SAMN02116461
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-05-03T12:29:27.630Z
INSDC first public
2013-05-06T13:58:30.410Z
INSDC last update
SRS418811
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS418811
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (AGGC,BREAD-100113;TCAAGTT,BREAD-100208;ATGACGC,BREAD-110018;CGCTTGAA,BREAD-110114;GATT,BREAD-100121;GATCATA,BREAD-100216;TATTGCA,BREAD-110026;ATCGGTGT,BREAD-110122;CGAA,BREAD-100129;GCATTGA,BREAD-100224;GGATATC,BREAD-110034;CCTACCGA,BREAD-110129;GTCC,BREAD-100137;CAGGTAT,BREAD-100232;CCGAGCT,BREAD-110042;GGACAATA,BREAD-110137;ACAT,BREAD-100145;TGCAATA,BREAD-100239;TTGATAC,BREAD-110050;AACGGAAT,BREAD-110147;GCGA,BREAD-100153;ATATCGT,BREAD-100247;CACGACT,BREAD-110058;TCGATGGT,BREAD-110155;TGCT,BREAD-100161;AGTCTAT,BREAD-100255;ATCTAGC,BREAD-110066;GTTCATTA,BREAD-110164;CCTC,BREAD-100169;GTCTGAA,BREAD-100263;TGAATTC,BREAD-110074;GAATCGAA,BREAD-110178;AACA,BREAD-100177;ATCAGTT,BREAD-100271;CGGCTCA,BREAD-110082;CATGGTGT,BREAD-110187;CTGT,BREAD-100185;CAGTTGA,BREAD-100279;GGTACAC,BREAD-110090;TGGCTATT,BREAD-110195;TAAC,BREAD-100193;TGTGCAA,BREAD-110002;AATGTCT,BREAD-110097;ACCACCGT,BREAD-110203;CTCGA,Blank;CGACAGT,BREAD-110010;TCATGAC,BREAD-110105;CTATGTAA,BREAD-110211;ACCGT,BREAD-100114;ACGTGTA,BREAD-100209;TTCGGAC,BREAD-110019;AACGAGTA,BREAD-110115;CGTCA,BREAD-100122;GATGCAT,BREAD-100217;GCTTAGC,BREAD-110027;CCGACCAT,BREAD-110123;TCGCA,BREAD-100130;CTAATGT,BREAD-100225;ACTGCCA,BREAD-110035;TGTCTTAA,BREAD-110130;CGCAT,BREAD-100138;GTCGATA,BREAD-100233;TAGTACT,BREAD-110043;GTATACTA,BREAD-110138;GCACT,BREAD-100146;TATACGT,BREAD-100240;GACACTC,BREAD-110051;TGTGCAGT,BREAD-110148;AGCTA,BREAD-100154;GCGTAAT,BREAD-100248;CGAGTAC,BREAD-110059;ATGCTGGT,BREAD-110156;CAGCT,BREAD-100162;AGCGTTA,BREAD-100256;ATATGTC,BREAD-110067;GCAAGTAA,BREAD-110167;TCAGC,BREAD-100170;ATCCGGA,BREAD-100264;TGGACCT,BREAD-110075;CAGGAATA,BREAD-110179;CATGC,BREAD-100178;TCAGTAT,BREAD-100272;CATATGC,BREAD-110083;GTCTGGAT,BREAD-110188;GCTAC,BREAD-100186;CAATGTT,BREAD-100280;TTCGCCA,Blank;CACCACGT,BREAD-110196;CTGAC,BREAD-100194;GTTACGA,BREAD-110003;AGTTACT,BREAD-110098;TCATTGTA,BREAD-110204;GACTC,BREAD-100201;TGCATAT,BREAD-110011;GTGCCAC,BREAD-110106;GGTTCATT,BREAD-110212;ACGTC,BREAD-100115;CAGCGTA,BREAD-100210;ACCGGTC,BREAD-110020;AAGATCGA,BREAD-110116;CGATC,BREAD-100123;AGTTCGA,BREAD-100218;CGGTAGC,BREAD-110028;CGAAGAAT,BREAD-110124;ATGCGT,BREAD-100131;GCTAATT,BREAD-100226;GCAGTTC,BREAD-110036;TCTGATTA,BREAD-110131;TCCAGT,BREAD-100139;ACGCTGA,BREAD-100234;TATAGTC,BREAD-110044;ATCTCTGA,BREAD-110139;GCTTGA,BREAD-100147;TAAGCTT,BREAD-100241;ACTCCGC,BREAD-110052;AAGCAGAT,BREAD-110149;TCCGTA,BREAD-100155;CTTAGAT,BREAD-100249;GTATTAC,BREAD-110060;TGCGGATT,BREAD-110157;TCGGAT,BREAD-100163;TGATACA,BREAD-100257;TGAGCGC,BREAD-110068;CTCCTCGA,BREAD-110168;GTCTTA,BREAD-100171;ACCGAGT,BREAD-100265;GAGTCGC,BREAD-110076;GGTACTAT,BREAD-110180;CGGAGT,BREAD-100179;GTACTTA,BREAD-100273;ATTGATC,BREAD-110084;ACAGGATA,BREAD-110189;CGTCTA,BREAD-100187;ATGTCAA,BREAD-100281;TCCACGC,BREAD-110091;GATCTGGT,BREAD-110197;CACGTT,BREAD-100195;CACAGGT,BREAD-110004;GTTATTC,BREAD-110099;CTGAAGAA,BREAD-110205;GTTAGC,BREAD-100202;GGTGGCA,BREAD-110012;ATGCACC,BREAD-110107;TCCGCCAA,BREAD-110213;AGCATT,BREAD-90094;CTGAATT,BREAD-100211;TATGTAC,BREAD-110021;ATATTCGT,BREAD-110117;CTCCGA,BREAD-100124;TCGTTAA,BREAD-100219;AGACAAGT,BREAD-110029;CGGTGATT,BREAD-110125;TTGGCA,BREAD-100132;TGATCAT,BREAD-100227;GGCCGAGT,BREAD-110037;TATGCTGA,BREAD-110132;CCACGT,BREAD-100140;CGTCGGA,BREAD-100235;AACAAGGT,BREAD-110045;GAACAGTT,BREAD-110140;GATGTC,BREAD-100148;GACTATT,BREAD-100242;TAACGAGA,BREAD-110053;ACGATTAA,BREAD-110150;TGTTAC,BREAD-100156;TAGGTCA,BREAD-100250;ATACAGGA,BREAD-110061;GGTTACGT,BREAD-110159;CAGTTA,BREAD-100164;GCAACGT,BREAD-100258;CACAGAGT,BREAD-110069;TTACGGTA,BREAD-110169;GCCTAT,BREAD-100172;ACTTGAT,BREAD-100266;CGGCAGGT,BREAD-110077;CACGCCAT,BREAD-110181;AGTGGC,BREAD-100180;TCTGATA,BREAD-100274;GCGCGTGA,BREAD-110085;TCGAGATA,BREAD-110190;TGACCT,BREAD-100188;ATAGTCA,BREAD-100282;ACAATGGA,BREAD-110092;AGAACTGA,BREAD-110198;TTGCAC,BREAD-100196;TAGCCAT,BREAD-110005;ACAAGAGT,BREAD-110100;GTTCTAAT,BREAD-110206;CTAGCT,BREAD-100203;AGGAGTC,BREAD-110013;GAACATGA,BREAD-110108;CCTTAGAA,BREAD-110214;TAGTGC,BREAD-90095;GTAGAGC,BREAD-100212;CAAGAAGT,BREAD-110022;GACTGTGT,BREAD-110118;GTTCCA,BREAD-100125;GACCTAT,BREAD-100220;GTCATGGT,BREAD-110030;CGCGCCTA,Blank;TGAATC,BREAD-100133;CATTAGT,BREAD-100228;AACAGTGA,BREAD-110038;TTGCATAT,BREAD-110133;CGCCAT,BREAD-100141;ATTAGCA,BREAD-100236;GTGCAAGA,BREAD-110046;GCTATAGA,BREAD-110143;ATCGTC,BREAD-100149;GAATCTA,BREAD-100243;CAATAGGA,BREAD-110054;ACAGCCTT,BREAD-110151;GTCACT,BREAD-100157;TGTCATT,BREAD-100251;TGCAGTGT,BREAD-110062;CTGTGGTA,BREAD-110160;CATCGC,BREAD-100165;GCCAGAT,BREAD-100259;AGGCTAGA,BREAD-110070;TGCTTAAT,BREAD-110172;AGGTCT,BREAD-100173;CCAGGTA,BREAD-100267;CTAGTGGT,BREAD-110078;AATGACGA,BREAD-110182;CCTGCA,BREAD-100181;TGGCAAC,BREAD-100275;GCTAGTGT,BREAD-110086;AGAACGAT,BREAD-110191;GTACTC,BREAD-100189;ATGATCT,BREAD-100283;GCTGCGGA,BREAD-110093;GTGCGATT,BREAD-110199;ACCTGC,BREAD-100197;CATGTTA,BREAD-110006;TCGCAAGT,BREAD-110101;CTAATTGA,BREAD-110207;CTTGAC,BREAD-100204;TGTAAGC,BREAD-110014;CGATGTGT,BREAD-110110;TAGCAGTA,BREAD-110215;ACCGCT,BREAD-100118;ACGGCAT,BREAD-100213;AACGTAGA,BREAD-110023;TCCGATAT,BREAD-110119;GCTCAC,BREAD-100126;TTCTTGA,BREAD-100221;CTCACGGA,BREAD-110031;GCCTCCGA,BREAD-110126;CTATGC,BREAD-100134;GGACCTT,BREAD-100229;TAGCGTGT,BREAD-110039;AGTCGTGT,BREAD-110134;CAGCCT,BREAD-100142;GTGTACA,Blank;ACGTAAGA,BREAD-110047;CATGTATT,BREAD-110144;GCCATC,BREAD-100150;TAGCGGC,BREAD-100244;CGTATGGT,BREAD-110055;TGAAGCAA,BREAD-110152;CGCTCA,BREAD-100158;CGCTTAA,BREAD-100252;GTACGTGT,BREAD-110063;GCATTGGT,BREAD-110161;ACGCTC,BREAD-100166;GATAGCT,BREAD-100260;TTCGAAGA,BREAD-110071;AAGCGATA,BREAD-110173;CTGATC,BREAD-100174;AGAGCCT,BREAD-100268;AATACGGA,BREAD-110079;GTCAATAT,BREAD-110183;CCAGTC,BREAD-100182;TACGAGC,BREAD-100276;TGACTGGT,BREAD-110087;CGGCCGTA,BREAD-110192;TACGCC,BREAD-100190;TTGACTA,BREAD-100284;GCGGATGT,BREAD-110094;TTAGTCGA,BREAD-110200;CCGTAC,BREAD-100198;CGCCGAT,BREAD-110007;CATTGAGA,BREAD-110102;GACTCAAT,BREAD-110208;TCGACC,BREAD-100205;AATTGGC,BREAD-110015;GTAACAGA,BREAD-110111;ACTAGGAA,BREAD-110216;GCATCC,BREAD-100119;ATACTGC,BREAD-100214;AGCTTGGT,BREAD-110024;CGCAACTT,BREAD-110120;CGTACC,BREAD-100127;GCGGCTA,BREAD-100222;ACAGATGA,BREAD-110032;TCGGTTGA,BREAD-110127;ATTCAGT,BREAD-100135;CGTTATA,BREAD-100230;CAGTTGGT,BREAD-110040;AATTCTGT,BREAD-110135;TATCTGA,BREAD-100143;TTAGACT,BREAD-100237;TGCAAGAA,BREAD-110048;CTAGAGTA,BREAD-110145;TTCAAGT,BREAD-100151;AGGTTAC,BREAD-100245;ACTCGAGA,BREAD-110056;GCGCGCAT,BREAD-110153;GAGCAGT,BREAD-100159;GGCAACT,BREAD-100253;GGAGCTGT,BREAD-110064;CGATTAGA,BREAD-110162;TCTAGGA,BREAD-100167;TCACCGA,BREAD-100261;CTGAGTGT,BREAD-110072;ATTCAGTT,BREAD-110175;ACACGGT,BREAD-100175;AAGGTTC,BREAD-100269;GATCAGAA,BREAD-110080;TTGACAAT,BREAD-110185;GACGTGA,BREAD-100183;CTAGCAT,BREAD-100277;TGCATAGA,BREAD-110088;TACGTTAA,BREAD-110193;TCATAGT,BREAD-100191;AGCTGCA,BREAD-100285;GAACGAAT,BREAD-110095;AGATACGA,BREAD-110201;TTACGAT,BREAD-100199;AGTACTT,BREAD-110008;TTGGCGGA,BREAD-110103;GCTGGATT,BREAD-110209;GGCTAGA,BREAD-100206;TAATTGC,BREAD-110016;CGCCGCAT,BREAD-110112;GACACCTT,BREAD-110217;AATCGTT,BREAD-100120;GCTGGAC,BREAD-100215;ACGTGTGT,BREAD-110025;CCGCCTAA,BREAD-110121;CTATGGA,BREAD-100128;GTCATCA,BREAD-100223;CAAGTGAA,BREAD-110033;TTCTTGGA,BREAD-110128;TACGGTA,BREAD-100136;CAGTGAC,BREAD-100231;GTTAACGA,BREAD-110041;CAACGCTT,BREAD-110136;ACTATGT,BREAD-100144;GCACACT,BREAD-100238;TCGTGGAT,BREAD-110049;AGCAGATA,BREAD-110146;CGTGAAT,BREAD-100152;AAGTCTT,BREAD-100246;AGCGATAA,BREAD-110057;TCTTAGGT,BREAD-110154;TTGCAGA,BREAD-100160;TGTATCA,BREAD-100254;CCACCAGT,BREAD-110065;GTGGCTAT,BREAD-110163;AACTTGT,BREAD-100168;CTGGAAC,BREAD-100262;GGCGTGTA,BREAD-110073;AGACTGAA,BREAD-110176;TGACGTA,BREAD-100176;ATTCGAC,BREAD-100270;AAGACAGT,BREAD-110081;CATAATGA,BREAD-110186;GCTATAA,BREAD-100184;CAAGATC,BREAD-100278;TTGTGCGA,BREAD-110089;GTGTCAGT,BREAD-110194;ATCGTAT,BREAD-100192;TCGCGCA,BREAD-110001;GAAGACAT,BREAD-110096;AGTGGCTT,BREAD-110202;TACTGAT,BREAD-100200;AGTGTGC,BREAD-110009;TGTCAAGA,BREAD-110104;CCACTGCA,BREAD-110210;CTTGAGA,BREAD-100207;GAATTCT,BREAD-110017;GCGAGGTT,BREAD-110113;TACAGGAT,BREAD-110218;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title