SAMN02116462
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-05-03T12:29:27.310Z
INSDC first public
2013-05-06T13:58:39.317Z
INSDC last update
SRS418812
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS418812
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (AGGC,BREAD-110219;TCAAGTT,BREAD-110314;ATGACGC,BREAD_110409;CGCTTGAA,BREAD_110504;GATT,BREAD-110227;GATCATA,BREAD-110322;TATTGCA,BREAD_110416;ATCGGTGT,BREAD_110512;CGAA,BREAD-110235;GCATTGA,BREAD-110330;GGATATC,BREAD_110424;CCTACCGA,BREAD_110519;GTCC,BREAD-110243;CAGGTAT,BREAD-110338;CCGAGCT,BREAD_110432;GGACAATA,BREAD_110527;ACAT,BREAD-110251;TGCAATA,BREAD-110346;TTGATAC,BREAD_110440;AACGGAAT,BREAD_110535;GCGA,BREAD-110258;ATATCGT,BREAD-110354;CACGACT,BREAD_110448;TCGATGGT,BREAD_110543;TGCT,BREAD-110266;AGTCTAT,BREAD-110362;ATCTAGC,BREAD_110456;GTTCATTA,BREAD_110551;CCTC,BREAD-110274;GTCTGAA,BREAD-110370;TGAATTC,BREAD_110464;GAATCGAA,BREAD_110559;AACA,BREAD-110282;ATCAGTT,BREAD-110378;CGGCTCA,BREAD_110472;CATGGTGT,BREAD_110567;CTGT,BREAD-110290;CAGTTGA,BREAD-110386;GGTACAC,BREAD_110480;TGGCTATT,BREAD_110575;TAAC,BREAD-110298;TGTGCAA,Blank;AATGTCT,BREAD_110488;ACCACCGT,BREAD_110583;CTCGA,BREAD-110306;CGACAGT,BREAD-110401;TCATGAC,BREAD_110496;CTATGTAA,BREAD_110591;ACCGT,BREAD-110220;ACGTGTA,BREAD-110315;TTCGGAC,BREAD_110410;AACGAGTA,BREAD_110505;CGTCA,BREAD-110228;GATGCAT,BREAD-110323;GCTTAGC,BREAD_110417;CCGACCAT,BREAD_110513;TCGCA,BREAD-110236;CTAATGT,BREAD-110331;ACTGCCA,BREAD_110425;TGTCTTAA,BREAD_110520;CGCAT,BREAD-110244;GTCGATA,BREAD-110339;TAGTACT,BREAD_110433;GTATACTA,BREAD_110528;GCACT,BREAD-110252;TATACGT,BREAD-110347;GACACTC,BREAD_110441;TGTGCAGT,BREAD_110536;AGCTA,BREAD-110259;GCGTAAT,BREAD-110355;CGAGTAC,BREAD_110449;ATGCTGGT,BREAD_110544;CAGCT,BREAD-110267;AGCGTTA,BREAD-110363;ATATGTC,BREAD_110457;GCAAGTAA,BREAD_2767;TCAGC,BREAD-110275;ATCCGGA,BREAD-110371;TGGACCT,BREAD_110465;CAGGAATA,BREAD_110560;CATGC,BREAD-110283;TCAGTAT,BREAD-110379;CATATGC,BREAD_110473;GTCTGGAT,BREAD_110568;GCTAC,BREAD-110291;CAATGTT,BREAD-110387;TTCGCCA,BREAD_110481;CACCACGT,BREAD_110576;CTGAC,BREAD-110299;GTTACGA,BREAD-110394;AGTTACT,BREAD_110489;TCATTGTA,BREAD_110584;GACTC,BREAD-110307;TGCATAT,BREAD-110402;GTGCCAC,BREAD_110497;GGTTCATT,BREAD_110592;ACGTC,BREAD-110221;CAGCGTA,BREAD-110316;ACCGGTC,Blank;AAGATCGA,BREAD_110506;CGATC,BREAD-110229;AGTTCGA,BREAD-110324;CGGTAGC,BREAD_110418;CGAAGAAT,BREAD_110514;ATGCGT,BREAD-110237;GCTAATT,BREAD-110332;GCAGTTC,BREAD_110426;TCTGATTA,BREAD_110521;TCCAGT,BREAD-110245;ACGCTGA,BREAD-110340;TATAGTC,BREAD_110434;ATCTCTGA,BREAD_110529;GCTTGA,BREAD-110253;TAAGCTT,BREAD-110348;ACTCCGC,BREAD_110442;AAGCAGAT,BREAD_110537;TCCGTA,BREAD-110260;CTTAGAT,BREAD-110356;GTATTAC,BREAD_110450;TGCGGATT,BREAD_110545;TCGGAT,BREAD-110268;TGATACA,BREAD-110364;TGAGCGC,BREAD_110458;CTCCTCGA,BREAD_110553;GTCTTA,BREAD-110276;ACCGAGT,BREAD-110372;GAGTCGC,BREAD_110466;GGTACTAT,BREAD_110561;CGGAGT,BREAD-110284;GTACTTA,BREAD-110380;ATTGATC,BREAD_110474;ACAGGATA,BREAD_110569;CGTCTA,BREAD-110292;ATGTCAA,BREAD-110388;TCCACGC,BREAD_110482;GATCTGGT,BREAD_110577;CACGTT,BREAD-110300;CACAGGT,BREAD-110395;GTTATTC,BREAD_110490;CTGAAGAA,BREAD_110585;GTTAGC,BREAD-110308;GGTGGCA,BREAD-110403;ATGCACC,BREAD_110498;TCCGCCAA,BREAD_110593;AGCATT,BREAD-110222;CTGAATT,BREAD-110317;TATGTAC,BREAD_110411;ATATTCGT,BREAD_110507;CTCCGA,BREAD-110230;TCGTTAA,BREAD-110325;AGACAAGT,BREAD_110419;CGGTGATT,BREAD_110515;TTGGCA,BREAD-110238;TGATCAT,BREAD-110333;GGCCGAGT,BREAD_110427;TATGCTGA,BREAD_110522;CCACGT,BREAD-110246;CGTCGGA,BREAD-110341;AACAAGGT,BREAD_110435;GAACAGTT,BREAD_110530;GATGTC,BREAD-110254;GACTATT,BREAD-110349;TAACGAGA,BREAD_110443;ACGATTAA,BREAD_110538;TGTTAC,BREAD-110261;TAGGTCA,BREAD-110357;ATACAGGA,BREAD_110451;GGTTACGT,BREAD_110546;CAGTTA,BREAD-110269;GCAACGT,BREAD-110365;CACAGAGT,BREAD_110459;TTACGGTA,BREAD_110554;GCCTAT,BREAD-110277;ACTTGAT,BREAD-110373;CGGCAGGT,BREAD_110467;CACGCCAT,BREAD_110562;AGTGGC,BREAD-110285;TCTGATA,BREAD-110381;GCGCGTGA,BREAD_110475;TCGAGATA,BREAD_110570;TGACCT,BREAD-110293;ATAGTCA,BREAD-110389;ACAATGGA,BREAD_110483;AGAACTGA,BREAD_110578;TTGCAC,BREAD-110301;TAGCCAT,BREAD-110396;ACAAGAGT,BREAD_110491;GTTCTAAT,BREAD_110586;CTAGCT,BREAD-110309;AGGAGTC,BREAD-110404;GAACATGA,BREAD_110499;CCTTAGAA,BREAD_110594;TAGTGC,BREAD-110223;GTAGAGC,BREAD-110318;CAAGAAGT,BREAD_110412;GACTGTGT,BREAD_110508;GTTCCA,BREAD-110231;GACCTAT,BREAD-110326;GTCATGGT,BREAD_110420;CGCGCCTA,BREAD_110516;TGAATC,BREAD-110239;CATTAGT,BREAD-110334;AACAGTGA,BREAD_110428;TTGCATAT,BREAD_110523;CGCCAT,BREAD-110247;ATTAGCA,BREAD-110342;GTGCAAGA,BREAD_110436;GCTATAGA,BREAD_110531;ATCGTC,BREAD-110255;GAATCTA,BREAD-110350;CAATAGGA,BREAD_110444;ACAGCCTT,BREAD_110539;GTCACT,BREAD-110262;TGTCATT,BREAD-110358;TGCAGTGT,BREAD_110452;CTGTGGTA,BREAD_110547;CATCGC,BREAD-110270;GCCAGAT,BREAD-110366;AGGCTAGA,BREAD_110460;TGCTTAAT,BREAD_110555;AGGTCT,BREAD-110278;CCAGGTA,BREAD-110374;CTAGTGGT,BREAD_110468;AATGACGA,BREAD_110563;CCTGCA,BREAD-110286;TGGCAAC,BREAD-110382;GCTAGTGT,BREAD_110476;AGAACGAT,BREAD_110571;GTACTC,BREAD-110294;ATGATCT,BREAD-110390;GCTGCGGA,BREAD_110484;GTGCGATT,BREAD_110579;ACCTGC,BREAD-110302;CATGTTA,BREAD-110397;TCGCAAGT,BREAD_110492;CTAATTGA,BREAD_110587;CTTGAC,BREAD-110310;TGTAAGC,BREAD-110405;CGATGTGT,BREAD_110500;TAGCAGTA,BREAD_110595;ACCGCT,BREAD-110224;ACGGCAT,BREAD-110319;AACGTAGA,BREAD_110413;TCCGATAT,BREAD_110509;GCTCAC,BREAD-110232;TTCTTGA,BREAD-110327;CTCACGGA,BREAD_110421;GCCTCCGA,BREAD_110517;CTATGC,BREAD-110240;GGACCTT,BREAD-110335;TAGCGTGT,BREAD_110429;AGTCGTGT,BREAD_110524;CAGCCT,BREAD-110248;GTGTACA,BREAD-110343;ACGTAAGA,BREAD_110437;CATGTATT,BREAD_110532;GCCATC,BREAD-110256;TAGCGGC,BREAD-110351;CGTATGGT,BREAD_110445;TGAAGCAA,BREAD_110540;CGCTCA,BREAD-110263;CGCTTAA,BREAD-110359;GTACGTGT,BREAD_110453;GCATTGGT,BREAD_110548;ACGCTC,BREAD-110271;GATAGCT,BREAD-110367;TTCGAAGA,BREAD_110461;AAGCGATA,BREAD_110556;CTGATC,BREAD-110279;AGAGCCT,BREAD-110375;AATACGGA,BREAD_110469;GTCAATAT,BREAD_110564;CCAGTC,BREAD-110287;TACGAGC,BREAD-110383;TGACTGGT,BREAD_110477;CGGCCGTA,BREAD_110572;TACGCC,BREAD-110295;TTGACTA,BREAD-110391;GCGGATGT,BREAD_110485;TTAGTCGA,BREAD_110580;CCGTAC,BREAD-110303;CGCCGAT,BREAD-110398;CATTGAGA,BREAD_110493;GACTCAAT,BREAD_110588;TCGACC,BREAD-110311;AATTGGC,BREAD-110406;GTAACAGA,BREAD_110501;ACTAGGAA,BREAD_110596;GCATCC,BREAD-110225;ATACTGC,BREAD-110320;AGCTTGGT,BREAD_110414;CGCAACTT,BREAD_110510;CGTACC,BREAD-110233;GCGGCTA,BREAD-110328;ACAGATGA,BREAD_110422;TCGGTTGA,Blank;ATTCAGT,BREAD-110241;CGTTATA,BREAD-110336;CAGTTGGT,BREAD_110430;AATTCTGT,BREAD_110525;TATCTGA,BREAD-110249;TTAGACT,BREAD-110344;TGCAAGAA,BREAD_110438;CTAGAGTA,BREAD_110533;TTCAAGT,BREAD-110257;AGGTTAC,BREAD-110352;ACTCGAGA,BREAD_110446;GCGCGCAT,BREAD_110541;GAGCAGT,BREAD-110264;GGCAACT,BREAD-110360;GGAGCTGT,BREAD_110454;CGATTAGA,BREAD_110549;TCTAGGA,BREAD-110272;TCACCGA,BREAD-110368;CTGAGTGT,BREAD_110462;ATTCAGTT,BREAD_110557;ACACGGT,BREAD-110280;AAGGTTC,BREAD-110376;GATCAGAA,BREAD_110470;TTGACAAT,BREAD_110565;GACGTGA,BREAD-110288;CTAGCAT,BREAD-110384;TGCATAGA,BREAD_110478;TACGTTAA,BREAD_110573;TCATAGT,BREAD-110296;AGCTGCA,BREAD-110392;GAACGAAT,BREAD_110486;AGATACGA,BREAD_110581;TTACGAT,BREAD-110304;AGTACTT,BREAD-110399;TTGGCGGA,BREAD_110494;GCTGGATT,BREAD_110589;GGCTAGA,BREAD-110312;TAATTGC,BREAD-110407;CGCCGCAT,BREAD_110502;GACACCTT,BREAD_110597;AATCGTT,BREAD-110226;GCTGGAC,BREAD-110321;ACGTGTGT,BREAD_110415;CCGCCTAA,BREAD_110511;CTATGGA,BREAD-110234;GTCATCA,BREAD-110329;CAAGTGAA,BREAD_110423;TTCTTGGA,BREAD_110518;TACGGTA,BREAD-110242;CAGTGAC,BREAD-110337;GTTAACGA,BREAD_110431;CAACGCTT,BREAD_110526;ACTATGT,BREAD-110250;GCACACT,BREAD-110345;TCGTGGAT,BREAD_110439;AGCAGATA,BREAD_110534;CGTGAAT,Blank;AAGTCTT,BREAD-110353;AGCGATAA,BREAD_110447;TCTTAGGT,BREAD_110542;TTGCAGA,BREAD-110265;TGTATCA,BREAD-110361;CCACCAGT,BREAD_110455;GTGGCTAT,BREAD_110550;AACTTGT,BREAD-110273;CTGGAAC,BREAD-110369;GGCGTGTA,BREAD_110463;AGACTGAA,BREAD_110558;TGACGTA,BREAD-110281;ATTCGAC,BREAD-110377;AAGACAGT,BREAD_110471;CATAATGA,BREAD_110566;GCTATAA,BREAD-110289;CAAGATC,BREAD-110385;TTGTGCGA,BREAD_110479;GTGTCAGT,BREAD_110574;ATCGTAT,BREAD-110297;TCGCGCA,BREAD-110393;GAAGACAT,BREAD_110487;AGTGGCTT,BREAD_110582;TACTGAT,BREAD-110305;AGTGTGC,BREAD-110400;TGTCAAGA,BREAD_110495;CCACTGCA,BREAD_110590;CTTGAGA,BREAD-110313;GAATTCT,BREAD-110408;GCGAGGTT,BREAD_110503;TACAGGAT,BREAD_110598;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title