title: Nitration of solvent-exposed tyrosine 74 on cytochrome c triggers heme iron-methionine 80 bond disruption. Nuclear magnetic resonance and optical spectroscopy studies.
abstract: Cytochrome c, a mitochondrial electron transfer protein containing a hexacoordinated heme, is involved in other physiologically relevant events, such as the triggering of apoptosis, and the activation of a peroxidatic activity. The latter occurs secondary to interactions with cardiolipin and/or post-translational modifications, including tyrosine nitration by peroxynitrite and other nitric oxide-derived oxidants. The gain of peroxidatic activity in nitrated cytochrome c has been related to a heme site transition in the physiological pH region, which normally occurs at alkaline pH in the native protein. Herein, we report a spectroscopic characterization of two nitrated variants of horse heart cytochrome c by using optical spectroscopy studies and NMR. Highly pure nitrated cytochrome c species modified at solvent-exposed Tyr-74 or Tyr-97 were generated after treatment with a flux of peroxynitrite, separated, purified by preparative high pressure liquid chromatography, and characterized by mass spectrometry-based peptide mapping. It is shown that nitration of Tyr-74 elicits an early alkaline transition with a pKa = 7.2, resulting in the displacement of the sixth and axial iron ligand Met-80 and replacement by a weaker Lys ligand to yield an alternative low spin conformation. Based on the study of site-specific Tyr to Phe mutants in the four conserved Tyr residues, we also show that this transition is not due to deprotonation of nitro-Tyr-74, but instead we propose a destabilizing steric effect of the nitro group in the mobile Omega-loop of cytochrome c, which is transmitted to the iron center via the nearby Tyr-67. The key role of Tyr-67 in promoting the transition through interactions with Met-80 was further substantiated in the Y67F mutant. These results therefore provide new insights into how a remote post-translational modification in cytochrome c such as tyrosine nitration triggers profound structural changes in the heme ligation and microenvironment and impacts in protein function.
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay.
authors.forename: Luciano A
authors.initials: LA
authors.lastname: Abriata
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay; Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay.
authors.forename: Adriana
authors.initials: A
authors.lastname: Cassina
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay; Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay.
authors.forename: Verónica
authors.initials: V
authors.lastname: Tórtora
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay; Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay.
authors.forename: Mónica
authors.initials: M
authors.lastname: Marín
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay; Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay.
authors.forename: Josá M
authors.initials: JM
authors.lastname: Souza
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay; Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay.
authors.forename: Laura
authors.initials: L
authors.lastname: Castro
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay. Electronic address: vila@ibr.gov.ar.
authors.forename: Alejandro J
authors.initials: AJ
authors.lastname: Vila
authors.affiliation: Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay; Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR), Biophysics Section, Universidad Nacional de Rosario, 2000 Rosario, Argentina, Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, Center for Free Radical and Biomedical Research, Facultad de Medicina, Universidad de la República, 11800 Montevideo, Uruguay, and Sección Bioquímica-Biología Molecular, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, 11400 Montevideo, Uruguay. Electronic address: rradi@fmed.edu.uy.
authors.forename: Rafael
authors.initials: R
authors.lastname: Radi
mesh_terms: D019943:Amino Acid Substitution; D000818:Animals; D017209:Apoptosis; D002308:Cardiolipins / Q000737:chemistry / Q000378:metabolism; D045304:Cytochromes c / Q000737:chemistry* / Q000235:genetics / Q000378:metabolism; D006418:Heme / Q000737:chemistry* / Q000235:genetics / Q000378:metabolism; D006736:Horses; D006863:Hydrogen-Ion Concentration; D007501:Iron / Q000737:chemistry* / Q000378:metabolism; D024101:Mitochondrial Proteins / Q000737:chemistry* / Q000235:genetics / Q000378:metabolism; D019906:Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular; D010084:Oxidation-Reduction; D030421:Peroxynitrous Acid / Q000737:chemistry / Q000378:metabolism; D017354:Point Mutation; D011499:Protein Processing, Post-Translational / Q000502:physiology*; D014443:Tyrosine / Q000737:chemistry* / Q000235:genetics / Q000378:metabolism
chemical_list: D002308:Cardiolipins; D024101:Mitochondrial Proteins; D030421:Peroxynitrous Acid; D014443:Tyrosine; D006418:Heme; D045304:Cytochromes c; D007501:Iron