Phylogenetic analyses confirm the high prevalence of hepatitis C virus (HCV) type 4 in the Seine-Saint-Denis district (France) and indicate seven different HCV-4 subtypes linked to two different epidemiological patterns.
Hepatitis C virus (HCV) has been classified into six clades as a result of high genetic variability. In the Seine-Saint-Denis district of north-east Paris, the prevalence of HCV-4, which usually infects populations from Africa or the Middle East, is twice as high as that recorded for the whole of continental France (10.2 versus 4.5%). Although the pathogenicity of HCV-4 remains unknown, resistance of HCV-4 to therapy appears to be similar to that observed for HCV-1. In order to characterize the epidemiology of HCV-4 in Paris, sequences of the non-structural 5B gene (332 bp) were obtained from 38 HCV-4-infected patients. Extensive phylogenetic analyses indicated seven different HCV-4 subtypes. Moreover, phylogenetic tree topologies clearly distinguished two epidemiological profiles. The first profile (52.6% of patients) reflects the intra-suburban emergence of two distinct HCV-4 subclades occurring mainly among intravenous drug users (65% of patients). The second profile shows six subclades [HCV-4a, -4f, -4h, -4k, -4a(B) and a new sequence] and accounts for patients from Africa (Egypt and sub-Saharan countries) who have unknown risk factors (77.8% of patients) and in whom no recent diffusion of HCV-4 is evident. This study indicates the high diversity of HCV-4 and the extension of HCV-4a and -4d subclades among drug users in FRANCE:
Morice
Yoann
Y
Laboratoire de Bactériologie, Virologie-Hygiène, Hôpital Avicenne, Equipe d'accueil Agents Transmissibles et Hôtes, Signalisation Cellulaire et Oncogenese, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny, France1.
Roulot
Dominique
D
Services d'Hépatologie-Gastroentérologie, Réseau hépatite C Nord-Est Parisien, Hôpitaux Avicenne et Jean Verdier, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny et Bondy, France2.|Laboratoire de Bactériologie, Virologie-Hygiène, Hôpital Avicenne, Equipe d'accueil Agents Transmissibles et Hôtes, Signalisation Cellulaire et Oncogenese, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny, France1.
Grando
Véronique
V
Services d'Hépatologie-Gastroentérologie, Réseau hépatite C Nord-Est Parisien, Hôpitaux Avicenne et Jean Verdier, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny et Bondy, France2.
Stirnemann
Jérome
J
Laboratoire de Bactériologie, Virologie-Hygiène, Hôpital Avicenne, Equipe d'accueil Agents Transmissibles et Hôtes, Signalisation Cellulaire et Oncogenese, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny, France1.
Gault
Elyanne
E
Laboratoire de Bactériologie, Virologie-Hygiène, Hôpital Avicenne, Equipe d'accueil Agents Transmissibles et Hôtes, Signalisation Cellulaire et Oncogenese, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny, France1.
Jeantils
Vincent
V
Services de Médecine Interne et de Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre d'Information et de Soins de l'Immunodéficience Humaine du 93 (CISIH 93), Hôpitaux Avicenne et Jean Verdier, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny et Bondy, France3.
Bentata
Michelle
M
Services de Médecine Interne et de Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre d'Information et de Soins de l'Immunodéficience Humaine du 93 (CISIH 93), Hôpitaux Avicenne et Jean Verdier, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny et Bondy, France3.
Jarrousse
Bernard
B
Services de Médecine Interne et de Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre d'Information et de Soins de l'Immunodéficience Humaine du 93 (CISIH 93), Hôpitaux Avicenne et Jean Verdier, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny et Bondy, France3.
Lortholary
Olivier
O
Services de Médecine Interne et de Maladies Infectieuses et Tropicales, Centre d'Information et de Soins de l'Immunodéficience Humaine du 93 (CISIH 93), Hôpitaux Avicenne et Jean Verdier, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny et Bondy, France3.
Pallier
Coralie
C
Service de Microbiologie, Unité de Virologie, CHU de Bicêtre, Le Kremlin-Bicêtre, France4.
Dény
Paul
P
Laboratoire de Bactériologie, Virologie-Hygiène, Hôpital Avicenne, Equipe d'accueil Agents Transmissibles et Hôtes, Signalisation Cellulaire et Oncogenese, UFR Santé Médecine Biologie Humaine, Université Paris 13, Bobigny, France1.
D005602:France / Q000453:epidemiology; D016174:Hepacivirus / Q000145:classification / Q000235:genetics / Q000302:isolation & purification; D006526:Hepatitis C / Q000453:epidemiology / Q000821:virology*; D006801:Humans; D010802:Phylogeny; D016133:Polymerase Chain Reaction / Q000379:methods; D015995:Prevalence; D017422:Sequence Analysis, DNA; D017361:Viral Nonstructural Proteins / Q000235:genetics*; D012324:RNA-Dependent RNA Polymerase
D017361:Viral Nonstructural Proteins; C087036:NS-5 protein, hepatitis C virus; D012324:RNA-Dependent RNA Polymerase