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title: WBM, RE12-000385

status: Public on Aug 31 2019

type: RNA

city: La Jolla

first: Samuel

last: Danziger

state: CA

address: 10300 Campus Point Dr

country: USA

institute: Celgene

hyb_protocol: Following fragmentation, 15 ug of cRNA were hybridized for 16 hr at 45C on human GeneChip. U133 plus 2.0 chips are washed and stained further in affymetrix fluidics station

scan_protocol: Chips were scanned using the HG-U133 Plus 2.0 v2.2 on a Affymetrix Genechip scanner

data_processing:
Gene-expression data were generated using the Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array (Thermo Fisher Scientific) chips from WBM biopsies and CD138+-selected myeloma plasma cells. Risk status was assessed by ISS stage as defined by the International Myeloma Working Group (IMWG)25. CD138+ gene-expression data were used to generate the GEP-70 score55. A total of 1,360 Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 gene-expression microarrays were derived from WBM biopsies from 461 samples from patients.
Unsupervised clustering of the top 10% most variable estimated non-tumor gene expression profiles (643 genes) across all time points was performed using the R package ConsensusClusterPlus (Bioconductor). Bayesian information criterion (BIC) was used to select the optimal number of clusters. The cluster centroids were calculated based on the median expression of each of the genes for the patient samples belonging to that cluster, and the sum of the squared distances was taken for the entire patient cluster. The residual sum squared distances across all clusters were used to calculate the BIC score, with the assumption of a Gaussian special case, as follows:  BIC = n × ln(RSS/n) + ln(n) × k, where n is the number of observations, RSS is the residual sum of squares, and k is the number of clusters. The maximum possible number of clusters was set to the square root of  the number of samples; thus, for the 867 patient samples, the optimal number of clusters determined by the algorithm was 13 out of a possible maximum of 29 clusters. Several of these microenvironment clusters were comprised of very few patient samples; therefore, we combined those micro-clusters defined as those containing less than a threshold of 5% of the samples.   For supervised machine learning survival analysis, cell-type estimates for cells with similar functions and gene expression signatures were added together to create 19 cell types for assessment.
The final signals correspond to probes that map to annotated genes as reported by Bioconductor's 'hgu133plus2.db' or BioMart repository ENSEMBL_MART_ENSEMBL with probes matching to 'LINC00597' added by hand.  Where multiple probes map to a particular gene, the median reported signal was used.

label: biotin

molecule: total RNA

organism: Homo sapiens

source_name: whole bone marrow

label_protocol: Biotinylated cRNA were prepared according to the standard Affymetrix protocol from200ng total RNA

extract_protocol: RNA extraction and isolation was performed with the AllPrep kit by Qiagen

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value: Signal Genetics

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title: 2.WT CD4+ CD90.1+ T cells (replicate 2)

type: SRA

city: Würzburg

first: Stefan

last: Klein-Hessling

address: Josef-Schneider-Str. 2

department: Institute of Pathology

country: Germany

institute: University of Würzburg

description: WT 2

library_source: transcriptomic

data_processing:
Sequence reads were trimmed for adapter sequences and further processed using the software CLC Genomics workbench (v7.5.1 with CLC's default settings for RNA-Seq analysis). Reads were aligned to GRCm38 genome.
Genome_build: GRCm38
Supplementary_files_format_and_content: RPKM

organism: Mus musculus

source_name: CD4+ CD90.1+ T cells from GvHD-induced mice on d4, wildtyp

growth_protocol: Allogenic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT): BALB/c host mice (H-2d CD90.2+) were conditioned by myeloablative total body irradiation (TBI) at a dose of 8.0 Gy using a Faxitron CP-160 X-ray system and injected retroorbitally with sex- and age-matched 5x10^6 B6 BM cells (H-2b CD90.2+) plus 1.2x10^6 B6 T cells (H-2b CD90.1+) within 2 hours after irradiation. Mice were treated with antibiotic drinking water (Baytril, Bayer) after allo-HSCT to prevent unspecific infections. CD4+ CD90.1+ T cells were enriched from spleen single cell suspension by flow cytometry using Zombie Aqua™ Fixable Viability Kit, anti-CD90.1 (OX-7) and anti-CD4 (RM4-5) at day 4 of allo-HSCT.

extract_protocol:
Cells enriched by flow cytometry were directly collected in RNA extraction buffer
Quantity of total RNA was assessed with the Qubit 2.0 and quality was checked using a RNA 6000 Pico chip on Agilent's bioanalyzer. Barcoded mRNA seq libraries were prepared from 10 ng total RNA using a NEBNext® Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module and NEBNext® Ultra™ II RNA Library Prep Kit for Illumina® according to the manual. All quality controls were done using Invitrogen’s Qubit HS assay and fragment size was determined on Agilent’s 2100 Bioanalyzer HS DNA assay.

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title: 6.NFATc1/ΔS CD4+ CD90.1+ T cells (replicate 3)

description: NFATc1/ΔS 6

source_name: CD4+ CD90.1+ T cells from GvHD-induced mice on d4, NFATc1/ΔS

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value: Allogenic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT)

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title: 1.WT CD4+ CD90.1+ T cells (replicate 1)

description: WT 1

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title: WBM, BI12-000018

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