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MUTHEC
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status: Public on Apr 05 2019

type: SRA

city: Oklahoma City

first: Kurt

last: Zimmerman

state: Oklahoma

address: 940 Stanton L Young Blvd

department: Internal Medicine

country: USA

institute: University of Oklahoma Health Sciences Center

library_source: transcriptomic

data_processing:
CellRanger version 2.2.0 mkfastq tool was used for basecalling, which created 4 fastq files per sample from the 4 lanes of the flowcell. So, R1 has 4 fastq files; R2 has 4 fastq files; and I (index) has 4 fastq files.
R1 with a 16nt 10X barcode and a 10nt UMI
CellRanger version 2.2.0 count was used to create the matrix table for further processing.
The matrix was then loaded into Seurat version 2.3.4 for normalization, clustering and visualization.
Genome_build: GRch38,Sscrofa11 Release 91, mm10, Rnor6 Release 92
Supplementary_files_format_and_content: tab-delimited text file containing gene symbols with their respective expression for each cell/barcode.

molecule: total RNA

organism: Sus scrofa

source_name: kidney

extract_protocol:
CD45+ innate immune cells (T/B cell negative CD45+ cells) were sorted using a BD FACS AriaII. Live single cells were loaded into the 10x genomics machine.
Full length cDNA libraries were prepared by incubation of Gel Bead-In-EMulsions (GEMs) in a thermocycler machine with Chromium v2. GEMs containing cDNAs were broken and all single cell cDNA libraries were pooled together, cleaned using DynaBeads MyOne™ Silane beads (Fisher PN 37002D), and pre-amplified by PCR to generate sufficient mass for sequencing library construction.

tag: breed

value: mixed Landrace and Yorkshire

tag: tissue

value: kidney

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value: CD45+ innate immune cells

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value: 6 months old

tag: Sex

value: Male


title: CHC3334T

type: RNA

city: Paris

first: Sandrine

last: Imbeaud

address: 15 rue de l'Ecole de Médecine

department: INSERM UMRS1138-EQUIPE 28, Sorbonne Université-Inserm-Université de Paris

country: France

institute: Centre de Recherche des Cordeliers

description:
MUTHEC
test

data_processing: Expression level (Ct values) was assessed using the Fluidigm Real-Time PCR Analysis software (4.1.3). Gene expression data were expressed using the 2-DDCt method relative to ribosomal 18S (R18S) and the expression level of the corresponding gene in normal liver samples. Final results were reported in 2- delta delta CT representing fold change compared to normal livers

label: taqman assay

organism: Homo sapiens

source_name: liver tumor

label_protocol: We performed reverse transcription of 500 ng of total RNA using the High-Capacity Transcription Kit (Life Technologies) and assess gene expression using TaqMan predesigned assays (Life Technologies) on Fluidigm 96 dynamic arrays with the Bio-Mark Real-Time PCR system.

extract_protocol: Total RNA from frozen surgical samples was extracted using Maxwell 16 LEV simplyRNA Tissue kit (Promega, cat#AS1280) and from frozen biopsies using AllPrep DNA/RNA/miRNA Universal Kit (QIAGEN, cat #80224) according to the manufacturer’s instructions. DNAs were quantified using a Qubit 2.0 fluorometer (Qubit dsDNA BR assay kit, LifeTechnologies – ThermoFisher Scientifics) and quality was assessed as previously described. RNA was quantified using a spectrophotometer at 260nm (Nanodrop) and quality of RNA was controlled by Qiaxcell gel electrophoresis (Qiagen).

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value: HCC

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value: no

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city: Cambridge

first: Sanja

last: Vickovic

address: 415 Main Street

institute: Broad Institute of MIT and Harvard

data_processing:
ST Pipeline v0.8.5
Image alignment in ImageJ
ST aligner v0.1
ST Annotator v0.2
Genome_build: GRCm38.v79
Supplementary_files_format_and_content: counts: tab-delimited text files include raw UMI filtered counts for each ST spot; processed using ST Pipeline v0.8.5
Tissue jpg image: Aligned and processed HE stainesd image in a coordinate system; colnames in the counts files; processed using ST aligner v0.1
Annotation file: columns for the counts file are associate with an anatomical region tab used ST Annotator v0.2
Barcode file: Barcode file needed for spatial demultiplexing of each sample; used in ST Pipeline v0.8.5. Column1 corresponds to the first 18 bp in the R1.fastq.gz; Column2 corresponds to x and Columns3 to y in a (x.y) Cartesian system on an ST array. In processed files 1, 2 and 4 the x_y values can be rouned and will correspond to Columns 2 and 3 (x,y) in the respective barcode files.

molecule: polyA RNA

organism: Mus musculus

source_name: RNA-Seq of Mus musculus: p30 female spinal cord

extract_protocol:
Spatial Transcriptomics
RNA libraries were prepared for sequencing using standard Illumina protocols

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value: spinal cord

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value: female


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source_name: RNA-Seq of Mus musculus: p30 male spinal cord

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