title: Riboseq, B16-F10 melanoma cells, Mettl5 KO, rep2

city: Shenzhen

first: Hao

last: Chen

address: 1088 Xueyuan Avenue

institute: Southern University of Science and Technology (SUSTech)

description: Library name: Ribo-Mettl5-KO-2

data_processing:
Processed reads were aligned to the reference genome (gencode GRCm39) by the STAR (v2.7.10a)80, allowing for at most two mismatches. For Ribo-seq data, quality control and translational profiles was analyzed by RiboseQC. Transcriptome assembly and quantification were performed using StringTie (v2.1.7)81. For TCR-seq, data were analysed using ImmunoSEQ Analyzer 3.0, an Adaptive Biotechnologies online analysis platform. For scRNA-seq, Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data were processed using standardized bioinformatics workflows. Raw sequencing data were aligned to the Mouse reference genome (GRCm39) and converted into unique molecular identifier (UMI) count matrices using Cell Ranger.
Assembly: GRCm39.genome.fa
Library strategy: Ribo-Seq

source_name: B16-F10 melanoma cells

growth_protocol: The B16-F10 melanoma cells were cultured in Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM, Gibco) supplemented with 10% fetal bovine serum (FBS, Biological Industries), 1% penicillin-streptomycin (Thermo Fisher Scientific), and 1% SaveIt mycoplasma inhibitor (Hanbio Biotechnology). Cells were maintained in a humidified incubator at 37°C with 5% CO₂ and routinely tested for bacterial and mycoplasma contamination.

extract_protocol:
For Ribo-Seq, cells were incubated with 100 μg/ml Cycloheximide (MCE) for 8 min at 37°C and were then lysed on ice for 10min in 400uL lysis buffer (20 mM Tris–HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 100 μg/ml Cycloheximide, 1% Triton X-100). The supernatant was collected via centrifugation at 12 000 g for 10 min at 4 °C, and its' absorbance at 260nm was measured. The ribosomes with equal A260 in each group were reserved for RNA sequencing. For TCR-Seq, PBMCs were isolated from whole blood of C57BL/6N mice that had been inoculated with either control B16F10 cells or Mettl5-KO cells 12 days prior.   For scRNA-Seq,  Tumors were surgically resected and preserved in MACS Tissue Storage Solution, then transferred to the laboratory at low temperature. Following the manufacturer's instructions for the Miltenyi Biotec dissociation kit, the tumors were dissociated into a single-cell suspension. Post-dissociation, cells were resuspended in MACS Tissue Storage Solution to maintain viability. Cell counting and concentration adjustment were performed, followed by labeling with Zombie NIR viability dye to distinguish live and dead cells. Subsequently, cells were incubated with Fc blocker in FACS buffer to prevent non-specific antibody binding. Cells were then incubated with an antibody cocktail containing anti-CD45 antibodies. After incubation, cells were washed, filtered through a 70-μm Macs SmartStrainer to remove aggregates and debris, ensuring a high-quality single-cell suspension. Finally, CD45+ live immune cells were sorted using a BD FACSAria II instrument for downstream scRNA-seq analysis with the 10X Genomics 5' platform. This method ensures the isolation of viable immune cells, crucial for studying the tumor immune microenvironment.
For Ribo-Seq, added 15U RNase1 (Thermo Fisher Scientific) for each 1OD of lysate, and incubated the reactions at 22°C for 40 min with gentle mixing. Ribosome-protected fragments (RPFs) were collected by MicroSpin S-400 columns (Cytiva) and purified by Zymo Research RNA Clean & Concentrator-25 kit (Zymo). The RPFs were then separated with 15% polyacrylamide TBE–urea gel, excised the gel slices between 17 and 34 nucleotides and recovered RNA from PAGE gel by ZR small-RNA™ PAGE Recovery Kit (Zymo). Purified RNA was treated with PNK(NEB), and the RNA library was prepared by VAHTSTM Small RNA Library Prep Kit for Illumina®(Vazyme). The library concentration was analyzed using the VAHTSTM Library Quantification Kit for Illumina®, and equimolar pools of libraries were sequenced. For TCR-Seq, DNA was extracted from PBMC using a QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen), and the concentration was tested using NanoDrop 2000 spectrophotometer (Thermo Fisher Scientific). The DNA was used as a template for PCR amplification, which was performed to generate the library of TCR and BCR. The step 1 PCR amplification protocol was as follows: 95 °C for 5 min; 95 °C for 30 s, 59 °C for 30 s; 72 °C for 1 min for 30 cycles; and 72 °C for 10 min. The step 2 PCR amplification protocol was as follows: 98 °C for 2 min; 98 °C for 30 s, 65 °C for 30 s; 72 °C for 30 s for 10 cycles; and 72 °C for 5 min. The PCR products were purified, and the barcodes were confirmed. The annealed region of these primers was the CDR3 region, as shown by Multiplex PCR Amplifies. The CDR3 regions were sequenced on Illumina NextSeq500 (MyGenostics).  For scRNA-Seq, Following cell sorting, live CD45+ immune cells were resuspended in PBS + 0.04% BSA at 1,000 cells/μL. Libraries were prepared using the 10x Genomics Chromium Next GEM Single Cell 5' v2 Kit according to manufacturer protocol, targeting 10,000 cells per sample. cDNA amplification and fragmentation were performed before Illumina adapter ligation.

value: B16-F10 melanoma cells

value: Mettl5 KO


title: Riboseq, B16-F10 melanoma cells, Mettl5 KO, rep1

status: Public on Feb 18 2026

type: SRA

country: China

description: Library name: Ribo-Mettl5-KO-1

library_source: transcriptomic

molecule: total RNA

organism: Mus musculus

tag: cell line

tag: genotype


title: Riboseq, B16-F10 melanoma cells, scrambled control (SCR) , rep1

description: Library name: Ribo-Mettl5-SCR-1

value: scrambled control (SCR)


title: Riboseq, B16-F10 melanoma cells, scrambled control (SCR), rep2

description: Library name: Ribo-Mettl5-SCR-2


title: Control of Jak2 HSC 1

city: St. Louis

first: Yoona

last: Kang

state: MO

address: Washington University in St. Louis

department: Department of Medicine

country: USA

institute: Washington University

description: Library name: cj_hsc_1

data_processing:
The adaptor sequences are removed using cutadapt (ver. 4.0). Using FastQC (https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/), the initial quality control of raw reads was performed, and HISAT2 assess overall read coverage. The reference gene model of HISAT2 was based on the Mus musculus genome (GRCm38/mm10). The abundance of transcript reads were estimated using Salmon and genes with low expressions were filtered out (<3 reads across compared set of samples).
Assembly: GRCm38/mm10
Supplementary files format and content: Salmon-based gene quenaitication files (*quant.genes.sf)

source_name: Bone Marrow

extract_protocol:
RNA was isolated from 7,000 to 10,000 cells per sample using RNeasy Plus Micro Kit (Qiagen, 74034).
Total RNA integrity was determined using Agilent Bioanalyzer or 4200 Tapestation. Library preparation was performed with 10ng of total RNA with a Bioanalyzer RIN score greater than 8.0. ds-cDNA was prepared using the SMARTer Ultra Low RNA kit for Illumina Sequencing (Takara-Clontech) per manufacturer's protocol. cDNA was fragmented using a Covaris E220 sonicator using peak incident power 18, duty factor 20%, cycles per burst 50 for 120 seconds. cDNA was blunt ended, had an A base added to the 3' ends, and then had Illumina sequencing adapters ligated to the ends. Ligated fragments were then amplified for 12-15 cycles using primers incorporating unique dual index tags. Fragments were sequenced on an Illumina NovaSeq X Plus using paired end reads extending 150 bases.

tag: tissue

value: Bone Marrow

tag: cell type

value: HSC

value: WT

tag: batch


title: Control of Jak2 MPP3 Fcgr negative 4

description: Library name: cj_fc.neg_mpp3_4

value: MPP3 Fcgr(-)


title: Jak2 MPP3 Fcgr negative 4

description: Library name: jak2_fc.neg_mpp3_4


title: Control of Jak2 HSC 3

description: Library name: cj_hsc_3


title: Jak2 HSC 4

description: Library name: jak2_hsc_4


title: Jak2 MPP3 Fcgr negative 1

description: Library name: jak2_fc.neg_mpp3_1


title: Control of Jak2 HSC 4

description: Library name: cj_hsc_4


title: Jak2 MPP3 Fcgr negative 3

description: Library name: jak2_fc.neg_mpp3_3


title: Control of Jak2 MPP3 Fcgr negative 3

description: Library name: cj_fc.neg_mpp3_3


title: Control of Jak2 HSC 2

description: Library name: cj_hsc_2


title: Jak2 MPP3 Fcgr negative 2

description: Library name: jak2_fc.neg_mpp3_2


title: Control of Jak2 MPP3 Fcgr negative 1

description: Library name: cj_fc.neg_mpp3_1


title: Jak2 HSC 1

description: Library name: jak2_hsc_1


title: Control of Jak2 MPP3 Fcgr negative 2

description: Library name: cj_fc.neg_mpp3_2


title: Jak2 HSC 2

description: Library name: jak2_hsc_2


title: Jak2 HSC 3

description: Library name: jak2_hsc_3


title: VUMC02997

type: RNA

city: Nashville

first: Hui

last: Cai

state: TN

address: 2525 West End Ave.

institute: VUMC

hyb_protocol: The samples from the miRNA Sample Preparation Protocol were denatured at 85°C for 5 minutes, then 5ul of each sample were hybridized with NanoString CodeSet chemistry (consists of a Reporter CodeSet and a Capture ProbeSet) at 65°C for 20-22 hours.

scan_protocol: After hybridization, the samples were proceeded immediately to post-hybridization on the nCounter Prep Station, where excess probes were removed, and target-probe complexes were immobilized and aligned on the cartridge. Their barcodes are then counted on an nCounter Digital Analyzer.

data_processing:
The tabulated barcodes from the nCounter Digital Analyzer were analyzed using r package nanostringr (R/Bioconductor Packages) for normalization analysis
Normalized barcode counts

organism: Homo sapiens

source_name: nested case-control study

label_protocol: From 20 µL of total RNA yield, 3 µL was used for miRNA expression analysis. The unique oligonucleotide tags were annealed and subsequently ligated with miRNAs of interest via a target specific bridge oligo. Sequence specificity between each miRNA and its appropriate tag was ensured by careful, stepwise control of annealing and ligation temperatures, following NanoString’s miRNA Sample Preparation Protocol.

extract_protocol: Total RNA, including miRNA, was extracted and purified from plasma samples using Qiagen's miRNeasy Serum/Plasma Kit, following the manufacturer’s protocol. To minimize cellular contamination, plasma samples were centrifuged at 16,000 × g for 10 minutes at 4°C, and 200 µL of the supernatant was used for RNA extraction. To control for variability in starting material and extraction efficiency, 5 µL each of three synthetic spike-in RNA oligonucleotides—osa-miR414 (2 pg/µL), cel-miR248 (1 pg/µL), and ath-miR159a (4 pg/µL)—were added to each sample.

value: plasma


title: VUMC03000


title: VUMC02996


title: VUMC02999


title: VUMC02995


title: scRNA, mouse lymph node tissues with vector rep1

city: ChengDu

first: yucui

last: shang

address: No. 12 Linyin Street, Wuhou District

department: State Key Laboratory of Biotherapy and Cancer Center

institute: SiChuan University

description: Library name: Ren1

library_source: transcriptomic single cell

data_processing:
To identify tumor cells, we added the exogenous plasmid sequence into the mm10 genome reference. Cellranger (v7.0.1) was used to generate the index of the genome reference and align the raw data with the mm10 genome reference for the murine model.
Assembly: Mouse mm10
Supplementary files format and content: Tap-separated values files and matrix files

molecule: polyA RNA

source_name: lymph node

extract_protocol:
The ground lymph node tissue was filtered through a 100-μm filter to obtain a single-cell suspension. The cell numbers were quantified, and the concentration was adjusted to 800-1200 cells/μl, with cell activity > 85%. Single-cell suspensions were subjected to scRNA-seq within an hour of acquisition, using the 10x genomics platform to construct the single-cell library of samples.
Single-cell RNA sequencing libraries were generated using the Chromium Single Cell 3’ Reagent Kits v3 (10x Genomics).

value: lymph node


title: scRNA, Alox15b-knockdown mouse lymphoma tumor tissues rep3

description: Library name: Vehicle3

source_name: lymphoma tumor tissues

value: lymphoma tumor tissues

tag: treatment

value: vehicle


title: VUMC02993


title: VUMC02994


title: VUMC02990


title: VUMC02989


title: VUMC02991


title: VUMC02984


title: VUMC02981


title: VUMC02986


title: VUMC02976


title: VUMC02974


title: VUMC02978


title: VUMC02972


title: VUMC02982


title: VUMC02979


title: VUMC02971


title: VUMC02985


title: VUMC02969


title: VUMC02968


title: VUMC02987


title: VUMC02983


title: VUMC02975


title: VUMC02988


title: VUMC02967


title: VUMC02980


title: VUMC02964


title: VUMC02977


title: VUMC02965


title: VUMC02970


title: VUMC02973


title: VUMC02962


title: VUMC02966


title: VUMC02963


title: VUMC02961


title: VUMC02959


title: VUMC02957


title: VUMC02952


title: VUMC02958


title: VUMC02960


title: VUMC02953


title: VUMC02950


title: VUMC02949


title: VUMC02945


title: VUMC02944


title: VUMC02940


title: VUMC02948


title: VUMC02939


title: VUMC02941


title: VUMC02943


title: VUMC02942


title: VUMC02946


title: VUMC02938


title: VUMC02937


title: VUMC02936


title: VUMC02935


title: VUMC02933


title: VUMC02932


title: VUMC02951


title: VUMC02929


title: VUMC02931


title: VUMC02928


title: VUMC02930


title: VUMC02913


title: VUMC02915


title: VUMC02927


title: VUMC02924


title: VUMC02917


title: VUMC02910


title: VUMC02908


title: VUMC02909


title: VUMC02912


title: VUMC02925


title: VUMC02919


title: VUMC02906


title: VUMC02903


title: VUMC02911


title: VUMC02904


title: VUMC02900


title: VUMC02907


title: VUMC02926


title: VUMC02923


title: VUMC02922


title: VUMC02905


title: VUMC02916


title: VUMC02921


title: VUMC02898


title: VUMC02899


title: VUMC02902


title: VUMC02901


title: VUMC02897


title: VUMC02896


title: VUMC02895


title: VUMC02890


title: VUMC02892


title: VUMC02888


title: VUMC02886


title: VUMC02889


title: VUMC02887


title: VUMC02884


title: VUMC02883


title: VUMC02894


title: VUMC02885


title: VUMC02881


title: VUMC02875


title: VUMC02873


title: VUMC02874


title: VUMC02872


title: VUMC02876


title: VUMC02891


title: VUMC02893


title: VUMC02871


title: VUMC02878


title: VUMC02880


title: VUMC02877


title: VUMC02870


title: VUMC02865


title: VUMC02864


title: VUMC02867


title: VUMC02869


title: VUMC02866


title: VUMC02863


title: VUMC02859


title: VUMC02858


title: VUMC02857


title: VUMC02855


title: VUMC02856


title: VUMC02854


title: VUMC02853


title: VUMC02851


title: VUMC02848


title: VUMC02847


title: VUMC02862


title: VUMC02849


title: VUMC02837


title: VUMC02860


title: VUMC02845


title: VUMC02841


title: VUMC02843


title: VUMC02846


title: VUMC02835


title: VUMC02839


title: VUMC02840


title: VUMC02830


title: VUMC02838


title: VUMC02831


title: VUMC02832


title: VUMC02826


title: VUMC02829


title: VUMC02825


title: VUMC02852


title: VUMC02819


title: VUMC02842


title: VUMC02818


title: VUMC02817


title: VUMC02822


title: VUMC02813


title: VUMC02814


title: VUMC02809


title: VUMC02816


title: VUMC02805


title: VUMC02800


title: VUMC02803


title: VUMC02815


title: VUMC02821


title: VUMC02811


title: VUMC02801


title: VUMC02799


title: VUMC02806


title: VUMC02802


title: VUMC02808


title: VUMC02798


title: VUMC02807


title: VUMC02796


title: VUMC02810


title: VUMC02793


title: VUMC02794


title: VUMC02795


title: VUMC02792


title: VUMC02797


title: VUMC02791


title: VUMC02790


title: VUMC02788


title: VUMC02787


title: VUMC02786


title: VUMC02783


title: VUMC02785


title: VUMC02784


title: VUMC02782


title: VUMC02781


title: VUMC02779


title: VUMC02772


title: VUMC02775


title: VUMC02771


title: VUMC02789


title: VUMC02773


title: VUMC02769


title: VUMC02774


title: VUMC02777


title: VUMC02762


title: VUMC02765


title: VUMC02760


title: VUMC02776


title: VUMC02758


title: VUMC02763


title: VUMC02767


title: VUMC02759


title: VUMC02766


title: VUMC02768


title: VUMC02756


title: VUMC02764


title: VUMC02755


title: VUMC02757


title: VUMC02752


title: VUMC02749


title: VUMC02751


title: VUMC02746


title: VUMC02747


title: VUMC02745


title: VUMC02748


title: VUMC02744


title: VUMC02743


title: VUMC02731


title: VUMC02729


title: VUMC02728


title: VUMC02738


title: VUMC02742


title: VUMC02724


title: VUMC02741


title: VUMC02737


title: VUMC02719


title: VUMC02722


title: VUMC02716


title: VUMC02754


title: VUMC02735


title: VUMC02732


title: VUMC02721


title: VUMC02733


title: VUMC02723


title: VUMC02739


title: VUMC02727


title: VUMC02725


title: VUMC02734


title: VUMC02715


title: VUMC02736


title: VUMC02730


title: VUMC02740


title: VUMC02720


title: VUMC02717


title: VUMC02714


title: VUMC02707


title: VUMC02712


title: VUMC02709


title: VUMC02713


title: VUMC02710


title: VUMC02711


title: VUMC02708


title: VUMC02704


title: VUMC02706


title: VUMC02698


title: VUMC02701


title: VUMC02699


title: VUMC02695


title: VUMC02693


title: VUMC02691


title: VUMC02702


title: VUMC02689


title: VUMC02705


title: VUMC02700


title: VUMC02694


title: VUMC02692


title: VUMC02686


title: VUMC02703


title: VUMC02697


title: VUMC02687


title: VUMC02688


title: VUMC02685


title: VUMC02696


title: VUMC02682


title: VUMC02679


title: VUMC02681


title: VUMC02675


title: VUMC02678


title: VUMC02677


title: VUMC02672


title: VUMC02673


title: VUMC02674


title: VUMC02668


title: VUMC02662


title: VUMC02660


title: VUMC02658


title: VUMC02661


title: VUMC02665


title: VUMC02664


title: VUMC02663


title: VUMC02653


title: VUMC02654


title: VUMC02652


title: VUMC02671


title: VUMC02655


title: VUMC02651


title: VUMC02657


title: VUMC02650


title: VUMC02649


title: VUMC02666


title: VUMC02659


title: VUMC02647


title: VUMC02645


title: VUMC02648


title: VUMC02643


title: VUMC02641


title: VUMC02639


title: VUMC02640


title: VUMC02637


title: VUMC02635


title: VUMC02644


title: VUMC02633


title: VUMC02630


title: VUMC02632


title: VUMC02631


title: VUMC02642


title: VUMC02629


title: VUMC02627


title: VUMC02622


title: VUMC02623


title: VUMC02626


title: VUMC02621


title: VUMC02628


title: VUMC02624


title: VUMC02617


title: VUMC02613


title: VUMC02610


title: VUMC02620


title: VUMC02619


title: VUMC02606


title: VUMC02616


title: VUMC02600


title: VUMC02604


title: VUMC02612


title: VUMC02615


title: VUMC02599


title: VUMC02608


title: VUMC02594


title: VUMC02593


title: VUMC02605


title: VUMC02603


title: VUMC02602


title: VUMC02614


title: VUMC02601


title: VUMC02597


title: VUMC02598


title: VUMC02591


title: VUMC02609


title: VUMC02588


title: VUMC02592


title: VUMC02585


title: VUMC02595


title: VUMC02596


title: VUMC02618


title: VUMC02590


title: VUMC02580


title: VUMC02589


title: VUMC02586


title: VUMC02587


title: VUMC02577


title: VUMC02581


title: VUMC02584


title: VUMC02578


title: VUMC02573


title: VUMC02572


title: VUMC02582


title: VUMC02576


title: VUMC02579


title: VUMC02568


title: VUMC02570


title: VUMC02571


title: VUMC02574


title: VUMC02569


title: VUMC02566


title: VUMC02560


title: VUMC02559


title: VUMC02567


title: VUMC02564


title: VUMC02562


title: VUMC02563


title: VUMC02558


title: VUMC02557


title: VUMC02555


title: VUMC02554


title: VUMC02552


title: VUMC02547


title: VUMC02556


title: VUMC02551


title: VUMC02550


title: VUMC02548


title: VUMC02561


title: VUMC02546


title: VUMC02545


title: VUMC02543


title: VUMC02540


title: VUMC02541


title: VUMC02539


title: VUMC02544


title: VUMC02549


title: VUMC02531


title: VUMC02537


title: VUMC02542


title: VUMC02553


title: VUMC02526


title: VUMC02533


title: VUMC02534


title: VUMC02529


title: VUMC02530


title: VUMC02528


title: VUMC02527


title: VUMC02525


title: VUMC02520


title: VUMC02516


title: VUMC02535


title: VUMC02532


title: VUMC02524


title: VUMC02523


title: VUMC02522


title: VUMC02512


title: VUMC02519


title: VUMC02508


title: VUMC02518


title: VUMC02515


title: VUMC02502


title: VUMC02503


title: VUMC02514


title: VUMC02506


title: VUMC02513


title: VUMC02500


title: VUMC02517


title: VUMC02511


title: VUMC02509


title: VUMC02493


title: VUMC02496


title: VUMC02504


title: VUMC02499


title: VUMC02494


title: VUMC02492


title: VUMC02498


title: VUMC02501


title: VUMC02497


title: VUMC02505


title: VUMC02490


title: VUMC02487


title: VUMC02491


title: VUMC02486


title: VUMC02488


title: VUMC02510


title: VUMC02483


title: VUMC02481


title: VUMC02482


title: VUMC02478


title: VUMC02479


title: VUMC02480


title: VUMC02485


title: VUMC02489


title: VUMC02484


title: VUMC02475


title: VUMC02472


title: VUMC02473


title: VUMC02476


title: VUMC02471


title: VUMC02466


title: VUMC02465


title: VUMC02464


title: VUMC02461


title: VUMC02459


title: VUMC02458


title: VUMC02474


title: VUMC02455


title: VUMC02454


title: VUMC02449


title: VUMC02469


title: VUMC02442


title: VUMC02468


title: VUMC02467


title: VUMC02463


title: VUMC02462


title: VUMC02460


title: VUMC02438


title: VUMC02444


title: VUMC02445


title: VUMC02432


title: VUMC02433


title: VUMC02456


title: VUMC02452


title: VUMC02451


title: VUMC02429


title: VUMC02450


title: VUMC02427


title: VUMC02428


title: VUMC02448


title: VUMC02421


title: VUMC02446


title: VUMC02443


title: VUMC02415


title: VUMC02440


title: VUMC02437


title: VUMC02434


title: VUMC02447


title: VUMC02439


title: VUMC02435


title: VUMC02431


title: VUMC02430


title: VUMC02425


title: VUMC02410


title: VUMC02408


title: VUMC02426


title: VUMC02404


title: VUMC02403


title: VUMC02419


title: VUMC02417


title: VUMC02418


title: VUMC02423


title: VUMC02416


title: VUMC02413


title: VUMC02409


title: VUMC02397


title: VUMC02407


title: VUMC02414


title: VUMC02390


title: VUMC02405


title: VUMC02389


title: VUMC02411


title: VUMC02402


title: VUMC02388


title: VUMC02392


title: VUMC02385


title: VUMC02382


title: VUMC02383


title: VUMC02381


title: VUMC02401


title: VUMC02378


title: VUMC02386


title: VUMC02400


title: VUMC02399


title: VUMC02375


title: VUMC02398


title: VUMC02395


title: VUMC02371


title: VUMC02394


title: VUMC02370


title: VUMC02373


title: VUMC02372


title: VUMC02393


title: VUMC02376


title: VUMC02362


title: VUMC02391


title: VUMC02387


title: VUMC02358


title: VUMC02354


title: VUMC02384


title: VUMC02379


title: VUMC02380


title: VUMC02350


title: VUMC02344


title: VUMC02374


title: VUMC02367


title: VUMC02368


title: VUMC02365


title: VUMC02340


title: VUMC02364


title: VUMC02361


title: VUMC02356


title: VUMC02353


title: VUMC02359


title: VUMC02360


title: VUMC02335


title: VUMC02347


title: VUMC02348


title: VUMC02351


title: VUMC02332


title: VUMC02330


title: VUMC02346


title: VUMC02343


title: VUMC02329


title: VUMC02333


title: VUMC02342


title: VUMC02325


title: VUMC02341


title: VUMC02338


title: VUMC02345


title: VUMC02339


title: VUMC02337


title: VUMC02322


title: VUMC02323


title: VUMC02336


title: VUMC02321


title: VUMC02334


title: VUMC02331


title: VUMC02316


title: VUMC02313


title: VUMC02314


title: VUMC02327


title: VUMC02326


title: VUMC02328


title: VUMC02309


title: VUMC02320


title: VUMC02318


title: VUMC02305


title: VUMC02306


title: VUMC02324


title: VUMC02317


title: VUMC02312


title: VUMC02302


title: VUMC02303


title: VUMC02310


title: VUMC02301


title: VUMC02307


title: VUMC02293


title: VUMC02315


title: VUMC02299


title: VUMC02291


title: VUMC02297


title: VUMC02298


title: VUMC02295


title: VUMC02286


title: VUMC02296


title: VUMC02284


title: VUMC02289


title: VUMC02300


title: VUMC02288


title: VUMC02290


title: VUMC02292


title: VUMC02277


title: VUMC02285


title: VUMC02278


title: VUMC02282


title: VUMC02281


title: VUMC02280


title: VUMC02279


title: VUMC02275


title: VUMC02273


title: VUMC02274


title: VUMC02268


title: VUMC02276


title: VUMC02267


title: VUMC02266


title: VUMC02272


title: VUMC02263


title: VUMC02261


title: VUMC02271


title: VUMC02270


title: VUMC02269


title: VUMC02265


title: VUMC02257


title: VUMC02256


title: VUMC02264


title: VUMC02258


title: VUMC02253


title: VUMC02260


title: VUMC02252


title: VUMC02254


title: VUMC02255


title: VUMC02250


title: VUMC02262


title: VUMC02259


title: VUMC02248


title: VUMC02249


title: VUMC02246


title: VUMC02245


title: VUMC02242


title: VUMC02243


title: VUMC02241


title: VUMC02239


title: VUMC02251


title: VUMC02240


title: VUMC02244


title: VUMC02237


title: VUMC02238


title: VUMC02235


title: VUMC02236


title: VUMC02232


title: VUMC02233


title: VUMC02247


title: VUMC02228


title: VUMC02230


title: VUMC02231


title: VUMC02224


title: VUMC02223


title: VUMC02227


title: VUMC02221


title: VUMC02229


title: VUMC02225


title: VUMC02220


title: VUMC02216


title: VUMC02212


title: VUMC02218


title: VUMC02222


title: VUMC02211


title: VUMC02217


title: VUMC02208


title: VUMC02210


title: VUMC02209


title: VUMC02205


title: VUMC02201


title: VUMC02219


title: VUMC02207


title: VUMC02204


title: VUMC02202


title: VUMC02199


title: VUMC02213


title: VUMC02206


title: VUMC02198


title: VUMC02197


title: VUMC02193


title: VUMC02196


title: VUMC02194


title: VUMC02215


title: VUMC02195


title: VUMC02190


title: VUMC02191


title: VUMC02188


title: VUMC02187


title: VUMC02200


title: VUMC02192


title: VUMC02186


title: VUMC02185


title: VUMC02181


title: VUMC02183


title: VUMC02189


title: VUMC02184


title: VUMC02178


title: VUMC02180


title: VUMC02175


title: VUMC02174


title: VUMC02173


title: VUMC02172


title: VUMC02176


title: VUMC02182


title: VUMC02170


title: VUMC02169


title: VUMC02167


title: VUMC02166


title: VUMC02163


title: VUMC02164


title: VUMC02162


title: VUMC02160


title: VUMC02159


title: VUMC02177


title: VUMC02155


title: VUMC02153


title: VUMC02152


title: VUMC02151


title: VUMC02150


title: VUMC02148


title: VUMC02165


title: VUMC02147


title: VUMC02158


title: VUMC02146


title: VUMC02157


title: VUMC02144


title: VUMC02154


title: VUMC02143


title: VUMC02171


title: VUMC02140


title: VUMC02149


title: VUMC02141


title: VUMC02138


title: VUMC02135


title: VUMC02137


title: VUMC02132


title: VUMC02145


title: VUMC02142


title: VUMC02136


title: VUMC02130


title: VUMC02133


title: VUMC02131


title: VUMC02127


title: VUMC02126


title: VUMC02125


title: VUMC02124


title: VUMC02121


title: VUMC02122


title: VUMC02120


title: VUMC02117


title: VUMC02119


title: VUMC02115


title: VUMC02114


title: VUMC02128


title: VUMC02113


title: VUMC02110


title: VUMC02112


title: VUMC02111


title: VUMC02105


title: VUMC02107


title: VUMC02108


title: VUMC02109


title: VUMC02103


title: VUMC02101


title: VUMC02100


title: VUMC02097


title: VUMC02094


title: VUMC02096


title: VUMC02092


title: VUMC02091


title: VUMC02106


title: VUMC02102


title: VUMC02099


title: VUMC02089


title: VUMC02088


title: VUMC02090


title: VUMC02083


title: VUMC02087


title: VUMC02082


title: VUMC02086


title: VUMC02075


title: VUMC02085


title: VUMC02077


title: VUMC02095


title: VUMC02072


title: VUMC02093


title: VUMC02070


title: VUMC02081


title: VUMC02079


title: VUMC02078


title: VUMC02080


title: VUMC02074


title: VUMC02071


title: VUMC02076


title: VUMC02073


title: VUMC02063


title: VUMC02069


title: VUMC02065


title: VUMC02064


title: VUMC02068


title: VUMC02061


title: VUMC02067


title: VUMC02057


title: VUMC02059


title: VUMC02060


title: VUMC02056


title: VUMC02055


title: VUMC02062


title: VUMC02066


title: VUMC02050


title: VUMC02053


title: VUMC02052


title: VUMC02048


title: VUMC02045


title: VUMC02049


title: VUMC02041


title: VUMC02046


title: VUMC02042


title: VUMC02051


title: VUMC02039


title: VUMC02044


title: VUMC02038


title: VUMC02034


title: VUMC02040


title: VUMC02036


title: VUMC02033


title: VUMC02037


title: VUMC02032


title: VUMC02030


title: VUMC02031


title: VUMC02029


title: VUMC02028


title: VUMC02035


title: VUMC02027


title: VUMC02026


title: VUMC02024


title: VUMC02025


title: VUMC02023


title: VUMC02015


title: VUMC02017


title: VUMC02020


title: VUMC02021


title: VUMC02014


title: VUMC02022


title: VUMC02013


title: VUMC02012


title: VUMC02009


title: VUMC02008


title: VUMC02010


title: VUMC02011


title: VUMC02004


title: VUMC02003


title: VUMC02007


title: VUMC02005


title: VUMC02019


title: VUMC02000


title: VUMC02002


title: VUMC02001


title: VUMC01997


title: VUMC01996


title: VUMC01995


title: VUMC01994


title: VUMC01990


title: VUMC01992


title: VUMC01993


title: VUMC01988


title: VUMC01989


title: VUMC01986


title: VUMC01981


title: VUMC01982


title: VUMC01978


title: VUMC01984


title: VUMC01977


title: VUMC01976


title: VUMC01975


title: VUMC01974


title: VUMC01973


title: VUMC01967


title: VUMC01991


title: VUMC01999


title: VUMC02006


title: VUMC01966


title: VUMC01963


title: VUMC01962


title: VUMC01983


title: VUMC01959


title: VUMC01968


title: VUMC01961


title: VUMC01960


title: VUMC01979


title: VUMC01971


title: VUMC01954


title: VUMC01953


title: VUMC01958


title: VUMC01946


title: VUMC01956


title: VUMC01957


title: VUMC01947


title: VUMC01950


title: VUMC01951


title: VUMC01944


title: VUMC01948


title: VUMC01939


title: VUMC01943


title: VUMC01945


title: VUMC01941


title: VUMC01936


title: VUMC01952


title: VUMC01935


title: VUMC01938


title: VUMC01933


title: VUMC01937


title: VUMC01924


title: VUMC01932


title: VUMC01929


title: VUMC01972


title: VUMC01921


title: VUMC01922


title: VUMC01926


title: VUMC01931


title: VUMC01918


title: VUMC01908


title: VUMC01915


title: VUMC01907


title: VUMC01927


title: VUMC01909


title: VUMC01906


title: VUMC01905


title: VUMC01904


title: VUMC01903


title: VUMC01917


title: VUMC01925


title: VUMC01916


title: VUMC01896


title: VUMC01910


title: VUMC01898


title: VUMC01928


title: VUMC01912


title: VUMC01930


title: VUMC01899


title: VUMC01902


title: VUMC01890


title: VUMC01923


title: VUMC01893


title: VUMC01885


title: VUMC01888


title: VUMC01882


title: VUMC01886


title: VUMC01877


title: VUMC01889


title: VUMC01884


title: VUMC01895


title: VUMC01883


title: VUMC01881


title: VUMC01879


title: VUMC01900


title: VUMC01919


title: VUMC01876


title: VUMC01874


title: VUMC01873


title: VUMC01872


title: VUMC01871


title: VUMC01880


title: VUMC01864


title: VUMC01869


title: VUMC01875


title: VUMC01867


title: VUMC01865


title: VUMC01862


title: VUMC01861


title: VUMC01859


title: VUMC01868


title: VUMC01857


title: VUMC01856


title: VUMC01855


title: VUMC01858


title: VUMC01853


title: VUMC01854


title: VUMC01860


title: VUMC01852


title: VUMC01863


title: VUMC01850


title: VUMC01851


title: VUMC01847


title: VUMC01848


title: VUMC01843


title: VUMC01845


title: VUMC01841


title: VUMC01837


title: VUMC01842


title: VUMC01839


title: VUMC01836


title: VUMC01834


title: VUMC01830


title: VUMC01832


title: VUMC01833


title: VUMC01827


title: VUMC01870


title: VUMC01828


title: VUMC01825


title: VUMC01838


title: VUMC01823


title: VUMC01820


title: VUMC01824


title: VUMC01822


title: VUMC01819


title: VUMC01818


title: VUMC01814


title: VUMC01817


title: VUMC01812


title: VUMC01831


title: VUMC01815


title: VUMC01813


title: VUMC01810


title: VUMC01807


title: VUMC01829


title: VUMC01804


title: VUMC01811


title: VUMC01809


title: VUMC01801


title: VUMC01805


title: VUMC01806


title: VUMC01798


title: VUMC01802


title: VUMC01799


title: VUMC01790


title: VUMC01803


title: VUMC01791


title: VUMC01789


title: VUMC01792


title: VUMC01795


title: VUMC01793


title: VUMC01794


title: VUMC01785


title: VUMC01787


title: VUMC01788


title: VUMC01786


title: VUMC01782


title: VUMC01797


title: VUMC01781


title: VUMC01780


title: VUMC01779


title: VUMC01777


title: VUMC01784


title: VUMC01783


title: VUMC01772


title: VUMC01771


title: VUMC01775


title: VUMC01768


title: VUMC01770


title: VUMC01774


title: VUMC01767


title: VUMC01765


title: VUMC01758


title: VUMC01762


title: VUMC01763


title: VUMC01757


title: VUMC01776


title: VUMC01752


title: VUMC01753


title: VUMC01756


title: VUMC01766


title: VUMC01755


title: VUMC01754


title: VUMC01750


title: VUMC01761


title: VUMC01760


title: VUMC01751


title: VUMC01746


title: VUMC01745


title: VUMC01748


title: VUMC01749


title: VUMC01742


title: VUMC01738


title: VUMC01744


title: VUMC01737


title: VUMC01739


title: VUMC01743


title: VUMC01729


title: VUMC01735


title: VUMC01736


title: VUMC01727


title: VUMC01734


title: VUMC01732


title: VUMC01726


title: VUMC01721


title: VUMC01731


title: VUMC01730


title: VUMC01718


title: VUMC01725


title: VUMC01733


title: VUMC01728


title: VUMC01724


title: VUMC01714


title: VUMC01715


title: VUMC01723


title: VUMC01719


title: VUMC01722


title: VUMC01713


title: VUMC01708


title: VUMC01712


title: VUMC01710


title: VUMC01720


title: VUMC01711


title: VUMC01706


title: VUMC01702


title: VUMC01703


title: VUMC01707


title: VUMC01705


title: VUMC01698


title: VUMC01697


title: VUMC01693


title: VUMC01695


title: VUMC01696


title: VUMC01691


title: VUMC01688


title: VUMC01700


title: VUMC01686


title: VUMC01683


title: VUMC01687


title: VUMC01681


title: VUMC01690


title: VUMC01684


title: VUMC01704


title: VUMC01689


title: VUMC01680


title: VUMC01679


title: VUMC01677


title: VUMC01682


title: VUMC01678


title: VUMC01668


title: VUMC01676


title: VUMC01674


title: VUMC01666


title: VUMC01673


title: VUMC01662


title: VUMC01663


title: VUMC01667


title: VUMC01664


title: VUMC01665


title: VUMC01675


title: VUMC01658


title: VUMC01660


title: VUMC01657


title: VUMC01652


title: VUMC01651


title: VUMC01655


title: VUMC01656


title: VUMC01659


title: VUMC01645


title: VUMC01650


title: VUMC01648


title: VUMC01647


title: VUMC01639


title: VUMC01637


title: VUMC01631


title: VUMC01635


title: VUMC01629


title: VUMC01633


title: VUMC01642


title: VUMC01643


title: VUMC01685


title: VUMC01634


title: VUMC01628


title: VUMC01661


title: VUMC01640


title: VUMC01638


title: VUMC01624


title: VUMC01622


title: VUMC01620


title: VUMC01630


title: VUMC01641


title: VUMC01614


title: VUMC01626


title: VUMC01627


title: VUMC01610


title: VUMC01618


title: VUMC01611


title: VUMC01623


title: VUMC01625


title: VUMC01601


title: VUMC01619


title: VUMC01606


title: VUMC01615


title: VUMC01613


title: VUMC01612


title: VUMC01596


title: VUMC01616


title: VUMC01617


title: VUMC01609


title: VUMC01607


title: VUMC01593


title: VUMC01608


title: VUMC01600


title: VUMC01599


title: VUMC01591


title: VUMC01603


title: VUMC01597


title: VUMC01595


title: VUMC01587


title: VUMC01602


title: VUMC01594


title: VUMC01584


title: VUMC01586


title: VUMC01592


title: VUMC01582


title: VUMC01589


title: VUMC01590


title: VUMC01598


title: VUMC01580


title: VUMC01578


title: VUMC01577


title: VUMC01583


title: VUMC01576


title: VUMC01573


title: VUMC01585


title: VUMC01571


title: VUMC01570


title: VUMC01569


title: VUMC01568


title: VUMC01574


title: VUMC01581


title: VUMC01579


title: VUMC01567


title: VUMC01563


title: VUMC01565


title: VUMC01561


title: VUMC01564


title: VUMC01562


title: VUMC01560


title: VUMC01566


title: VUMC01559


title: VUMC01556


title: VUMC01558


title: VUMC01551


title: VUMC01550


title: VUMC01548


title: VUMC01552


title: VUMC01553


title: VUMC01543


title: VUMC01545


title: VUMC01540


title: VUMC01536


title: VUMC01544


title: VUMC01588


title: VUMC01542


title: VUMC01549


title: VUMC01534


title: VUMC01528


title: VUMC01530


title: VUMC01541


title: VUMC01531


title: VUMC01547


title: VUMC01539


title: VUMC01535


title: VUMC01546


title: VUMC01521


title: VUMC01526


title: VUMC01527


title: VUMC01523


title: VUMC01515


title: VUMC01518


title: VUMC01520


title: VUMC01522


title: VUMC01538


title: VUMC01513


title: VUMC01517


title: VUMC01510


title: VUMC01514


title: VUMC01525


title: VUMC01507


title: VUMC01508


title: VUMC01516


title: VUMC01509


title: VUMC01502


title: VUMC01500


title: VUMC01505


title: VUMC01498


title: VUMC01499


title: VUMC01501


title: VUMC01497


title: VUMC01511


title: VUMC01495


title: VUMC01504


title: VUMC01494


title: VUMC01491


title: VUMC01489


title: VUMC01492


title: VUMC01488


title: VUMC01493


title: VUMC01487


title: VUMC01486


title: VUMC01479


title: VUMC01483


title: VUMC01482


title: VUMC01478


title: VUMC01480


title: VUMC01476


title: VUMC01474


title: VUMC01472


title: VUMC01467


title: VUMC01469


title: VUMC01470


title: VUMC01465


title: VUMC01471


title: VUMC01477


title: VUMC01463


title: VUMC01468


title: VUMC01461


title: VUMC01462


title: VUMC01473


title: VUMC01460


title: VUMC01455


title: VUMC01458


title: VUMC01457


title: VUMC01452


title: VUMC01453


title: VUMC01450


title: VUMC01466


title: VUMC01449


title: VUMC01445


title: VUMC01454


title: VUMC01446


title: VUMC01459


title: VUMC01447


title: VUMC01443


title: VUMC01442


title: VUMC01437


title: VUMC01439


title: VUMC01438


title: VUMC01435


title: VUMC01436


title: VUMC01432


title: VUMC01431


title: VUMC01428


title: VUMC01440


title: VUMC01426


title: VUMC01444


title: VUMC01423


title: VUMC01441


title: VUMC01424


title: VUMC01421


title: VUMC01420


title: VUMC01419


title: VUMC01417


title: VUMC01434


title: VUMC01425


title: VUMC01418


title: VUMC01411


title: VUMC01416


title: VUMC01415


title: VUMC01430


title: VUMC01412


title: VUMC01413


title: VUMC01406


title: VUMC01422


title: VUMC01409


title: VUMC01402


title: VUMC01410


title: VUMC01397


title: VUMC01398


title: VUMC01407


title: VUMC01408


title: VUMC01396


title: VUMC01405


title: VUMC01404


title: VUMC01400


title: VUMC01403


title: VUMC01388


title: VUMC01387


title: VUMC01391


title: VUMC01384


title: VUMC01386


title: VUMC01401


title: VUMC01381


title: VUMC01392


title: VUMC01380


title: VUMC01378


title: VUMC01389


title: VUMC01374


title: VUMC01382


title: VUMC01383


title: VUMC01366


title: VUMC01379


title: VUMC01361


title: VUMC01360


title: VUMC01373


title: VUMC01376


title: VUMC01377


title: VUMC01370


title: VUMC01357


title: VUMC01355


title: VUMC01356


title: VUMC01352


title: VUMC01353


title: VUMC01371


title: VUMC01372


title: VUMC01363


title: VUMC01369


title: VUMC01365


title: VUMC01368


title: VUMC01354


title: VUMC01346


title: VUMC01358


title: VUMC01351


title: VUMC01359


title: VUMC01362


title: VUMC01350


title: VUMC01341


title: VUMC01340


title: VUMC01338


title: VUMC01334


title: VUMC01347


title: VUMC01333


title: VUMC01332


title: VUMC01345


title: VUMC01343


title: VUMC01344


title: VUMC01330


title: VUMC01326


title: VUMC01336


title: VUMC01325


title: VUMC01323


title: VUMC01335


title: VUMC01342


title: VUMC01331


title: VUMC01324


title: VUMC01319


title: VUMC01328


title: VUMC01322


title: VUMC01314


title: VUMC01317


title: VUMC01321


title: VUMC01318


title: VUMC01316


title: VUMC01313


title: VUMC01307


title: VUMC01312


title: VUMC01308


title: VUMC01310


title: VUMC01306


title: VUMC01305


title: VUMC01311


title: VUMC01304


title: VUMC01303


title: VUMC01320


title: VUMC01297


title: VUMC01349


title: VUMC01301


title: VUMC01300


title: VUMC01295


title: VUMC01302


title: VUMC01296


title: VUMC01298


title: VUMC01294


title: VUMC01292


title: VUMC01289


title: VUMC01290


title: VUMC01309


title: VUMC01293


title: VUMC01287


title: VUMC01288


title: VUMC01291


title: VUMC01284


title: VUMC01278


title: VUMC01286


title: VUMC01275


title: VUMC01282


title: VUMC01280


title: VUMC01277


title: VUMC01285


title: VUMC01279


title: VUMC01272


title: VUMC01271


title: VUMC01266


title: VUMC01270


title: VUMC01273


title: VUMC01265


title: VUMC01274


title: VUMC01260


title: VUMC01261


title: VUMC01276


title: VUMC01262


title: VUMC01268


title: VUMC01267


title: VUMC01259


title: VUMC01257


title: VUMC01256


title: VUMC01255


title: VUMC01264


title: VUMC01269


title: VUMC01253


title: VUMC01251


title: VUMC01258


title: VUMC01242


title: VUMC01254


title: VUMC01252


title: VUMC01249


title: VUMC01236


title: VUMC01250


title: VUMC01234


title: VUMC01244


title: VUMC01233


title: VUMC01245


title: VUMC01240


title: VUMC01229


title: VUMC01239


title: VUMC01230


title: VUMC01228


title: VUMC01237


title: VUMC01238


title: VUMC01224


title: VUMC01225


title: VUMC01235


title: VUMC01248


title: VUMC01226


title: VUMC01222


title: VUMC01232


title: VUMC01219


title: VUMC01231


title: VUMC01217


title: VUMC01223


title: VUMC01215


title: VUMC01211


title: VUMC01220


title: VUMC01218


title: VUMC01214


title: VUMC01210


title: VUMC01204


title: VUMC01208


title: VUMC01201


title: VUMC01198


title: VUMC01202


title: VUMC01200


title: VUMC01209


title: VUMC01206


title: VUMC01199


title: VUMC01207


title: VUMC01196


title: VUMC01197


title: VUMC01193


title: VUMC01194


title: VUMC01213


title: VUMC01203


title: VUMC01191


title: VUMC01185


title: VUMC01182


title: VUMC01188


title: VUMC01192


title: VUMC01186


title: VUMC01181


title: VUMC01189


title: VUMC01183


title: VUMC01180


title: VUMC01184


title: VUMC01170


title: VUMC01172


title: VUMC01179


title: VUMC01178


title: VUMC01161


title: VUMC01176


title: VUMC01174


title: VUMC01173


title: VUMC01167


title: VUMC01169


title: VUMC01175


title: VUMC01154


title: VUMC01156


title: VUMC01165


title: VUMC01153


title: VUMC01163


title: VUMC01149


title: VUMC01148


title: VUMC01162


title: VUMC01158


title: VUMC01159


title: VUMC01146


title: VUMC01150


title: VUMC01155


title: VUMC01152


title: VUMC01144


title: VUMC01164


title: VUMC01142


title: VUMC01157


title: VUMC01143


title: VUMC01136


title: VUMC01145


title: VUMC01147


title: VUMC01137


title: VUMC01134


title: VUMC01141


title: VUMC01139


title: VUMC01138


title: VUMC01131


title: VUMC01135


title: VUMC01140


title: VUMC01133


title: VUMC01132


title: VUMC01130


title: VUMC01128


title: VUMC01129


title: VUMC01126


title: VUMC01124


title: VUMC01123


title: VUMC01125


title: VUMC01122


title: VUMC01120


title: VUMC01119


title: VUMC01118


title: VUMC01113


title: VUMC01111


title: VUMC01121


title: VUMC01106


title: VUMC01107


title: VUMC01117


title: VUMC01114


title: VUMC01127


title: VUMC01116


title: VUMC01105


title: VUMC01100


title: VUMC01104


title: VUMC01095


title: VUMC01108


title: VUMC01094


title: VUMC01097


title: VUMC01096


title: VUMC01098


title: VUMC01089


title: VUMC01102


title: VUMC01088


title: VUMC01090


title: VUMC01103


title: VUMC01086


title: VUMC01085


title: VUMC01093


title: VUMC01083


title: VUMC01092


title: VUMC01082


title: VUMC01076


title: VUMC01080


title: VUMC01077


title: VUMC01087


title: VUMC01074


title: VUMC01078


title: VUMC01075


title: VUMC01073


title: VUMC01084


title: VUMC01070


title: VUMC01068


title: VUMC01071


title: VUMC01066


title: VUMC01072


title: VUMC01067


title: VUMC01064


title: VUMC01069


title: VUMC01062


title: VUMC01063


title: VUMC01065


title: VUMC01059


title: VUMC01061


title: VUMC01058


title: VUMC01057


title: VUMC01056


title: VUMC01055


title: VUMC01053


title: VUMC01054


title: VUMC01049


title: VUMC01051


title: VUMC01052


title: VUMC01046


title: VUMC01047


title: VUMC01041


title: VUMC01040


title: VUMC01045


title: VUMC01038


title: VUMC01042


title: VUMC01039


title: VUMC01043


title: VUMC01036


title: VUMC01034


title: VUMC01035


title: VUMC01033


title: VUMC01032


title: VUMC01031


title: VUMC01030


title: VUMC01029


title: VUMC01028


title: VUMC01037


title: VUMC01205


title: VUMC01024


title: VUMC01027


title: VUMC01025


title: VUMC01022


title: VUMC01023


title: VUMC01021


title: VUMC01017


title: VUMC01026


title: VUMC01019


title: VUMC01018


title: VUMC01015


title: VUMC01020


title: VUMC01013


title: VUMC01011


title: VUMC01012


title: VUMC01110


title: VUMC01044


title: VUMC01014


title: VUMC01009


title: VUMC01010


title: VUMC01008


title: VUMC01006


title: VUMC01007


title: VUMC01005


title: VUMC01003


title: VUMC01001


title: VUMC01000


title: VUMC01002


title: VUMC00998


title: VUMC00999


title: VUMC00997


title: VUMC01004


title: VUMC00994


title: Whole-blood RNA-seq from HS(17K010)

status: Public on Feb 23 2026

city: Barcelona

first: Ferran

last: Aguilar Parera

state: BARCELONA

address: Avinguda Diagonal 477, 11th floor, EF CLIF

country: Spain

institute: EF-CLIF

data_processing:
The reads were aligned to the hg38 genome assembly and the transcriptome using STAR v2.5.3a and GENCODE 26 annotation
Gene expression was quantified using STAR (–quantMode GeneCounts) and VSN-transformed (variance stabilizing normalization)
Then a quantile normalization method was applied to normalize the nonbiological variability.
Using the HUGO Genome Nomenclature Committee (HGNC), which is a resource for approved human gene nomenclature, we included protein-coding genes, and among other gene locus types, immunoglobulin genes, and T cell receptor genes. Genes brought by sexual chromosomes and mitochondrial DNA were not included in the analysis.
Assembly: hg38
Supplementary files format and content: tab-delimited file with expected counts (RSEM) for each sample

source_name: Whole blood

extract_protocol:
RNA was isolated from blood stored in Tempus tubes using the Tempus™ Spin RNA Isolation Kit (reference 4380204, Applied Biosystems). RNA quality was assessed using Agilent RNA 6000 Nano and Pico Chips (Agilent Technologies, Cat.# 5067-1511 and Cat.# 5067-151, respectively) and concentration via Qubit RNA HS Assay Kit (Thermo Fisher Scientific, Cat.# Q32855).
Sequencing libraries were prepared using the TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin kit (Illumina Inc., Cat.# 20020612) and TruSeq RNA CD Index Plate (Illumina Inc., Cat.# 20019792) following TruSeq Stranded Total RNA Sample Prep-guide (Part # 15031048 Rev. E). Briefly, starting from 500 ng of total RNA, rRNA and globin mRNA were depleted and remaining RNA was purified, fragmented and primed for cDNA synthesis. cDNA first strand was synthesized with SuperScript-II Reverse Transcriptase (Thermo Fisher Scientific, Cat.#18064-014) for 10 min at 25°C, 15 min at 42°C, 15 min at 70°C and pause at 4°C. cDNA second strand was synthesized with Illumina reagents at 16°C for 1 hour. Then, A-tailing and adaptor ligation were performed. Finally, enrichment of libraries was achieved by PCR (30 sec at 98°C; 15 cycles of 10 sec at 98°C, 30 sec at 60°C, 30 sec at 72°C; 5min at 72°C and pause at 4°C). Afterwards, libraries were visualized on an Agilent 2100 Bioanalyzer using Agilent High Sensitivity DNA kit (Agilent Technologies, Cat. # 5067-4626), quantified using Qubit dsDNA HS DNA Kit (Thermo Fisher Scientific, Cat. # Q32854) and sequenced in a NovaSeq-6000 (Illumina Inc.) by at least 100 million paired-end 100nt reads.

value: Whole blood

value: HS

tag: time


title: VUMC00989


title: VUMC00985


title: VUMC00988


title: VUMC00986


title: VUMC00991


title: VUMC00993


title: VUMC00980


title: VUMC00982


title: VUMC00981


title: VUMC00983


title: VUMC00984


title: VUMC00972


title: VUMC00978


title: VUMC00977


title: VUMC00975


title: VUMC00970


title: VUMC00969


title: VUMC00965


title: VUMC00995


title: VUMC00971


title: VUMC00974


title: VUMC00968


title: VUMC00967


title: VUMC00964


title: VUMC00966


title: VUMC00961


title: VUMC00960


title: VUMC00962


title: VUMC00963


title: VUMC00954


title: VUMC00957


title: VUMC00951


title: VUMC00952


title: VUMC00953


title: VUMC00959


title: VUMC00950


title: VUMC00956


title: VUMC00947


title: VUMC00946


title: VUMC00949


title: VUMC00945


title: VUMC00943


title: VUMC00939


title: VUMC00940


title: VUMC00941


title: VUMC00942


title: VUMC00958


title: VUMC00937


title: VUMC00936


title: VUMC00996


title: VUMC00931


title: VUMC00929


title: VUMC00925


title: VUMC00934


title: VUMC00933


title: VUMC00926


title: VUMC00927


title: VUMC00935


title: VUMC00948


title: VUMC00932


title: VUMC00924


title: VUMC00938


title: VUMC00919


title: VUMC00921


title: VUMC00917


title: VUMC00915


title: VUMC00922


title: VUMC00912


title: VUMC00910


title: VUMC00928


title: VUMC00913


title: VUMC00911


title: VUMC00909


title: VUMC00920


title: VUMC00923


title: VUMC00907


title: VUMC00916


title: VUMC00906


title: VUMC00908


title: VUMC00904


title: VUMC00902


title: VUMC00900


title: VUMC00896


title: VUMC00893


title: VUMC00905


title: VUMC00899


title: VUMC00891


title: VUMC00895


title: VUMC00890


title: VUMC00888


title: VUMC00889


title: VUMC00880


title: VUMC00881


title: VUMC00882


title: VUMC00887


title: VUMC00883


title: VUMC00884


title: VUMC00877


title: VUMC00885


title: VUMC00901


title: VUMC00872


title: VUMC00876


title: VUMC00879


title: VUMC00874


title: VUMC00870


title: VUMC00868


title: VUMC00878


title: VUMC00869


title: VUMC00865


title: VUMC00866


title: VUMC00860


title: VUMC00864


title: VUMC00861


title: VUMC00859


title: VUMC00863


title: VUMC00858


title: VUMC00857


title: VUMC00853


title: VUMC00854


title: VUMC00855


title: VUMC00856


title: VUMC00850


title: VUMC00867


title: VUMC00849


title: VUMC00851


title: VUMC00843


title: VUMC00847


title: VUMC00848


title: VUMC00844


title: VUMC00845


title: VUMC00842


title: VUMC00841


title: VUMC00846


title: VUMC00839


title: VUMC00837


title: VUMC00838


title: VUMC00830


title: VUMC00831


title: VUMC00834


title: VUMC00835


title: VUMC00829


title: VUMC00840


title: VUMC00826


title: VUMC00824


title: VUMC00823


title: VUMC00827


title: VUMC00821


title: VUMC00836


title: VUMC00813


title: VUMC00811


title: VUMC00819


title: VUMC00822


title: VUMC00815


title: VUMC00832


title: VUMC00828


title: VUMC00806


title: VUMC00805


title: VUMC00804


title: VUMC00803


title: VUMC00810


title: VUMC00807


title: VUMC00816


title: VUMC00818


title: VUMC00799


title: VUMC00808


title: VUMC00802


title: VUMC00800


title: VUMC00801


title: VUMC00796


title: VUMC00798


title: VUMC00793


title: VUMC00797


title: VUMC00791


title: VUMC00795


title: VUMC00789


title: VUMC00787


title: VUMC00784


title: VUMC00781


title: VUMC00783


title: VUMC00785


title: VUMC00788


title: VUMC00786


title: VUMC00780


title: VUMC00778


title: VUMC00776


title: VUMC00794


title: VUMC00770


title: VUMC00772


title: VUMC00775


title: VUMC00774


title: VUMC00773


title: VUMC00764


title: VUMC00767


title: VUMC00765


title: VUMC00755


title: VUMC00747


title: VUMC00758


title: VUMC00759


title: VUMC00754


title: VUMC00746


title: VUMC00763


title: VUMC00752


title: VUMC00777


title: VUMC00753


title: VUMC00760


title: VUMC00757


title: VUMC00741


title: VUMC00745


title: VUMC00761


title: VUMC00771


title: VUMC00748


title: VUMC00769


title: VUMC00743


title: VUMC00756


title: VUMC00740


title: VUMC00736


title: VUMC00751


title: VUMC00750


title: VUMC00744


title: VUMC00739


title: VUMC00737


title: VUMC00734


title: VUMC00732


title: VUMC00731


title: VUMC00729


title: VUMC00730


title: VUMC00726


title: VUMC00724


title: VUMC00716


title: VUMC00725


title: VUMC00706


title: VUMC00718


title: VUMC00703


title: VUMC00728


title: VUMC00708


title: VUMC00707


title: VUMC00712


title: VUMC00717


title: VUMC00705


title: VUMC00711


title: VUMC00715


title: VUMC00710


title: VUMC00720


title: VUMC00701


title: VUMC00702


title: VUMC00700


title: VUMC00733


title: VUMC00709


title: VUMC00713


title: VUMC00727


title: VUMC00699


title: VUMC00696


title: VUMC00693


title: VUMC00695


title: VUMC00694


title: VUMC00691


title: VUMC00688


title: VUMC00689


title: VUMC00690


title: VUMC00692


title: VUMC00685


title: VUMC00684


title: VUMC00680


title: VUMC00679


title: VUMC00677


title: VUMC00682


title: VUMC00681


title: VUMC00687


title: VUMC00698


title: VUMC00672


title: VUMC00671


title: VUMC00678


title: VUMC00674


title: VUMC00673


title: VUMC00670


title: VUMC00683


title: VUMC00686


title: VUMC00669


title: VUMC00676


title: VUMC00667


title: VUMC00665


title: VUMC00662


title: VUMC00663


title: VUMC00661


title: VUMC00664


title: VUMC00659


title: VUMC00660


title: VUMC00658


title: VUMC00656


title: VUMC00653


title: VUMC00655


title: VUMC00654


title: VUMC00652


title: VUMC00646


title: VUMC00644


title: VUMC00645


title: VUMC00647


title: VUMC00648


title: VUMC00650


title: VUMC00642


title: VUMC00641


title: VUMC00657


title: VUMC00643


title: VUMC00639


title: VUMC00637


title: VUMC00638


title: VUMC00640


title: VUMC00636


title: VUMC00635


title: VUMC00626


title: VUMC00649


title: VUMC00628


title: VUMC00627


title: VUMC00632


title: VUMC00633


title: VUMC00615


title: VUMC00621


title: VUMC00623


title: VUMC00619


title: VUMC00622


title: VUMC00618


title: VUMC00625


title: VUMC00624


title: VUMC00613


title: VUMC00617


title: VUMC00612


title: VUMC00614


title: VUMC00608


title: VUMC00607


title: VUMC00609


title: VUMC00610


title: VUMC00631


title: VUMC00606


title: VUMC00605


title: VUMC00604


title: VUMC00602


title: VUMC00601


title: VUMC00598


title: VUMC00603


title: VUMC00600


title: VUMC00597


title: VUMC00599


title: VUMC00596


title: VUMC00595


title: VUMC00594


title: VUMC00590


title: VUMC00587


title: VUMC00589


title: VUMC00583


title: VUMC00585


title: VUMC00588


title: VUMC00586


title: VUMC00591


title: VUMC00580


title: VUMC00579


title: VUMC00574


title: VUMC00584


title: VUMC00581


title: VUMC00582


title: VUMC00573


title: VUMC00577


title: VUMC00571


title: VUMC00572


title: VUMC00575


title: VUMC00570


title: VUMC00569


title: VUMC00593


title: VUMC00565


title: VUMC00568


title: VUMC00566


title: VUMC00564


title: VUMC00561


title: VUMC00559


title: VUMC00560


title: VUMC00558


title: VUMC00556


title: VUMC00554


title: VUMC00553


title: VUMC00555


title: VUMC00548


title: VUMC00557


title: VUMC00544


title: VUMC00551


title: VUMC00563


title: VUMC00535


title: VUMC00537


title: VUMC00534


title: VUMC00531


title: VUMC00530


title: VUMC00540


title: VUMC00550


title: VUMC00529


title: VUMC00528


title: VUMC00532


title: VUMC00542


title: VUMC00527


title: VUMC00546


title: VUMC00525


title: VUMC00533


title: VUMC00526


title: VUMC00523


title: VUMC00545


title: VUMC00518


title: VUMC00520


title: VUMC00522


title: VUMC00521


title: VUMC00517


title: VUMC00515


title: VUMC00512


title: VUMC00524


title: VUMC00510


title: VUMC00509


title: VUMC00508


title: VUMC00511


title: VUMC00514


title: VUMC00507


title: VUMC00505


title: VUMC00503


title: VUMC00497


title: VUMC00519


title: VUMC00499


title: VUMC00516


title: VUMC00504


title: VUMC00500


title: VUMC00502


title: VUMC00496


title: VUMC00492


title: VUMC00495


title: VUMC00490


title: VUMC00489


title: VUMC00491


title: VUMC00487


title: VUMC00486


title: VUMC00488


title: VUMC00485


title: VUMC00484


title: VUMC00480


title: VUMC00477


title: VUMC00476


title: VUMC00482


title: VUMC00475


title: VUMC00474


title: VUMC00471


title: VUMC00465


title: VUMC00468


title: VUMC00466


title: VUMC00463


title: VUMC00479


title: VUMC00464


title: VUMC00472


title: VUMC00459


title: VUMC00456


title: VUMC00451


title: VUMC00449


title: VUMC00450


title: VUMC00462


title: VUMC00455


title: VUMC00458


title: VUMC00445


title: VUMC00470


title: VUMC00446


title: VUMC00460


title: VUMC00457


title: VUMC00444


title: VUMC00454


title: VUMC00439


title: VUMC00448


title: VUMC00436


title: VUMC00438


title: VUMC00453


title: VUMC00447


title: VUMC00440


title: VUMC00442


title: VUMC00429


title: VUMC00435


title: VUMC00430


title: VUMC00434


title: VUMC00437


title: VUMC00427


title: VUMC00425


title: VUMC00431


title: VUMC00426


title: VUMC00433


title: VUMC00423


title: VUMC00417


title: VUMC00424


title: VUMC00422


title: VUMC00415


title: VUMC00418


title: VUMC00413


title: VUMC00412


title: VUMC00411


title: VUMC00416


title: VUMC00408


title: VUMC00409


title: VUMC00410


title: VUMC00419


title: VUMC00405


title: VUMC00407


title: VUMC00406


title: VUMC00414


title: VUMC00404


title: VUMC00403


title: VUMC00398


title: VUMC00394


title: VUMC00391


title: VUMC00392


title: VUMC00387


title: VUMC00399


title: VUMC00388


title: VUMC00382


title: VUMC00384


title: VUMC00385


title: VUMC00381


title: VUMC00380


title: VUMC00375


title: VUMC00379


title: VUMC00377


title: VUMC00401


title: VUMC00378


title: VUMC00390


title: VUMC00397


title: VUMC00395


title: VUMC00373


title: VUMC00386


title: VUMC00372


title: VUMC00374


title: VUMC00383


title: VUMC00370


title: VUMC00366


title: VUMC00369


title: VUMC00367


title: VUMC00368


title: VUMC00364


title: VUMC00365


title: VUMC00361


title: VUMC00362


title: VUMC00360


title: VUMC00359


title: VUMC00355


title: VUMC00356


title: VUMC00354


title: VUMC00358


title: VUMC00347


title: VUMC00349


title: VUMC00346


title: VUMC00348


title: VUMC00345


title: VUMC00344


title: VUMC00352


title: VUMC00351


title: VUMC00340


title: VUMC00339


title: VUMC00338


title: VUMC00343


title: VUMC00337


title: VUMC00342


title: VUMC00335


title: VUMC00336


title: VUMC00333


title: VUMC00330


title: VUMC00327


title: VUMC00334


title: VUMC00328


title: VUMC00326


title: VUMC00323


title: VUMC00324


title: VUMC00322


title: VUMC00321


title: VUMC00320


title: VUMC00325


title: VUMC00331


title: VUMC00316


title: VUMC00319


title: VUMC00318


title: VUMC00314


title: VUMC00313


title: VUMC00312


title: VUMC00315


title: VUMC00311


title: VUMC00317


title: VUMC00304


title: VUMC00303


title: VUMC00308


title: VUMC00306


title: VUMC00305


title: VUMC00310


title: VUMC00309


title: VUMC00302


title: VUMC00298


title: VUMC00296


title: VUMC00294


title: VUMC00293


title: VUMC00299


title: VUMC00297


title: VUMC00289


title: VUMC00291


title: VUMC00301


title: VUMC00288


title: VUMC00286


title: VUMC00290


title: VUMC00287


title: VUMC00285


title: VUMC00283


title: VUMC00284


title: VUMC00282


title: VUMC00281


title: VUMC00295


title: VUMC00279


title: VUMC00277


title: VUMC00273


title: VUMC00292


title: VUMC00276


title: VUMC00272


title: VUMC00274


title: VUMC00271


title: VUMC00269


title: VUMC00270


title: VUMC00266


title: VUMC00267


title: VUMC00265


title: VUMC00264


title: VUMC00278


title: VUMC00261


title: VUMC00263


title: VUMC00259


title: VUMC00254


title: VUMC00260


title: VUMC00256


title: VUMC00257


title: VUMC00258


title: VUMC00252


title: VUMC00255


title: VUMC00250


title: VUMC00246


title: VUMC00244


title: VUMC00245


title: VUMC00253


title: VUMC00247


title: VUMC00251


title: VUMC00239


title: VUMC00241


title: VUMC00238


title: VUMC00237


title: VUMC00240


title: VUMC00236


title: VUMC00233


title: VUMC00228


title: VUMC00229


title: VUMC00235


title: VUMC00230


title: VUMC00227


title: VUMC00225


title: VUMC00226


title: VUMC00221


title: VUMC00232


title: VUMC00220


title: VUMC00224


title: VUMC00223


title: VUMC00219


title: VUMC00217


title: VUMC00214


title: VUMC00218


title: VUMC00213


title: VUMC00211


title: VUMC00215


title: VUMC00212


title: VUMC00209


title: VUMC00210


title: VUMC00205


title: VUMC00206


title: VUMC00208


title: VUMC00207


title: VUMC00204


title: VUMC00203


title: VUMC00201


title: VUMC00200


title: VUMC00199


title: VUMC00196


title: VUMC00195


title: VUMC00194


title: VUMC00193


title: VUMC00198


title: VUMC00192


title: VUMC00187


title: VUMC00202


title: VUMC00190


title: VUMC00191


title: VUMC00184


title: VUMC00189


title: VUMC00183


title: VUMC00185


title: VUMC00179


title: VUMC00177


title: VUMC00188


title: VUMC00180


title: VUMC00176


title: VUMC00174


title: VUMC00173


title: VUMC00182


title: VUMC00186


title: VUMC00171


title: VUMC00242


title: VUMC00168


title: VUMC00178


title: VUMC00169


title: VUMC00166


title: VUMC00167


title: VUMC00164


title: VUMC00175


title: VUMC00163


title: VUMC00157


title: VUMC00158


title: VUMC00161


title: VUMC00159


title: VUMC00156


title: VUMC00154


title: VUMC00155


title: VUMC00170


title: VUMC00152


title: VUMC00151


title: VUMC00153


title: VUMC00148


title: VUMC00146


title: VUMC00147


title: VUMC00145


title: VUMC00144


title: VUMC00149


title: VUMC00143


title: VUMC00142


title: VUMC00140


title: VUMC00141


title: VUMC00139


title: VUMC00138


title: VUMC00137


title: VUMC00133


title: VUMC00136


title: VUMC00134


title: VUMC00129


title: VUMC00150


title: VUMC00131


title: VUMC00127


title: VUMC00128


title: VUMC00132


title: VUMC00119


title: VUMC00122


title: VUMC00116


title: VUMC00117


title: VUMC00112


title: VUMC00113


title: VUMC00110


title: VUMC00109


title: VUMC00121


title: VUMC00118


title: VUMC00105


title: VUMC00108


title: VUMC00103


title: VUMC00099


title: VUMC00107


title: VUMC00102


title: VUMC00100


title: VUMC00114


title: VUMC00095


title: VUMC00097


title: VUMC00111


title: VUMC00094


title: VUMC00093


title: VUMC00123


title: VUMC00096


title: VUMC00091


title: VUMC00106


title: VUMC00092


title: VUMC00087


title: VUMC00165


title: VUMC00089


title: VUMC00088


title: VUMC00084


title: VUMC00086


title: VUMC00083


title: VUMC00080


title: VUMC00081


title: VUMC00098


title: VUMC00079


title: VUMC00078


title: VUMC00077


title: VUMC00090


title: VUMC00072


title: VUMC00076


title: VUMC00074


title: VUMC00071


title: VUMC00073


title: VUMC00075


title: VUMC00085


title: VUMC00068


title: VUMC00066


title: VUMC00064


title: VUMC00067


title: VUMC00069


title: VUMC00065


title: VUMC00059


title: VUMC00061


title: VUMC00058


title: VUMC00057


title: VUMC00056


title: VUMC00070


title: VUMC00063


title: VUMC00054


title: VUMC00051


title: VUMC00053


title: VUMC00049


title: VUMC00045


title: VUMC00060


title: VUMC00047


title: VUMC00046


title: VUMC00050


title: VUMC00048


title: VUMC00043


title: VUMC00040


title: VUMC00042


title: VUMC00052


title: VUMC00055


title: VUMC00041


title: VUMC00036


title: VUMC00038


title: VUMC00044


title: VUMC00030


title: VUMC00035


title: VUMC00031


title: VUMC00028


title: VUMC00026


title: VUMC00032


title: VUMC00033


title: VUMC00027


title: VUMC00025


title: VUMC00024


title: VUMC00017


title: VUMC00022


title: VUMC00021


title: VUMC00019


title: VUMC00029


title: VUMC00018


title: VUMC00012


title: VUMC00015


title: VUMC00016


title: VUMC00039


title: VUMC00008


title: VUMC00020


title: VUMC00007


title: VUMC00011


title: VUMC00010


title: VUMC00009


title: VUMC00006


title: VUMC00005


title: VUMC00001


title: VUMC00003


title: VUMC00004


title: CD44v6 generated cell line from RT112, 3

city: Madrid

first: Carolina

last: Rubio

state: Madrid

address: Avda Complutense, 40

institute: CIEMAT

description: ≥100 ng of total RNA from FFPE patient tissue sections was used for miRNA expression analysis with the nCounter technology provided by NanoString Technologies. nCounter uses a molecular barcode technology, where the RNA is directly tagged with a target-specific capture probe and target-specific reporter probe containing a labeled barcode. Preparation and analyses were performed according to manufacturer’s instructions using the Human v3 miRNA Assay which includes 827 miRNAs and 5 mRNAs.

hyb_protocol: Hybridization was performed according to manufacturer's instructions. nCounter uses a molecular barcode technology, where the RNA is directly tagged with a target-specific capture probe and target-specific reporter probe containing a labeled barcode. We used the PanCancer IO 360 gene expression panel which includes 770 immune-related genes and associated controls.

scan_protocol: Scanning and image acquisition using the nanoString Digital Analyzer.

data_processing: Normalization was performed by the nSolver software, correcting for the expression of technical controls and 25 internal reference controls included in the panel. miRNAs with a log2(foldchange) >1.5 for upregulated miRNAs and <-1.5 for downregulated miRNAs and an adjusted p-value <0.05 were selected for clustering. Hierarchical clustering was performed using Multi-Experiment Viewer (MeV 4.9.0).

label: Nanostring labelling

source_name: Bladder Cancer Cell line

label_protocol: Labeling was performed according to manufacturer's instructions.

extract_protocol: Total RNA was extracted from cells using RNeasy FFPE Kit (Qiagen) according to the manufacturer's instructions and DNA was eliminated by means of Rnase-Free Dnase Set (Qiagen).

value: CD44v6 generated cell line from RT112


title: VUMC00002


title: Parental RT112 cell line, 3

value: Parental RT112 cell line


title: CD44v6 generated cell line from RT112, 1


title: Parental J82 cell line, 1

value: Parental J82 cell line


title: CD44v6 generated cell line from RT112, 2


title: CD44v6 generated cell line from J82, 3

value: CD44v6 generated cell line from J82


title: CD44v6 generated cell line from J82, 2


title: Parental J82 cell line, 3


title: Parental RT112 cell line, 1


title: Somatosensory_P18_Mouse4

first: Hysell

middle: V.

last: Oviedo

state: Missouri

address: 4370 Duncan Ave

department: Neuroscience

institute: Washington University in St. Louis School of Medicine

description: Panel of 721 genes measured by MERFISH on the Vizgen MERSCOPE platform

hyb_protocol: Following tissue extraction, sections were washed with Conditioning Buffer 3 times (Vizgen, PN 20300116, 2 times at room temperature (RT) for 1 minute, 1 time at 37°C for 30 minutes). Sections were then treated with 100µL of Pre-Anchoring Conditioning Buffer (100µL Conditioning Buffer (PN 20300116), 5µL PreAnchoring Activator (PN 20300113), 5µL RNase Inhibitor (New England BioLabs)) for 2 hours at room temperature (RT) followed by washes in Sample Prep Wash Buffer (PN 20300001, 1 time at RT for 5 minutes) and Formamide Buffer (PN 20300002, 1 time at 37°C for 30 minutes). After the formamide wash, the RNA was anchored to the tissue by incubating samples in Anchoring Buffer (PN20300117) for ≈ 16 hours at 37°C. Samples were then washed with Formamide Buffer (1 time at 47°C for 15 minutes) and Sample Prep Wash Buffer (1 time at RT for 2 minutes), gel embedded (50µL) and cleared (incubated at 47°C for < 24 hours). The gel embedding solution contained 5mL of Gel Embedding Premix (PN 20300118), 25µL of 10% ammonium persulfate, and 2.5µL of N,N,N′,N′Tetramethylethylenediamine. Gel coverslips (PN 30200004) were cleaned with RNAseZap and 70% ethanol before 100µL of Gel Slick solution was added. We allowed 15 minutes for the coverslips to air dry thereafter. Clearing solution contained 50µL Proteinase K (New England BioLabs) and 5mL of Clearing Premix (PN 20300114).  Tissue was then washed with Sample Prep Wash Buffer (3 times at RT for 5 minutes), Formamide Buffer (1 time at 37°C for 30 minutes) before hybridizing with our custom 721-gene MERSCOPE gene panel (100µL) and incubated at 37°C for 36–48 hours after clearing. After probe hybridization finished, samples were washed with Formamide Buffer (2 times at 47°C for 30 minutes), Sample Prep Wash Buffer (2 times at RT for 5 minutes), and stained for DAPI and PolyT (at RT for 15 minutes on a rocker). The samples were washed with Formamide Buffer (at RT for 15 minutes on a rocker), and Sample Prep Wash Buffer (1 time at RT for 5 minutes).

scan_protocol: The hybridized tissue slice was loaded into the MERSCOPE (PN 10000001, software version 233.230615.567) and imaged following Vizgen instruction.

data_processing:
Raw MERFISH spots were decoded using the integrated MERSCOPE software (v233). Cell segmentation on the MERFISH output data was done using the Cellpose 2.0 algorithm on the DAPI and PolyT signal of the median plane of imaging (4th out of 7), utilizing the Vizgen Post-processing Tool (https://github.com/Vizgen/vizgen-postprocessing). The segmented cell boundaries of the median imaging plane were then propagated to all other layers. A set of filtering parameters were applied to the detected cells to remove false positives and badly segmented cells. First, all cells with volume inside the population’s first and last 2% quantile were removed. For each cell that passed the volume filter, the maximum count of the blank probes (98 total blanks) was selected as the false detection threshold, and genes that have their detected count under this threshold were removed from the cell. Cell transcripts were then normalized to the maximum cell volume of the population, assuming a linear scale, before removing cells with the normalized total transcript count in the first or last 3% quantile or with less than 30 unique genes (excluding blanks). Lastly, cells that passed the filters had their transcripts data reset to the original non-normalized counts for downstream analysis.  Tissues were manually aligned to the Common Coordinates Framework v3 (CCFv3) by matching the DAPI and PolyT histology stains to the reference atlas (25-µm resolution) in QuickNII (https://www.nitrc.org/projects/quicknii). Non-linear refinements to the registration were done using VisuAlign (https://www.nitrc.org/projects/visualign) to get the final indexed mask of CCFv3 labels for the registered tissue. The label mask was then fitted to filtered cells’ coordinates to transfer the CCFv3 labels to corresponding cell identities. Only cells labeled as Primary Somatosensory (S1, regardless of subregion) were used in downstream analysis.
Individual segmented cell metrics (XYZ location, volume, etc.) and transcript spatial expression data of 721 targeted genes.

source_name: Fresh frozen, horizontal brain tissue section

label_protocol: A probe panel targeting 721 genes were designed using Vizgen Gene Panel Design Portal https://vizgen.com/gene-panel/.

extract_protocol: Mice at selected ages were anesthetized with carbon dioxide and rapidly decapitated. The brains were harvested, placed in prechilled Optimal Cutting Temperature (Fisher) embedding medium, flash-frozen in 2-methylbutane on dry ice, and stored at −80°C until cryosectioning. On the day of cryosectioning, frozen tissue blocks were allowed to equilibrate at −20°C in a cryostat (Leica CM1860 UV) for at least one hour prior to slicing horizontal, 14µm thick sections. Slice were collected on MERSCOPE slides and sections were allowed to adhere to the slides at −20°C for at least 30 minutes before being fixed with warmed 4% PFA in nuclease-free 1X PBS for 60 minutes at 37°C. The samples were then washed in nuclease-free 1X PBS 3 times (5 minutes each wash) and air dried in a covered slice rack to ensure complete tissue adhesion. The slices were then incubated in 70% ethanol at 4°C overnight for permeabilization.

tag: age

value: 18 days

value: Brain

tag: Sex

value: Male

tag: strain

value: CBA/CaJ


title: Parental RT112 cell line, 2


title: Parental J82 cell line, 2


title: CD44v6 generated cell line from J82, 1


title: Somatosensory_P12_Mouse1

value: 12 days


title: Somatosensory_P12_Mouse3


title: Muscle formalehyde treated, MFA1

city: Kayseri

first: Saffet

last: Teber

address: Erciyes University Faculty of Agriculture, Köşk Mahallesi, Fuat Sezgin Caddesi No:12, Melikgazi/KAYSERİ

country: Turkey

institute: Erciyes University

description: Library name: MFA1

library_source: genomic

data_processing:
Bismark (v0.24.0)
Assembly: GRCg7b
Supplementary files format and content: BigWig files containing genome-wide methylation levels for CG, CHG, and CHH contexts

molecule: genomic DNA

organism: Gallus gallus

source_name: embryo muscle

extract_protocol:
Genomic DNA was extracted from liver and muscle tissues using the NucleoGene Genomic DNA Extraction Kit (Nucleogene, Istanbul, Türkiye) following the manufacturer’s instructions.
Genomic DNA was spiked with unmethylated Lambda DNA and fragmented to a size range of 200–400 bp. The DNA fragments were treated with bisulfite using the EZ DNA Methylation-Gold™ Kit (Zymo Research) to convert unmethylated cytosines to uracil, while methylated cytosines remained unchanged. Subsequently, methylation sequencing adapters were ligated to the single-stranded DNA fragments, followed by double-stranded DNA synthesis. The libraries were constructed through size selection and PCR amplification.

value: embryo muscle


title: Muscle control 4, MC4, non-treated

description: Library name: MC4


title: Muscle formalehyde treated, MFA4

description: Library name: MFA4


title: Somatosensory_P18_Mouse2


title: Muscle formalehyde treated, MFA3

description: Library name: MFA3


title: Muscle control 3, MC3, non-treated

description: Library name: MC3


title: Liver formalehyde treated, LFA3

description: Library name: LFA3

source_name: embryo liver

value: embryo liver


title: Liver control 2, LC2, non-treated

description: Library name: LC2


title: Muscle control 1, MC1, non-treated

description: Library name: MC1


title: Liver control 4, LC4, non-treated

description: Library name: LC4


title: Liver control 1, LC1, non-treated

description: Library name: LC1


title: Liver formalehyde treated, LFA1

description: Library name: LFA1


title: Muscle formalehyde treated, MFA2

description: Library name: MFA2


title: Muscle control 2, MC2, non-treated

description: Library name: MC2


title: Liver formalehyde treated, LFA4

description: Library name: LFA4


title: Fzd1cKO_OE_P10_L49784_0_1_HFFFCDMXY

city: Cleveland

first: Davin

middle: J

last: Marro

state: Ohio

address: 2210 Circle Dr

department: Neurosciences

institute: Case Western Reserve University

description:
Library name: L49784
10x Genomics

data_processing:
The demultiplexing, barcoded processing, gene counting and aggregation were made using the Cell Ranger software.
Assembly: mouse mm10
Supplementary files format and content: Processed h5 files containing gene counts per cell barcode.

source_name: Olfactory Epithelium

extract_protocol:
Animals were euthanized with standard protocols in Stowers Institute for Medical Research, olfactory epithelium was dissected and bones were removed in the ice cold HBSS. Dissected epitheliums were dissociated in papain solution (20 mg/mL papain and 3 mg/mL L-cysteine in HBSS) with RNase-free DNase I (10unit) at 37 °C for 15–20 mins. 0.01% BSA in PBS was added to the digestion solution before filtering with 70 µm and 30 µm filters (pluriSelect).  Dissociated cells were washed twice in 0.01% BSA with final volume 1 mL, followed by Draq5 (25 µM) and DAPI (0.5 µg/mL) staining 5 min on ice. Draq5+/DAPI- cells (live/nucleated cells) were sorted on BD Influx cytometer (BD Bioscience) with 100 µm nozzle.
Note: Library protocol will be specified for each batch present in study.  MOLNG-2453: Cells deemed to be 45-85% viable were loaded based on live cell concentration onto a Chromium Controller instrument (10x Genomics) and libraries prepared using the Chromium Single Cell 3' Library & Gel Bead Kit v2 (10x Genomics) according to manufacturer’s directions.  Resulting cDNA and short fragment libraries were checked for quality and quantity using a 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies) and Qubit Fluorometer (Thermo Fisher Scientific).  With cells captured estimated at ~1,300-9,000 cells per sample, libraries were pooled and sequenced to a depth necessary to achieve at least 19,000 mean reads per cell on an Illumina HiSeq 2500 instrument in Rapid Run mode utilizing RTA and instrument software versions current at the time of processing with the following paired read lengths: 26*8*98bp
MOLNG-2407: Cells deemed to be at least 69% viable were loaded based on live cell concentration onto a Chromium Controller instrument (10x Genomics) and libraries prepared using the Chromium Single Cell 3' Library & Gel Bead Kit v2 (10x Genomics) according to manufacturer’s directions.  Resulting cDNA and short fragment libraries were checked for quality and quantity using a 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies) and Qubit Fluorometer (Thermo Fisher Scientific).  With cells captured estimated at ~1,500-4,000 cells per sample, libraries were pooled and sequenced to a depth necessary to achieve at least 20,000 mean reads per cell on an Illumina HiSeq 2500 instrument in Rapid Run mode utilizing RTA and instrument software versions current at the time of processing with the following paired read lengths: 26*8*98bp.
MOLNG-3334: Cells deemed to be at least 90% viable were loaded on a Chromium Single Cell Controller (10x Genomics), based on live cell concentration.  Libraries were prepared using the Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1 (10x Genomics) according to manufacturer’s directions.  Resulting cDNA and short fragment libraries were checked for quality and quantity using a 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies) and Qubit Fluorometer (Thermo Fisher Scientific).  With cells captured estimated at ~3,100-7,400 cells per sample, libraries were pooled as needed and sequenced to a depth necessary to achieve at least 38,000 mean reads per cell on an Illumina NovaSeq 6000 instrument utilizing RTA and instrument software versions current at the time of processing with the following paired read lengths: 28*10*10*90bp.
MOLNG-3650: Dissociated, sorted cells were assessed for concentration and viability using a Luna-FL cell counter (Logos Biosystems).   Cells deemed to be at least 95% viable were loaded based on live cell concentration onto a Chromium X Series instrument (10x Genomics) and libraries prepared using the Chromium Next GEM Single Cell 3' Reagent Kits v3.1 (10x Genomics) according to manufacturer’s directions.  Resulting cDNA and short fragment libraries were checked for quality and quantity using a 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies) and Qubit Fluorometer (Thermo Fisher Scientific).  With cells captured estimated at ~4,000-10,000 cells per sample, libraries were pooled and sequenced to a depth necessary to achieve at least 30,000 mean reads per cell on an Illumina NextSeq 2000 instrument utilizing RTA and instrument software versions current at the time of processing with the following paired read lengths: 28*10*10*90bp.

value: Olfactory Epithelium

value: Multiple


title: Control_OE_P10_L49785_0_1_HFFFCDMXY

description:
Library name: L49785
10x Genomics

value: Wt/Ctrl


title: Control_OE_P7_L48127_0_1_HFFFCDMXY

description:
Library name: L48127
10x Genomics


title: Control_OE_P5_L48123_0_1_HFFFCDMXY

description:
Library name: L48123
10x Genomics


title: Liver control 3, LC3, non-treated

description: Library name: LC3


title: Fzd1cKO_OE_P5_L48122_0_1_HFFFCDMXY

description:
Library name: L48122
10x Genomics


title: Mouse, ANDP Wild-Type 5

city: Edegem

first: Dale

middle: John

last: Annear

state: Antwerpen

address: Prins Boudewijnlaan 43/6

department: Center of Medical Genetics

country: Belgium

institute: University of Antwerp

description: Library name: WT5

data_processing:
The sequencing data was mapped to the mouse annotated genome GRCm38.p6 (Ensembl v102) with STAR, after adapter removal and reads cleaning with trimmomatic. Gene expression quantification was performed with featureCounts (subread package). Differential gene expression analysis was performed with the DESeq2, an R package. The genes having an BH method for FDR adjusted p-value <0.05 and absolute value of log2FC >=0.5 were considered biologically relevant and further analyzed for functional enrichment. Additional data visualization was supported by the BigOmics platform, a user-friendly and interactive self-service bioinformatics platform for the in-depth analysis, visualization and interpretation of transcriptomics data 48. A subset of twenty genes were confirmed by RT-PCR. The iRegulon plugin in Cytoscape was used to detect the transcription factors, their targets, and the motifs/tracks associated with co-expression of the differentially upregulated and downregulated genes.
Assembly: GRCm38.p6 (Ensembl v102)
Supplementary files format and content: .tsv files containing feasture counts for each sample.

source_name: Frontal cortex

extract_protocol:
Total RNA was extracted from the frontal cortex of WT and HET mice (n = 7), using the RNeasy Mini Kit (Qiagen; 74106) following the manufacturer’s protocol. RNA concentration was determined with the Qubit RNA Broad Range Assay Kit (Invitrogen; Q10211). RT-PCR was used to confirm a selection of genes from the RNA sequencing experiment by converting 1 μg of total extracted RNA to cDNA using the SuperScript III Reverse Transcriptase kit (Invitrogen; 18080093). Primer efficiencies were optimized using a standard dilution curve method on pooled cDNA samples from wild-type and mutant mice (90% > E > 110%). RT-PCR was performed in triplicate using the CFX384 Touch Real-Time PCR Detection System (BioRad; 1855484) and the Takyon™ No ROX SYBR 2X MasterMix (Eurogentec; UF-NSMT-B0701) with primers listed in additional file S2. Reference gene stability was assessed using the geNorm method in qbase+ (Biogazelle), after which Actb, Gapdh and Rpl13a were selected for normalization.
Library preparation was performed with the Novogene NGS RNA Library Prep Set (PT042). Using the sequencing platform Illumina Novaseq 6000 with sequencing strategy PE150. Messenger RNA was purified from total RNA using poly-T oligo-attached magnetic beads. After fragmentation, the first strand cDNA was synthesized using random hexamer primers followed by the second strand cDNA synthesis. The library was ready after end repair, A-tailing, adapter ligation, size selection, amplification, and purification. The library was checked with Qubit and real-time PCR for quantification and bioanalyzer for size distribution detection. Quantified libraries will be pooled and sequenced on Illumina platforms, according to effective library concentration and data amount.

value: Frontal cortex

value: Wild-Type


title: Fzd1cKO_OE_P7_L48126_0_1_HFFFCDMXY

description:
Library name: L48126
10x Genomics


title: Mouse, ANDP Mutant 7

description: Library name: MT7

value: Mutant


title: Liver formalehyde treated, LFA2

description: Library name: LFA2


title: Mouse, ANDP Wild-Type 6

description: Library name: WT6


title: Mouse, ANDP Wild-Type 4

description: Library name: WT4


title: Mouse, ANDP Wild-Type 1

description: Library name: WT1


title: Mouse, ANDP Mutant 6

description: Library name: MT6


title: Mouse, ANDP Wild-Type 2

description: Library name: WT2


title: Mouse, ANDP Mutant 4

description: Library name: MT4


title: Mouse, ANDP Wild-Type 3

description: Library name: WT3


title: Mouse, ANDP Mutant 1

description: Library name: MT1


title: Mouse, ANDP Wild-Type 7

description: Library name: WT7


title: ESC Bod1L KO Tamoxifen, Etoposide biol rep 3

city: Dresden

first: Anna

middle: R

last: Poetsch

address: Tatzberg 47/49

country: Germany

institute: TU Dresden

description: Library name: Sample 12

data_processing:
Adapters were trimmed using Trim galore v0.6.6 with default parameters (cutadapt v3.4)
Trimmed reads were mapped to GRCm39/mm39 using Hisat2 v2.2.1
Read counts extraction and normalization were performed using StringTie v2.2.1
Assembly: mm39
Supplementary files format and content: Tab-delimeted text files including FPKM and TPM values for each gene

source_name: Embryonic Stem Cells

extract_protocol:
Total RNA was isolated with Trizol (Invitrogen) according to the manufacturer's recommendations. 100 μg total RNA was subjected to two rounds of poly(A) selection (Oligotex mRNA Mini Kit; QIAGEN), followed by DNaseI treatment (QIAGEN).
100–200 ng mRNA was fragmented by hydrolysis (5× fragmentation buffer: 200mM Tris acetate, pH8.2, 500mM potassium acetate and 150mM magnesium acetate) at 94°C for 90 s and purified (RNAeasy Minelute Kit; QIAGEN). cDNA was synthesized with 5 μg random hexamers by Superscript III Reverse Transcriptase (Invitrogen). Ds cDNA synthesis was performed in second strand buffer (Invitrogen) according to the manufacturer's recommendations and purified (Minelute Reaction Cleanup Kit; QIAGEN). Strand-specific rRNA depleted ds cDNA profiling was performed with the ScriptSeq kit (cat. no. SS10924) from Illumina, according to the instructions of the manufacturer. rRNA depletion was performed with the Ribo-Zero rRNA Removal Kit (Human/Mouse/Rat; cat. no. RZH110424).

value: Embryonic Stem Cells

value: Bod1L KO

value: Etoposide


title: Mouse, ANDP Mutant 3

description: Library name: MT3


title: Mouse, ANDP Mutant 5

description: Library name: MT5


title: ESC Bod1L KO Tamoxifen, Etoposide biol rep 1

description: Library name: Sample 10


title: ESC Bod1L KO Tamoxifen, Etoposide biol rep 2

description: Library name: Sample 11


title: ESC Bod1L KO Tamoxifen biol rep 3

description: Library name: Sample 9

value: No


title: ESC Bod1L WT, Etoposide biol rep 2

description: Library name: Sample 5

value: WT


title: ESC Bod1L KO Tamoxifen biol rep 2

description: Library name: Sample 8


title: Mouse, ANDP Mutant 2

description: Library name: MT2


title: ESC Bod1L KO Tamoxifen biol rep 1

description: Library name: Sample 7


title: ESC Bod1L WT biol rep 3

description: Library name: Sample 3


title: Fosl2 Tg, Established rep 7

city: Zurich

first: Jess

middle: G.

last: Snedeker

address: Lengghalde 5

department: Department of Health Science and Technology

country: Switzerland

institute: ETH Zurich

description: Library name: AM077

data_processing:
RNA-seq reads were aligned with STAR aligner using genome refbuild Mus_musculus/GENCODE/GRCm39/Annotation/Release_M26-2021-04-20
Counting: Transcripts were counted with FeatureCounts using using R package ezRun.
Differential expression: DEGs were computed using DESeq2.
Assembly: refbuild Mus_musculus/GENCODE/GRCm39/Annotation/Release_M26-2021-04-20
Supplementary files format and content: tab-delimited .txt files include 2 columns: ensemble feature identifier and count number.

source_name: Tail tendon fascicles

extract_protocol:
Tail tendon fascicles were placed in 2mL Eppendorf Safe-Lock tubes, snap frozen in liquid nitrogen and stored at -80C until further assayed. On the day of RNA isolation, tubes were placed immediately in dry ice. Samples were transferred to supercooled Spex microvial cylinder (6757C3, SPEX™ SamplePrep) containing 150µl of GENEzol™ reagent (GZR200, Geneaid). Samples were cryo-grinded in a bath of liquid nitrogen using FreezerMill (6870, SPEX™ SamplePrep) until fascicles were completely disrupted. Pulverized samples were collected by rinsing the tubes with 900µl GENEzol™, transferred to a clean 1.5 ml tube and kept in dry ice. To purify RNA, tissue homogenate was thawed and mixed well with 200µl of Chloroform (102445, Merck) at a mixing ratio of 1:5. Samples were then spun down for 15min (at 15,000g, 4°C). The upper RNA-containing aqueous phase was transferred to a clean 1.5 ml tube and mixed with one part of 70% ethanol. RNA cleanup was subsequently performed using PureLink™ RNA Micro Scale Kit (12183016, Invitrogen™), including an on-column DNA digestion step with DNase I (DNASE70, Sigma-Aldrich).
rRNA depletion was performed using NEBNext rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)._x000D_ RNA sequencing library preparation used NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina by following the manufacturer’s recommendations (NEB, Ipswich, MA, USA). Briefly, enriched RNAs were fragmented according to manufacturer’s instruction. First strand and second strand cDNA were subsequently synthesized. cDNA fragments were end repaired and adenylated at 3’ends, and universal adapter was ligated to cDNA fragments, followed by index addition and library enrichment with limited cycle PCR.. Sequencing libraries were validated using NGS Kit on the Agilent 5300 or 5600 Fragment Analyzer (Agilent Technologies, Palo Alto, CA, USA), and quantified by using Qubit 4.0 Fluorometer (Invitrogen, Carlsbad, CA).

value: Tail tendon fascicles

value: Tissue homogenate

tag: phenotype stage

value: Established

value: Female

tag: background


title: ESC Bod1L WT, Etoposide biol rep 3

description: Library name: Sample 6


title: WT control, Established rep 3

description: Library name: AM071

value: Non-transgenic control (WT)


title: ESC Bod1L WT, Etoposide biol rep 1

description: Library name: Sample 4


title: ESC Bod1L WT biol rep 2

description: Library name: Sample 2


title: ESC Bod1L WT biol rep 1

description: Library name: Sample 1


title: Fosl2 Tg, Established rep 4

description: Library name: AM067


title: Fosl2 Tg, Established rep 2

description: Library name: AM065


title: Fosl2 Tg, Established rep 6

description: Library name: AM076


title: Fosl2 Tg, Established rep 5

description: Library name: AM074

value: Male


title: Fosl2 Tg, Established rep 3

description: Library name: AM066


title: Fosl2 Tg, Established rep 1

description: Library name: AM064


title: WT control, Established rep 6

description: Library name: AM075


title: WT control, Established rep 5

description: Library name: AM073


title: WT control, Established rep 4

description: Library name: AM072


title: WT control, Early rep 4

description: Library name: AM058

value: Early


title: Fosl2 Tg, Early rep 2

description: Library name: AM053


title: WT control, Established rep 2

description: Library name: AM070


title: WT control, Early rep 6

description: Library name: AM060


title: Fosl2 Tg, Early rep 1

description: Library name: AM052


title: WT control, Established rep 1

description: Library name: AM069


title: Fosl2 Tg, Early rep 8

description: Library name: AM063


title: Fosl2 Tg, Early rep 7

description: Library name: AM062


title: WT control, Early rep 7

description: Library name: AM061


title: Fosl2 Tg, Early rep 6

description: Library name: AM057


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in Inflammation induced Cu SAC group biol repl2

city: Suzhou

first: Xiaowei

last: Xia

state: Jiangsu

address: 899 Pinghai Road

institute: orthopedics department

description:
Library name: Cu-SAC2
Column name in gene_count.xls: C2

data_processing:
The libraries were sequenced on an llumina Novaseq 6000 platform and 150 bp paired-end reads were generated. Raw reads of fastq format were firstly processed using fastp and the low quality reads were removed to obtain the clean reads. The clean reads were mapped to the reference genome using HISAT2. FPKM of each gene was calculated and the read counts of each gene were obtained by HTSeq-count.
Assembly: mm10
Supplementary files format and content: txt file includes gene counts for all Sample

source_name: Chondrocyte

extract_protocol:
Total RNA was extracted using the TRIzol reagent (Vazyme) according to the manufacturer’s protocol. RNA purity and quantification were evaluated using the NanoDrop 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific, USA). RNA integrity was assessed using the Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA).
Then the libraries were constructed using VAHTS Universal V6 RNA-seq Library Prep Kit according to the manufacturer’s instructions. The transcriptome sequencing and analysis were conducted by OE Biotech Co., Ltd. (Shanghai, China).

value: Chondrocyte


title: Fosl2 Tg, Early rep 5

description: Library name: AM056


title: WT control, Early rep 5

description: Library name: AM059


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in Inflammation group biol repl2

description:
Library name: IL-1β2
Column name in gene_count.xls: B2


title: Fosl2 Tg, Early rep 4

description: Library name: AM055


title: Fosl2 Tg, Early rep 3

description: Library name: AM054


title: ID8, KO-2

city: Hangzhou

first: Lv

last: Fei

address: The First People's Hospital of Hangzhou, Zhejiang Province

institute: Zhejiang Chinese Medical University

description: Library name: sample5

library_source: other

data_processing:
Raw sequencing reads were trimmed using Cutadapt to remove adapter sequences, and only reads of 25–34 nt in length were retained for downstream analysis.
To remove contaminating rRNA and tRNA reads, the filtered reads were aligned to rRNA and tRNA reference sequences using Bowtie.
The remaining reads were aligned to the mouse reference genome (GRCm38/mm10) and transcriptome using HISAT2 and Bowtie, respectively.
Ribosome profiling features, including trinucleotide periodicity and codon usage frequency, were calculated using riboWaltz, and actively translated open reading frames (ORFs) were identified with Ribotricer.
Read counts were quantified with featureCounts and normalized using DESeq2, followed by differential translation analysis and translation efficiency calculation by integrating corresponding mRNA-seq data.
Assembly: mm10
Supplementary files format and content: Tab-delimited text file, counts
Library strategy: Ribo-Seq

molecule: other

extract_protocol:
Cells were harvested after treatment with 100 µg/mL cycloheximide for 2 minutes to arrest ribosomes. Cell lysates were prepared in lysis buffer with cycloheximide and RNase inhibitors. Ribosome-protected fragments (RPFs, ~28-30 nt) were generated by digesting lysates with RNase I, followed by ribosome isolation via sucrose cushion centrifugation. RPFs were size-selected by gel purification, dephosphorylated, and ligated to a pre-adenylated linker for library construction.
Raw sequencing reads were trimmed of adapter sequences using Cutadapt. Reads with lengths between 25-34 nt were retained. rRNA and tRNA reads were removed by alignment to rRNA/tRNA sequences using Bowtie. Remaining reads were aligned to the reference genome (GRCm38/mm10 for mouse) and transcriptome using HISAT2 and Bowtie, respectively.


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in blank control group biol repl1

description:
Library name: CTRL1
Column name in gene_count.xls: A1


title: ID8, KO-6

description:
Library name: sample6
Sample column name in All.count.txt: KO-3

data_processing:
Raw data (raw reads) of fastq format were firstly processed through fastp software.
Reference genome and gene model annotation files were downloaded from genome website directly. Index of the reference genome was built using Hisat2 v2.0.5 and paired-end clean reads were aligned to the reference genome using Hisat2 v2.0.5.
featureCounts v1.5.0-p3 was used to count the reads numbers mapped to each gene. And then FPKM of each gene was calculated based on the length of the gene and reads count mapped to this gene.
Assembly: mm10
Supplementary files format and content: tab-delimited text files include count values for each smple

extract_protocol:
Total RNA was extracted using TRIzol and the quality and quantity of total RNA were evaluated using an Agilent 2100 Bioanalyzer.
Messenger RNA was purified from total RNA using poly-T oligo-attached magnetic beads. After fragmentation, the first strand cDNA was synthesized using random hexamer primers followed by the second strand cDNA synthesis. The library was ready after end repair, A-tailing, adapter ligation, size selection, amplification, and purification. The library was checked with Qubit and real-time PCR for quantification and bioanalyzer for size distribution detection.


title: ID8, WT-1

description: Library name: sample1


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in Inflammation induced Cu SAC group biol repl3

description:
Library name: Cu-SAC3
Column name in gene_count.xls: C3


title: WT control, Early rep 2

description: Library name: AM050


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in Inflammation group biol repl3

description:
Library name: IL-1β3
Column name in gene_count.xls: B3


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in Inflammation induced Cu SAC group biol repl1

description:
Library name: Cu-SAC1
Column name in gene_count.xls: C1


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in blank control group biol repl3

description:
Library name: CTRL3
Column name in gene_count.xls: A3


title: WT control, Early rep 1

description: Library name: AM049


title: ID8, KO-5

description:
Library name: sample5
Sample column name in All.count.txt: KO-2


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in Inflammation group biol repl1

description:
Library name: IL-1β1
Column name in gene_count.xls: B1


title: ID8, KO-3

description: Library name: sample6


title: RNA-seq of Mus musculus Chondrocyte in blank control group biol repl2

description:
Library name: CTRL2
Column name in gene_count.xls: A2


title: WT control, Early rep 3

description: Library name: AM051


title: ID8, WT-5

description:
Library name: sample2
Sample column name in All.count.txt: WT-2


title: ID8, WT-6

description:
Library name: sample3
Sample column name in All.count.txt: WT-3