SAMN02116463
External Id
Cornell University
INSDC center name
2013-05-03T12:29:27.027Z
INSDC first public
2013-05-06T14:09:12.570Z
INSDC last update
SRS418813
INSDC secondary accession
live
INSDC status
Generic
NCBI submission model
Generic.1.0
NCBI submission package
SRS418813
SRA accession
This sample is a Genotyping-by-sequencing library with pooled individuals as described in http://www.maizegenetics.net/Table/Genotyping-By-Sequencing/. The restriction enzyme used for this library is ApeKI. Mapping between GBS barcodes and samples: (AGGC,BREAD_110599;TCAAGTT,BREAD_110694;ATGACGC,BREAD_110789;CGCTTGAA,BREAD_110884;GATT,BREAD_110607;GATCATA,BREAD_110702;TATTGCA,BREAD_110797;ATCGGTGT,BREAD_110892;CGAA,Blank;GCATTGA,BREAD_110710;GGATATC,BREAD_110805;CCTACCGA,BREAD_110900;GTCC,BREAD_110622;CAGGTAT,BREAD_110718;CCGAGCT,BREAD_110813;GGACAATA,BREAD_110908;ACAT,BREAD_110630;TGCAATA,BREAD_110725;TTGATAC,BREAD_110821;AACGGAAT,BREAD_110916;GCGA,BREAD_110638;ATATCGT,BREAD_110733;CACGACT,BREAD_110828;TCGATGGT,BREAD_110924;TGCT,BREAD_110646;AGTCTAT,BREAD_110741;ATCTAGC,BREAD_110836;GTTCATTA,BREAD_110931;CCTC,BREAD_110654;GTCTGAA,BREAD_110749;TGAATTC,BREAD_110844;GAATCGAA,BREAD_110939;AACA,BREAD_110662;ATCAGTT,BREAD_110757;CGGCTCA,BREAD_110852;CATGGTGT,BREAD_110947;CTGT,BREAD_110670;CAGTTGA,BREAD_110765;GGTACAC,BREAD_110860;TGGCTATT,BREAD_110955;TAAC,BREAD_110678;TGTGCAA,BREAD_110774;AATGTCT,BREAD_110868;ACCACCGT,BREAD_110963;CTCGA,BREAD_110686;CGACAGT,BREAD_110780;TCATGAC,BREAD_110876;CTATGTAA,BREAD_110971;ACCGT,BREAD_110600;ACGTGTA,BREAD_110695;TTCGGAC,BREAD_110790;AACGAGTA,BREAD_110885;CGTCA,BREAD_110608;GATGCAT,BREAD_110703;GCTTAGC,BREAD_110798;CCGACCAT,BREAD_110893;TCGCA,BREAD_110615;CTAATGT,BREAD_110711;ACTGCCA,BREAD_110806;TGTCTTAA,BREAD_110901;CGCAT,BREAD_110623;GTCGATA,BREAD_110719;TAGTACT,BREAD_110814;GTATACTA,BREAD_110909;GCACT,BREAD_110631;TATACGT,BREAD_110726;GACACTC,Blank;TGTGCAGT,BREAD_110917;AGCTA,BREAD_110639;GCGTAAT,BREAD_110734;CGAGTAC,BREAD_110829;ATGCTGGT,BREAD_110925;CAGCT,BREAD_110647;AGCGTTA,BREAD_110742;ATATGTC,BREAD_110837;GCAAGTAA,BREAD_110932;TCAGC,BREAD_110655;ATCCGGA,BREAD_110750;TGGACCT,BREAD_110845;CAGGAATA,BREAD_110940;CATGC,BREAD_110663;TCAGTAT,BREAD_110758;CATATGC,BREAD_110853;GTCTGGAT,BREAD_110948;GCTAC,BREAD_110671;CAATGTT,BREAD_110766;TTCGCCA,BREAD_110861;CACCACGT,BREAD_110956;CTGAC,BREAD_110679;GTTACGA,BREAD_110775;AGTTACT,BREAD_110869;TCATTGTA,BREAD_110964;GACTC,BREAD_110687;TGCATAT,BREAD_110783;GTGCCAC,BREAD_110877;GGTTCATT,BREAD_110972;ACGTC,BREAD_110601;CAGCGTA,BREAD_110696;ACCGGTC,BREAD_110791;AAGATCGA,BREAD_110886;CGATC,BREAD_110609;AGTTCGA,BREAD_110704;CGGTAGC,BREAD_110799;CGAAGAAT,BREAD_110894;ATGCGT,BREAD_110616;GCTAATT,BREAD_110712;GCAGTTC,BREAD_110807;TCTGATTA,BREAD_110902;TCCAGT,BREAD_110624;ACGCTGA,BREAD_110720;TATAGTC,BREAD_110815;ATCTCTGA,BREAD_110910;GCTTGA,BREAD_110632;TAAGCTT,BREAD_110727;ACTCCGC,BREAD_110822;AAGCAGAT,BREAD_110918;TCCGTA,BREAD_110640;CTTAGAT,BREAD_110735;GTATTAC,BREAD_110830;TGCGGATT,BREAD_110926;TCGGAT,BREAD_110648;TGATACA,BREAD_110743;TGAGCGC,BREAD_110838;CTCCTCGA,BREAD_110933;GTCTTA,BREAD_110656;ACCGAGT,BREAD_110751;GAGTCGC,BREAD_110846;GGTACTAT,BREAD_110941;CGGAGT,BREAD_110664;GTACTTA,BREAD_110759;ATTGATC,BREAD_110854;ACAGGATA,BREAD_110949;CGTCTA,BREAD_110672;ATGTCAA,BREAD_110767;TCCACGC,BREAD_110862;GATCTGGT,BREAD_110957;CACGTT,BREAD_110680;CACAGGT,BREAD_110776;GTTATTC,BREAD_110870;CTGAAGAA,BREAD_110965;GTTAGC,BREAD_110688;GGTGGCA,BREAD_110784;ATGCACC,BREAD_110878;TCCGCCAA,BREAD_110973;AGCATT,BREAD_110602;CTGAATT,BREAD_110697;TATGTAC,BREAD_110792;ATATTCGT,BREAD_110887;CTCCGA,BREAD_110610;TCGTTAA,BREAD_110705;AGACAAGT,BREAD_110800;CGGTGATT,BREAD_110895;TTGGCA,BREAD_110617;TGATCAT,BREAD_110713;GGCCGAGT,BREAD_110808;TATGCTGA,BREAD_110903;CCACGT,BREAD_110625;CGTCGGA,BREAD_110721;AACAAGGT,BREAD_110816;GAACAGTT,BREAD_110911;GATGTC,BREAD_110633;GACTATT,BREAD_110728;TAACGAGA,BREAD_110823;ACGATTAA,BREAD_110919;TGTTAC,BREAD_110641;TAGGTCA,BREAD_110736;ATACAGGA,BREAD_110831;GGTTACGT,BREAD_110927;CAGTTA,BREAD_110649;GCAACGT,BREAD_110744;CACAGAGT,BREAD_110839;TTACGGTA,BREAD_110934;GCCTAT,BREAD_110657;ACTTGAT,BREAD_110752;CGGCAGGT,BREAD_110847;CACGCCAT,BREAD_110942;AGTGGC,BREAD_110665;TCTGATA,BREAD_110760;GCGCGTGA,BREAD_110855;TCGAGATA,BREAD_110950;TGACCT,BREAD_110673;ATAGTCA,BREAD_110768;ACAATGGA,BREAD_110863;AGAACTGA,BREAD_110958;TTGCAC,BREAD_110681;TAGCCAT,BREAD_110777;ACAAGAGT,BREAD_110871;GTTCTAAT,BREAD_110966;CTAGCT,BREAD_110689;AGGAGTC,BREAD_110785;GAACATGA,BREAD_110879;CCTTAGAA,BREAD_110974;TAGTGC,BREAD_110603;GTAGAGC,BREAD_110698;CAAGAAGT,BREAD_110793;GACTGTGT,BREAD_110888;GTTCCA,BREAD_110611;GACCTAT,BREAD_110706;GTCATGGT,BREAD_110801;CGCGCCTA,BREAD_110896;TGAATC,BREAD_110618;CATTAGT,BREAD_110714;AACAGTGA,BREAD_110809;TTGCATAT,BREAD_110904;CGCCAT,BREAD_110626;ATTAGCA,BREAD_2768;GTGCAAGA,BREAD_110817;GCTATAGA,BREAD_110912;ATCGTC,BREAD_110634;GAATCTA,BREAD_110729;CAATAGGA,BREAD_110824;ACAGCCTT,BREAD_110920;GTCACT,BREAD_110642;TGTCATT,BREAD_110737;TGCAGTGT,BREAD_110832;CTGTGGTA,Blank;CATCGC,BREAD_110650;GCCAGAT,BREAD_110745;AGGCTAGA,BREAD_110840;TGCTTAAT,BREAD_110935;AGGTCT,BREAD_110658;CCAGGTA,BREAD_110753;CTAGTGGT,BREAD_110848;AATGACGA,BREAD_110943;CCTGCA,BREAD_110666;TGGCAAC,BREAD_110761;GCTAGTGT,BREAD_110856;AGAACGAT,BREAD_110951;GTACTC,BREAD_110674;ATGATCT,BREAD_110769;GCTGCGGA,BREAD_110864;GTGCGATT,BREAD_110959;ACCTGC,BREAD_110682;CATGTTA,BREAD_110778;TCGCAAGT,BREAD_110872;CTAATTGA,BREAD_110967;CTTGAC,BREAD_110690;TGTAAGC,BREAD_110786;CGATGTGT,BREAD_110880;TAGCAGTA,BREAD_110975;ACCGCT,BREAD_110604;ACGGCAT,BREAD_110699;AACGTAGA,BREAD_110794;TCCGATAT,BREAD_110889;GCTCAC,BREAD_110612;TTCTTGA,BREAD_110707;CTCACGGA,BREAD_110802;GCCTCCGA,BREAD_110897;CTATGC,BREAD_110619;GGACCTT,BREAD_110715;TAGCGTGT,BREAD_110810;AGTCGTGT,BREAD_110905;CAGCCT,BREAD_110627;GTGTACA,BREAD_110722;ACGTAAGA,BREAD_110818;CATGTATT,BREAD_110913;GCCATC,BREAD_110635;TAGCGGC,BREAD_110730;CGTATGGT,BREAD_110825;TGAAGCAA,BREAD_110921;CGCTCA,BREAD_110643;CGCTTAA,BREAD_110738;GTACGTGT,BREAD_110833;GCATTGGT,BREAD_110928;ACGCTC,BREAD_110651;GATAGCT,BREAD_110746;TTCGAAGA,BREAD_110841;AAGCGATA,BREAD_110936;CTGATC,BREAD_110659;AGAGCCT,BREAD_110754;AATACGGA,BREAD_110849;GTCAATAT,BREAD_110944;CCAGTC,BREAD_110667;TACGAGC,BREAD_110762;TGACTGGT,BREAD_110857;CGGCCGTA,BREAD_110952;TACGCC,BREAD_110675;TTGACTA,BREAD_110771;GCGGATGT,BREAD_110865;TTAGTCGA,BREAD_110960;CCGTAC,BREAD_110683;CGCCGAT,BREAD_110779;CATTGAGA,BREAD_110873;GACTCAAT,BREAD_110968;TCGACC,BREAD_110691;AATTGGC,BREAD_110787;GTAACAGA,BREAD_110881;ACTAGGAA,BREAD_110976;GCATCC,BREAD_110605;ATACTGC,BREAD_110700;AGCTTGGT,BREAD_110795;CGCAACTT,BREAD_110890;CGTACC,BREAD_110613;GCGGCTA,BREAD_110708;ACAGATGA,BREAD_110803;TCGGTTGA,BREAD_110898;ATTCAGT,BREAD_110620;CGTTATA,BREAD_110716;CAGTTGGT,BREAD_110811;AATTCTGT,BREAD_110906;TATCTGA,BREAD_110628;TTAGACT,BREAD_110723;TGCAAGAA,BREAD_110819;CTAGAGTA,BREAD_110914;TTCAAGT,BREAD_110636;AGGTTAC,BREAD_110731;ACTCGAGA,BREAD_110826;GCGCGCAT,BREAD_110922;GAGCAGT,BREAD_110644;GGCAACT,BREAD_110739;GGAGCTGT,BREAD_110834;CGATTAGA,BREAD_110929;TCTAGGA,BREAD_110652;TCACCGA,BREAD_110747;CTGAGTGT,BREAD_110842;ATTCAGTT,BREAD_110937;ACACGGT,BREAD_110660;AAGGTTC,BREAD_110755;GATCAGAA,BREAD_110850;TTGACAAT,BREAD_110945;GACGTGA,BREAD_110668;CTAGCAT,BREAD_110763;TGCATAGA,BREAD_110858;TACGTTAA,BREAD_110953;TCATAGT,BREAD_110676;AGCTGCA,BREAD_110772;GAACGAAT,BREAD_110866;AGATACGA,BREAD_110961;TTACGAT,BREAD_110684;AGTACTT,BREAD_110781;TTGGCGGA,BREAD_110874;GCTGGATT,BREAD_110969;GGCTAGA,BREAD_110692;TAATTGC,BREAD_110788;CGCCGCAT,BREAD_110882;GACACCTT,BREAD_110977;AATCGTT,BREAD_110606;GCTGGAC,BREAD_110701;ACGTGTGT,BREAD_110796;CCGCCTAA,BREAD_110891;CTATGGA,BREAD_110614;GTCATCA,BREAD_110709;CAAGTGAA,BREAD_110804;TTCTTGGA,BREAD_110899;TACGGTA,BREAD_110621;CAGTGAC,BREAD_110717;GTTAACGA,BREAD_110812;CAACGCTT,BREAD_110907;ACTATGT,BREAD_110629;GCACACT,BREAD_110724;TCGTGGAT,BREAD_110820;AGCAGATA,BREAD_110915;CGTGAAT,BREAD_110637;AAGTCTT,BREAD_110732;AGCGATAA,BREAD_110827;TCTTAGGT,BREAD_110923;TTGCAGA,BREAD_110645;TGTATCA,BREAD_110740;CCACCAGT,BREAD_110835;GTGGCTAT,BREAD_110930;AACTTGT,BREAD_110653;CTGGAAC,BREAD_110748;GGCGTGTA,BREAD_110843;AGACTGAA,BREAD_110938;TGACGTA,BREAD_110661;ATTCGAC,BREAD_110756;AAGACAGT,BREAD_110851;CATAATGA,BREAD_110946;GCTATAA,BREAD_110669;CAAGATC,BREAD_110764;TTGTGCGA,BREAD_110859;GTGTCAGT,BREAD_110954;ATCGTAT,BREAD_110677;TCGCGCA,BREAD_110773;GAAGACAT,BREAD_110867;AGTGGCTT,BREAD_110962;TACTGAT,BREAD_110685;AGTGTGC,BREAD_110782;TGTCAAGA,BREAD_110875;CCACTGCA,BREAD_110970;CTTGAGA,BREAD_110693;GAATTCT,Blank;GCGAGGTT,BREAD_110883;TACAGGAT,BREAD_110978;)
description
Zea mays
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4577
organism
pooled
http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000663
strain
Generic sample from Zea mays
title