2024-05-09
ENA first public
ERC000011
ENA-CHECKLIST
SAMEA115146395
External Id
The Roslin Institute (University of Edinburgh)
INSDC center name
2024-01-26T11:57:50Z
INSDC last update
public
INSDC status
ERS17877255
SRA accession
metabat2_pooled_metaflye.112 MAG
Submitter Id
Many fragments with little to no review of assembly other than reporting of standard assembly statistics
assembly quality
metaFlye
assembly software
Default MetaBAT 2 parameters
binning parameters
MetaBAT 2
binning software
Gallus gallus
broad-scale environmental context
2021-09-15
collection date
99.95
completeness score
CheckM2
completeness software
0.02
contamination score
This sample represents a metagenome assembled genome from the metagenomic sample ERS16138921, ERS16138922, ERS16138923, ERS16138924, ERS16138925, ERS16138926, ERS16138927, ERS16138928, ERS16138929, ERS16138930, ERS16138931, ERS16138932, ERS16138933, ERS16138934, ERS16138935, ERS16138936, ERS16138937, ERS16138938, ERS16138939, ERS16138940, ERS16138941, ERS16138942, ERS16138943, ERS16138944
description
Caecal contents
environmental medium
United Kingdom
geographic location (country and/or sea)
55.86
geographic location (latitude)
-3.2
geographic location (longitude)
Caecal contents from a chicken (Gallus gallus)
isolation_source
Gastrointestinal tract microbiota
local environmental context
chicken gut metagenome
metagenomic source
Enorma phocaeensis
organism
Metagenomic characterisation of the caecal microbiota of XCR1 knockout chickens
project name
ERS16138921, ERS16138922, ERS16138923, ERS16138924, ERS16138925, ERS16138926, ERS16138927, ERS16138928, ERS16138929, ERS16138930, ERS16138931, ERS16138932, ERS16138933, ERS16138934, ERS16138935, ERS16138936, ERS16138937, ERS16138938, ERS16138939, ERS16138940, ERS16138941, ERS16138942, ERS16138943, ERS16138944
sample derived from
Enorma phocaeensis
scientific_name
GTDB-Tk
taxonomic identity marker
metabat2_pooled_metaflye.112 MAG
title