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title: WBM, BI14-000510

status: Public on Aug 31 2019

type: RNA

city: La Jolla

first: Samuel

last: Danziger

state: CA

address: 10300 Campus Point Dr

country: USA

institute: Celgene

hyb_protocol: Following fragmentation, 15 ug of cRNA were hybridized for 16 hr at 45C on human GeneChip. U133 plus 2.0 chips are washed and stained further in affymetrix fluidics station

scan_protocol: Chips were scanned using the HG-U133 Plus 2.0 v2.2 on a Affymetrix Genechip scanner

data_processing:
Gene-expression data were generated using the Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array (Thermo Fisher Scientific) chips from WBM biopsies and CD138+-selected myeloma plasma cells. Risk status was assessed by ISS stage as defined by the International Myeloma Working Group (IMWG)25. CD138+ gene-expression data were used to generate the GEP-70 score55. A total of 1,360 Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 gene-expression microarrays were derived from WBM biopsies from 461 samples from patients.
Unsupervised clustering of the top 10% most variable estimated non-tumor gene expression profiles (643 genes) across all time points was performed using the R package ConsensusClusterPlus (Bioconductor). Bayesian information criterion (BIC) was used to select the optimal number of clusters. The cluster centroids were calculated based on the median expression of each of the genes for the patient samples belonging to that cluster, and the sum of the squared distances was taken for the entire patient cluster. The residual sum squared distances across all clusters were used to calculate the BIC score, with the assumption of a Gaussian special case, as follows:  BIC = n × ln(RSS/n) + ln(n) × k, where n is the number of observations, RSS is the residual sum of squares, and k is the number of clusters. The maximum possible number of clusters was set to the square root of  the number of samples; thus, for the 867 patient samples, the optimal number of clusters determined by the algorithm was 13 out of a possible maximum of 29 clusters. Several of these microenvironment clusters were comprised of very few patient samples; therefore, we combined those micro-clusters defined as those containing less than a threshold of 5% of the samples.   For supervised machine learning survival analysis, cell-type estimates for cells with similar functions and gene expression signatures were added together to create 19 cell types for assessment.
The final signals correspond to probes that map to annotated genes as reported by Bioconductor's 'hgu133plus2.db' or BioMart repository ENSEMBL_MART_ENSEMBL with probes matching to 'LINC00597' added by hand.  Where multiple probes map to a particular gene, the median reported signal was used.

label: biotin

molecule: total RNA

organism: Homo sapiens

source_name: whole bone marrow

label_protocol: Biotinylated cRNA were prepared according to the standard Affymetrix protocol from200ng total RNA

extract_protocol: RNA extraction and isolation was performed with the AllPrep kit by Qiagen

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title: ASCs cocultured with NPCs 1

city: Shanghai

first: Zhihua Han

last: Han

state: Please select region, state or province

address: Xin Songjiang Road 650

department: Orthopedic Traumatology, Shanghai Trauma and Emergency Center

country: China

institute: Shanghai General Hospital, School of Medicine, Shanghai Jiaotong University

hyb_protocol: Following fragmentation, 10 ug of cRNA were hybridized for 16 hr at 45C on GeneChip Drosophila Genome Array. GeneChips were washed and stained in the Affymetrix Fluidics Station 400.

scan_protocol: GeneChips were scanned using the Hewlett-Packard GeneArray Scanner G2500A.

data_processing: The data were analyzed with Microarray Suite version 5.0 (MAS 5.0) using Affymetrix default analysis settings and global scaling as normalization method. The trimmed mean target intensity of each array was arbitrarily set to 100.

source_name: ASCs cocultured with NPCs

label_protocol: Biotinylated cRNA were prepared according to the standard Affymetrix protocol from 6 ug total RNA (Expression Analysis Technical Manual, 2001, Affymetrix).

growth_protocol: ASCs were isolated and then cultured in Dulbecco’s modified Eagle’s medium/F12 medium containing 10% fetal bovine serum (FBS) in 37°, 5% CO2 incubator. The medium was changed every 2-3 days.

extract_protocol: Trizol extraction of total RNA was performed according to the manufacturer's instructions.

treatment_protocol: Both ASCs and NPCs at passage 3 were co-cultured using non-direct cell-cell contact coculturing system for 7 days

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title: ASCs cocultured with NPCs 2

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title: WBM, BI14-000702

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title: WBM, BI13-000734

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