SAMN02086279
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-04-30T11:29:03.397Z
INSDC first public
2013-04-30T21:49:13.217Z
INSDC last update
SRS417498
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS417498
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;CTCC,Ames28999;TGCA,NSL65863;ACTA,NSL242484;CAGA,Ames2339;AACT,NSL30895;GCGT,PI391679;TGCGA,Ames27447;CGAT,PI391662;CGCTT,PI340867;TCACC,NSL30891;CTAGC,PI550558;ACAAA,Ames27142;TTCTC,PI601572;AGCCC,Ames26790;GTATT,NSL30911;CTGTA,PI564682;ACCGT,PI511309;GTAA,Ames26785;GGTTGT,Ames19012;CCAGCT,Ames25220;TTCAGA,PI340855;TAGGAA,PI560081;GCTCTA,Ames26743;CCACAA,Ames19013;GCTTA,NSL42807;CTTCCA,Ames14116;GAGATA,Ames29009;ATGCCT,PI550555;TATTTTT,PI186218;CTTGCTT,Ames28970;ATGAAAC,Ames26754;AAAAGTT,Ames22025;GAATTCA,Ames26801;GAACTTC,PI405709;GGACCTA,Ames26802;GTCGATT,PI198897;AACGCCT,Ames26745;AATATGC,Ames19328;ACGACTAC,SA24;GGTGT,PI186196;TAGCATGC,Ames29010;AGTGGA,PI634214;TAGGCCAT,PI601489;TGCAAGGA,PI186187;TGGTACGT,PI601495;TCTCAGTC,PI594046;CCGGATAT,NSL30876;CGCCTTAT,Ames26022;AGGC,NSL30884;GATC,NSL30896;TCAC,Ames29012;AGGAT,Ames28979;ATTGA,PI601317;CATCT,Ames23503;CCTAC,PI558532;GAGGA,Ames22057;GGAAC,PI406128;GTCAA,PI601210;TAATA,PI601775;TACAT,Ames19019;TCGTT,PI601008;ACCTAA,Ames28413;ATATGT,Ames26741;ATCGTA,Ames28366;CATCGT,NSL30871;CGCGGT,PI610494;CTATTA,PI340866;GCCAGT,PI358536;GGAAGA,NSL22983;GTACTT,NSL30058;GTTGAA,NSL30872;TAACGA,NSL29314;TGGCTA,NSL30879;ACGTGTT,Ames26787;ATTAATT,PI601080;ATTGGAT,Ames22752;CATAAGT,PI601498;CGCTGAT,PI303926;CGGTAGA,Ames15929;CTACGGA,Ames26768;GCGGAAT,PI601270;TAGCGGA,PI358528;TCGAAGA,PI592741;TCTGTGA,Ames26793;TGCTGGA,NSL30874;AACCGAGA,PI648429;ACAGGGAA,PI600981;ACGTGGTA,PI601440;CCATGGGT,B73;CGCGGAGA,PI601377;CGTGTGGT,Ames26792;GCTGTGGA,PI553062;GGATTGGT,PI538009;GTGAGGGT,blank;TATCGGGA,Ames29006;TTCCTGGA,PI537097;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title