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type: RNA

city: Stirling

first: Iain

last: Gallagher

address: Room 4B133 Cottrell Building, University of Stirling, Airthrey Road

department: Faculty of Health Sciences and Sport

country: United Kingdom

institute: University of Stirling

description: Total RNA was prepared for hybridization using the protocol published by Affymetix

hyb_protocol: Standard Affymetrix protocol

scan_protocol: Standard Affymetrix protocol

data_processing: All array data were normalized using RMA and the Microarray Suite version 5.0 (MAS 5.0) algorithm to a global scaling intensity of 100. Data were filtered using present/absent calls. Probes called absent by MAS 5.0 across all arrays were discarded.

label: biotin

molecule: total RNA

organism: Homo sapiens

source_name: Skeletal muscle, vastus lateralis

label_protocol: Standard Affymetrix protocol

extract_protocol: Muscle was homogenized in Trizol with Polytron motor driven homogenizer and RNA extraction carried out using Trizol protocol (Invitrogen). Hybridization, washing, staining and scanning of the arrays were performed according to manufacturer's instructions (Affymetrix).

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tag: ck

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tag: creatininium

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title: Normal buccal keratinocytes (NBK), Sample A

status: Public on Aug 21 2007

first: Roland

last: Grafström

address: Nobelsväg 13

department: Institute of Environmental Medicine

country: Sweden

institute: Karolinska Institutet

description: Primary cell cultures were derived from tissue digestion with trypsin overnight at 4°C and the mixture was resuspended in a serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) and plated on dishes pre-coated with fibronectin and collagen.(Grafström R.C. Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002). Cultures were transferred on regular tissue culture plastic at about 75 % confluence, and cells in passage 2 were used in the experiments.Total RNA was prepared from 3 x 10^6 cells using the RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) from two separate experiments of NBK

hyb_protocol: We used the Affymetrix Hybridization Oven 640 and GeneChip® Fluidics Station 450 according to the manufacturer's recommended protocols.

scan_protocol: We used the Affymetrix GeneChip® Scanner 3000 according to the manufacturer's recommended protocols.

data_processing: The data was analyzed using Gene Chip Operating Software (Affymetrix). GCOS was also applied for target intensity scaling of each array to an identical value (100) and quantification of the signal log ratio.

label: Affymetrix single-stage biotin

source_name: Buccal mucosa from healthy, non-smoking donor undergoing maxillofacial surgery

label_protocol: We used GeneChip® One-Cycle Target Labeling and Control Reagents according to the manufacturer's recommended protocols.

extract_protocol: We used RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) according to the manufacturer's recommended protocols.

tag: cell type

value: Normal oral keratinocytes in serum-free culture

tag: experimental factor

value: Un-exposed control


title: SV40 T-antigen transfected buccal keratinocyte line (SVpgC2a), Sample A

description: The SVpgC2a cell line is cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Kulkarni et al. Carcinogenesis, 16: 2515-2521, 1995 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002). Total RNA was prepared from 3 x 10^6 cells using the RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) from two separate experiments of SVpgC2a in passages 64-72.

source_name: Derived by transfection of SV40 T-antigen to human buccal keratinocytes

growth_protocol: The SVpgC2a cell line is cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Kulkarni et al. Carcinogenesis, 16: 2515-2521, 1995 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002). The cells are routinely grown to confluency before passage and when seeded at 4100 cells/cm2 they reach confluency after 5 days.

extract_protocol: We used the RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) according to the manufacturer's recommended protocols.

tag: cell line

value: The SVpgC2a cell line is cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Kulkarni et al. Carcinogenesis, 16:2515-2521, 1995 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002).


title: Buccal carcinoma cell line (SqCC/Y1), Sample B

description: The SqCC/Y1 cells are cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Sundkvist, K et al. Cancer Commun, 3: 331-340, 1991 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002). Total RNA was prepared from 3 x 10^6 cells using the RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) from two separate experiments of SqCC/Y1 in passages 125-129

source_name: Buccal carcinoma

growth_protocol: The SqCC/Y1 cells are cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Sundkvist, K et al. Cancer Commun, 3: 331-340, 1991 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002). The cells are routinely grown to between 80-90% confluency before passage. 90% confluency is reached after 5 days when seeded at 10000 cells/cm2.

value: The SqCC/Y1 cells are cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Sundkvist, K et al. Cancer Commun, 3:331-340, 1991 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002).


title: Normal buccal keratinocytes (NBK), sample B

description: Primary cell cultures were derived from tissue digestion with trypsin overnight at 4°C and the mixture was resuspended in a serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) and plated on dishes pre-coated with fibronectin and collagen.(Grafström R.C. Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002). Cultures were transferred on regular tissue culture plastic at about 75 % confluence, and cells in passage 2 were used in the experiments.Total RNA was prepared from 3 x 10^6 cells using the RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) from two separate experiments of NBK.


title: SV40 T-antigen transfected buccal keratinocyte line (SVpgC2a), Sample B


title: Buccal carcinoma cell line (SqCC/Y1), Sample A

description: The SqCC/Y1 cells are cultured in the same serum-free epithelial medium with high levels of amino acids (EMHA) as normal buccal keratinocytes (Sundkvist, K et al. Cancer Commun, 3: 331-340, 1991 and Grafström R.C, Culture of Epithelial cells, 2nd ed, John Wiley and Sons Inc, NY, 2002).  Total RNA was prepared from 3 x 10^6 cells using the RNeasy Mini Protocol (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) from two separate experiments of SqCC/Y1 in passages 125-129.


title: T2-7

status: Public on Jan 01 2010

type: genomic

city: Duarte

first: Xiwei

last: Wu

state: CA

address: 1500 E. Duarte Rd.

department: Computational and Quantitative Medicine

country: USA

institute: City of Hope National Medical Center

description:
stage 1-7
Sample 25

hyb_protocol: According to NimbleGen Kit

scan_protocol: Follow NimbleScan's default using Agilent Scanner

data_processing: The log2 ratio of the input signals for the enriched and input samples that were co-hybridized to the array is computed and scaled to center the ratio data around zero. Scaling is performed by subtracting the bi-weight mean for the log2-ratio values for all features on the array from each log2-ratio value. VALUE is the P value derived from Kolmogorov-Smirnov test using 750bp window size of the Cy5/Cy3 log2 ratio using NimbleScan.

molecule: genomic DNA

source_name: input, astrocytoma T1-7

label_protocol: According to NimbleGen Kit

extract_protocol: Standard phenol/chloroform method was used for DNA extraction. The MIRA procedure was as described in Rauch et al., 2006. Cancer Research 66:7939–7947.

tag: fraction

value: input

tag: Stage

value: stage 2

source_name: methylated CpG-island recovery assay (MIRA) enriched, astrocytoma T1-7

value: methylated DNA-enriched


title: muscle_normal_17197

tag: dmdebut

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tag: hypertension

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