;TTCGAAGA,W23Acr/B73_N10_57;CTGAGTGT,W23Acr/B73_N10_58;GGCGTGTA,W23Acr/B73_N10_60;TGAATTC,W23Acr/B73_N10_61;TGGACCT,W23Acr/B73_N10_63;GAGTCGC,W23Acr/B73_N10_64;CGGCAGGT,W23Acr/B73_N10_65;CTAGTGGT,W23Acr/B73_N10_66;AATACGGA,W23Acr/B73_N10_67;GATCAGAA,W23Acr/B73_N10_68;AAGACAGT,W23Acr/B73_N10_69;CGGCTCA,W23Acr/B73_N10_70;CATATGC,W23Acr/B73_N10_71;ATTGATC,W23Acr/B73_N10_72;GCGCGTGA,W23Acr/B73_N10_73;GCTAGTGT,W23Acr/B73_N10_74;TGACTGGT,W23Acr/B73_N10_75;TGCATAGA,blank;TTGTGCGA,W23Acr/B73_N10_77;GGTACAC,W23Acr/B73_N10_78;TTCGCCA,W23Acr/B73_N10_79;TCCACGC,W23Acr/B73_N10_80;ACAATGGA,W23Acr/B73_N10_81;GCTGCGGA,W23Acr/B73_N10_82;GCGGATGT,W23Acr/B73_N10_83;GAACGAAT,W23Acr/B73_N10_84;GAAGACAT,W23Acr/B73_N10_85;AATGTCT,W23Acr/B73_N10_86;AGTTACT,W23Acr/B73_N10_87;GTTATTC,W23Acr/B73_N10_88;ACAAGAGT,W23Acr/B73_N10_89;TCGCAAGT,W23Acr/B73_N10_90;CATTGAGA,W23Acr/B73_N10_92;TTGGCGGA,W23Acr/B73_N10_93;TGTCAAGA,W23Acr/B73_N10_94;TCATGAC,W23Acr/B73_N10_95;GTGCCAC,W23Acr/B73_N10_96;ATGCACC,W23Acr/B73_N10_97;GAACATGA,W23Acr/B73_N10_98;CGATGTGT,W23Acr/B73_N10_99;GTAACAGA,W23Acr/B73_N10_100;CGCCGCAT,W23Acr/B73_F1_RAb10;GCGAGGTT,W23/Acr;CGCTTGAA,W23Acr/B73_Ab10_2;AACGAGTA,W23Acr/B73_Ab10_3;AAGATCGA,W23Acr/B73_Ab10_4;ATATTCGT,W23Acr/B73_Ab10_5;GACTGTGT,W23Acr/B73_Ab10_6;TCCGATAT,W23Acr/B73_Ab10_7;CGCAACTT,W23Acr/B73_Ab10_8;CCGCCTAA,W23Acr/B73_Ab10_9;ATCGGTGT,W23Acr/B73_Ab10_10;CCGACCAT,W23Acr/B73_Ab10_11;CGAAGAAT,W23Acr/B73_Ab10_12;CGGTGATT,W23Acr/B73_Ab10_13;CGCGCCTA,W23Acr/B73_Ab10_14;GCCTCCGA,W23Acr/B73_Ab10_15;TCGGTTGA,W23Acr/B73_Ab10_16;TTCTTGGA,W23Acr/B73_Ab10_17;CCTACCGA,W23Acr/B73_Ab10_18;TGTCTTAA,W23Acr/B73_Ab10_19;TCTGATTA,W23Acr/B73_Ab10_20;TATGCTGA,W23Acr/B73_Ab10_21;TTGCATAT,W23Acr/B73_Ab10_22;AGTCGTGT,W23Acr/B73_Ab10_23;AATTCTGT,W23Acr/B73_Ab10_24;CAACGCTT,W23Acr/B73_Ab10_25;GGACAATA,W23Acr/B73_Ab10_26;GTATACTA,W23Acr/B73_Ab10_27;ATCTCTGA,W23Acr/B73_Ab10_28;GAACAGTT,W23Acr/B73_Ab10_29;GCTATAGA,W23Acr/B73_Ab10_30;CATGTATT,W23Acr/B73_Ab10_31;CTAGAGTA,W23Acr/B73_Ab10_32;AGCAGATA,W23Acr/B73_Ab10_33;AACGGAAT,W23Acr/B73_Ab10_34;TGTGCAGT,W23Acr/B73_Ab10_35;AAGCAGAT,W23Acr/B73_Ab10_36;ACGATTAA,blank;ACAGCCTT,W23Acr/B73_Ab10_38;TGAAGCAA,W23Acr/B73_Ab10_39;GCGCGCAT,W23Acr/B73_Ab10_40;TCTTAGGT,W23Acr/B73_Ab10_41;TCGATGGT,W23Acr/B73_Ab10_42;ATGCTGGT,W23Acr/B73_Ab10_43;TGCGGATT,W23Acr/B73_Ab10_44;GGTTACGT,W23Acr/B73_Ab10_45;CTGTGGTA,W23Acr/B73_Ab10_46;GCATTGGT,W23Acr/B73_Ab10_47;CGATTAGA,W23Acr/B73_Ab10_48;GTGGCTAT,W23Acr/B73_Ab10_49;GTTCATTA,W23Acr/B73_Ab10_50;GCAAGTAA,W23Acr/B73_Ab10_51;CTCCTCGA,W23Acr/B73_Ab10_52;TTACGGTA,W23Acr/B73_Ab10_54;TGCTTAAT,W23Acr/B73_Ab10_55;AAGCGATA,W23Acr/B73_Ab10_56;ATTCAGTT,W23Acr/B73_Ab10_57;AGACTGAA,W23Acr/B73_Ab10_58;GAATCGAA,W23Acr/B73_Ab10_59;CAGGAATA,W23Acr/B73_Ab10_60;GGTACTAT,W23Acr/B73_Ab10_61;CACGCCAT,W23Acr/B73_Ab10_62;AATGACGA,W23Acr/B73_Ab10_66;GTCAATAT,W23Acr/B73_Ab10_67;TTGACAAT,W23Acr/B73_Ab10_68;CATAATGA,W23Acr/B73_Ab10_69;CATGGTGT,W23Acr/B73_Ab10_70;GTCTGGAT,W23Acr/B73_Ab10_71;ACAGGATA,W23Acr/B73_Ab10_72;TCGAGATA,W23Acr/B73_Ab10_73;AGAACGAT,W23Acr/B73_Ab10_74;CGGCCGTA,W23Acr/B73_Ab10_75;TACGTTAA,W23Acr/B73_Ab10_76;GTGTCAGT,W23Acr/B73_Ab10_77;TGGCTATT,W23Acr/B73_Ab10_78;CACCACGT,W23Acr/B73_Ab10_79;GATCTGGT,W23Acr/B73_Ab10_80;AGAACTGA,W23Acr/B73_Ab10_81;GTGCGATT,W23Acr/B73_Ab10_82;TTAGTCGA,W23Acr/B73_Ab10_83;AGATACGA,W23Acr/B73_Ab10_84;AGTGGCTT,W23Acr/B73_Ab10_85;ACCACCGT,W23Acr/B73_Ab10_86;TCATTGTA,W23Acr/B73_Ab10_87;CTGAAGAA,W23Acr/B73_Ab10_88;GTTCTAAT,W23Acr/B73_Ab10_89;CTAATTGA,W23Acr/B73_Ab10_90;GACTCAAT,W23Acr/B73_Ab10_91;GCTGGATT,W23Acr/B73_Ab10_94;CCACTGCA,W23Acr/B73_Ab10_95;CTATGTAA,W23Acr/B73_Ab10_96;GGTTCATT,W23Acr/B73_Ab10_97;TCCGCCAA,W23Acr/B73_Ab10_98;CCTTAGAA,W23Acr/B73_Ab10_99;TAGCAGTA,W23Acr/B73_Ab10_100;ACTAGGAA,W23Acr/B73_Ab10_101;GACACCTT,B73;TACAGGAT,W23Acr/B73_F1_rN10;TCAAGTT,MARS-CM3-0001;ACGTGTA,MARS-CM3-0002;CAGCGTA,MARS-CM3-0004;CTGAATT,MARS-CM3-0006;GTAGAGC,MARS-CM3-0009;ACGGCAT,MARS-CM3-0011;ATACTGC,MARS-CM3-0012;GCTGGAC,MARS-CM3-0013;GATCATA,MARS-CM3-0015;GATGCAT,MARS-CM3-0016;AGTTCGA,MARS-CM3-0017;TCGTTAA,MARS-CM3-0018;GACCTAT,MARS-CM3-0022;TTCTTGA,MARS-CM3-0023;GCGGCTA,MARS-CM3-0024;GTCATCA,MARS-CM3-0035;GCATTGA,MARS-CM3-0036;CTAATGT,MARS-CM3-0037;GCTAATT,MARS-CM3-0038;TGATCAT,MARS-CM3-0039;CATTAGT,MARS-CM3-0040;GGACCTT,MARS-CM3-0041;CGTTATA,MARS-CM3-0043;CAGTGAC,MARS-CM3-0045;CAGGTAT,MARS-CM3-0048;GTCGATA,MARS-CM3-0049;ACGCTGA,MARS-CM3-0050;CGTCGGA,MARS-CM3-0054;ATTAGCA,MARS-CM3-0056;GTGTACA,MARS-CM3-0057;TTAGACT,MARS-CM3-0062;GCACACT,MARS-CM3-0063;TGCAATA,MARS-CM3-0064;TATACGT,MARS-CM3-0067;TAAGCTT,MARS-CM3-0069;GACTATT,MARS-CM3-0070;GAATCTA,MARS-CM3-0071;TAGCGGC,MARS-CM3-0072;AGGTTAC,MARS-CM3-0073;AAGTCTT,MARS-CM3-0074;ATATCGT,MARS-CM3-0076;GCGTAAT,MARS-CM3-0077;CTTAGAT,MARS-CM3-0078;TAGGTCA,MARS-CM3-0079;TGTCATT,MARS-CM3-0086;CGCTTAA,MARS-CM3-0087;GGCAACT,MARS-CM3-0088;TGTATCA,MARS-CM3-0090;AGTCTAT,MARS-CM3-0092;AGCGTTA,MARS-CM3-0093;TGATACA,Blank;GCAACGT,MARS-CM3-0166;GCCAGAT,MARS-CM3-0168;GATAGCT,MARS-CM3-0169;TCACCGA,MARS-CM3-0094;CTGGAAC,MARS-CM3-0098;GTCTGAA,MARS-CM3-0099;ATCCGGA,MARS-CM3-0101;ACCGAGT,MARS-CM3-0102;ACTTGAT,MARS-CM3-0103;CCAGGTA,MARS-CM3-0104;AGAGCCT,MARS-CM3-0105;AAGGTTC,MARS-CM3-0106;ATTCGAC,MARS-CM3-0107;ATCAGTT,MARS-CM3-0108;TCAGTAT,MARS-CM3-0109;GTACTTA,MARS-CM3-0110;TCTGATA,MARS-CM3-0113;TGGCAAC,MARS-CM3-0115;TACGAGC,MARS-CM3-0117;CTAGCAT,MARS-CM3-0119;CAAGATC,MARS-CM3-0123;CAGTTGA,MARS-CM3-0130;CAATGTT,MARS-CM3-0132;ATGTCAA,MARS-CM3-0134;ATAGTCA,MARS-CM3-0136;ATGATCT,MARS-CM3-0137;TTGACTA,MARS-CM3-0138;AGCTGCA,MARS-CM3-0139;TCGCGCA,MARS-CM3-0140;TGTGCAA,MARS-CM3-0141;GTTACGA,MARS-CM3-0142;CACAGGT,MARS-CM3-0144;TAGCCAT,MARS-CM3-0146;CATGTTA,MARS-CM3-0149;CGCCGAT,MARS-CM3-0150;AGTACTT,MARS-CM3-0153;AGTGTGC,MARS-CM3-0154;CGACAGT,MARS-CM3-0155;TGCATAT,MARS-CM3-0156;GGTGGCA,MARS-CM3-0157;AGGAGTC,MARS-CM3-0159;TGTAAGC,MARS-CM3-0161;AATTGGC,MARS-CM3-0162;TAATTGC,MARS-CM3-0164;GAATTCT,MARS-CM3-0165;AGGC,MARS-CM6-1302;ACCGT,MARS-CM6-1303;ACGTC,MARS-CM6-1304;AGCATT,MARS-CM6-1305;TAGTGC,MARS-CM6-1306;ACCGCT,MARS-CM6-1307;GCATCC,MARS-CM6-1308;AATCGTT,MARS-CM6-1310;GATT,MARS-CM6-1312;CGTCA,MARS-CM6-1313;CGATC,MARS-CM6-1314;CTCCGA,MARS-CM6-1315;GTTCCA,MARS-CM6-1319;GCTCAC,MARS-CM6-1321;CGTACC,MARS-CM6-1322;CTATGGA,MARS-CM6-1323;CGAA,MARS-CM6-1324;TCGCA,MARS-CM6-1325;ATGCGT,MARS-CM6-1326;TTGGCA,MARS-CM6-1328;TGAATC,MARS-CM6-1329;CTATGC,MARS-CM6-1330;ATTCAGT,MARS-CM6-1332;TACGGTA,MARS-CM6-1333;GTCC,MARS-CM6-1334;CGCAT,MARS-CM6-1335;TCCAGT,MARS-CM6-1336;CCACGT,MARS-CM6-1337;CGCCAT,MARS-CM6-1339;CAGCCT,MARS-CM6-1340;TATCTGA,MARS-CM6-1341;ACTATGT,MARS-CM6-1342;ACAT,MARS-CM6-1343;GCACT,MARS-CM6-1344;GCTTGA,MARS-CM6-1345;GATGTC,MARS-CM6-1346;ATCGTC,MARS-CM6-1348;GCCATC,MARS-CM6-1350;TTCAAGT,MARS-CM6-1352;CGTGAAT,MARS-CM6-1353;GCGA,MARS-CM6-1354;AGCTA,MARS-CM6-1355;TCCGTA,MARS-CM6-1356;TGTTAC,MARS-CM6-1358;GTCACT,MARS-CM6-1359;CGCTCA,MARS-CM6-1360;GAGCAGT,MARS-CM6-1361;TTGCAGA,MARS-CM6-1363;TGCT,MARS-CM6-1364;CAGCT,Blank;TCGGAT,MARS-CM6-1412;CAGTTA,MARS-CM6-1413;CATCGC,MARS-CM6-1415;ACGCTC,MARS-CM6-1416;TCTAGGA,MARS-CM6-1417;AACTTGT,MARS-CM6-1365;CCTC,MARS-CM6-1366;TCAGC,MARS-CM6-1367;GTCTTA,MARS-CM6-1368;GCCTAT,MARS-CM6-1369;AGGTCT,MARS-CM6-1370;CTGATC,MARS-CM6-1371;ACACGGT,MARS-CM6-1372;TGACGTA,MARS-CM6-1373;AACA,MARS-CM6-1374;CATGC,MARS-CM6-1376;CGGAGT,MARS-CM6-1377;AGTGGC,MARS-CM6-1378;CCTGCA,MARS-CM6-1380;CCAGTC,MARS-CM6-1381;GACGTGA,MARS-CM6-1382;GCTATAA,MARS-CM6-1383;CTGT,MARS-CM6-1384;GCTAC,MARS-CM6-1385;CGTCTA,MARS-CM6-1386;TGACCT,MARS-CM6-1387;GTACTC,MARS-CM6-1388;TACGCC,MARS-CM6-1389;TCATAGT,MARS-CM6-1390;ATCGTAT,MARS-CM6-1391;TAAC,MARS-CM6-1393;CTGAC,MARS-CM6-1395;CACGTT,MARS-CM6-1396;TTGCAC,MARS-CM6-1397;ACCTGC,MARS-CM6-1398;CCGTAC,MARS-CM6-1399;TTACGAT,MARS-CM6-1400;TACTGAT,MARS-CM6-1402;CTCGA,MARS-CM6-1404;GACTC,MARS-CM6-1405;GTTAGC,MARS-CM6-1406;CTAGCT,MARS-CM6-1407;CTTGAC,MARS-CM6-1408;TCGACC,MARS-CM6-1409;GGCTAGA,MARS-CM6-1410;CTTGAGA,MARS-CM6-1411;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title