Restriction endonuclease patterns of the omp1 gene of reference Chlamydia trachomatis strains and characterization of isolates from Cameroonian students.
Eighteen reference strains of Chlamydia trachomatis were differentiated by omp1 PCR- and nested PCR-based RFLP analysis, using two restriction digestions, one with AluI and the other with the three enzymes HpaII, EcoRI and HinfI. AluI digestion allowed the differentiation of 12 different profiles after CT1/CT5 PCR and 13 different profiles after the nested PCR. The triple hydrolysis permitted the identification of 15 different patterns. In all, 16/18 reference strains were clearly identified. These reference patterns were successfully used to genotype 34 of 35 (28 strains and 7 clinical specimens) samples from infected students, collected during a screening programme in Yaounde (Cameroon). Genotypes D, Da, E, F, G and J were found. The most prevalent omp1 genotype was E (n = 14; 40 %), followed by F (n = 7; 20 %). As RFLP patterns of reference strains are essential for typing clinical isolates, they will greatly facilitate C. trachomatis characterization in many resource-limited laboratories.
Ngandjio
Antoinette
A
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
Clerc
Maithe
M
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
Fonkoua
Marie Christine
MC
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
Thonnon
Jocelyn
J
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
Lunel
Françoise
F
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
Bébéar
Christiane
C
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
Bianchi
Anne
A
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
de Barbeyrac
Bertille
B
Centre Pasteur du Cameroun, Yaounde, Cameroon 2Laboratoire de Bactériologie, Centre National de Référence des infections à Chlamydia, Université de Bordeaux II, Zone Nord, Bât. 2B, 146 Rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux, France 3Institut Alfred Fournier, Paris, France 4Laboratoire Départemental, Conseil Général de Seine Saint Denis, France.
D002163:Cameroon; D002690:Chlamydia Infections / Q000382:microbiology*; D002692:Chlamydia trachomatis / Q000145:classification / Q000235:genetics*; D052776:Female Urogenital Diseases / Q000382:microbiology*; D005838:Genotype; D006801:Humans; D052801:Male Urogenital Diseases; D016133:Polymerase Chain Reaction; D012150:Polymorphism, Restriction Fragment Length; D018272:Porins / Q000235:genetics*; D015183:Restriction Mapping
D018272:Porins; C071677:omp1 protein, Chlamydia trachomatis