title: Prospective diagnostic analysis of copy number variants using SNP microarrays in individuals with autism spectrum disorders.
abstract: Copy number variants (CNVs) have repeatedly been found to cause or predispose to autism spectrum disorders (ASDs). For diagnostic purposes, we screened 194 individuals with ASDs for CNVs using Illumina SNP arrays. In several probands, we also analyzed candidate genes located in inherited deletions to unmask autosomal recessive variants. Three CNVs, a de novo triplication of chromosome 15q11-q12 of paternal origin, a deletion on chromosome 9p24 and a de novo 3q29 deletion, were identified as the cause of the disorder in one individual each. An autosomal recessive cause was considered possible in two patients: a homozygous 1p31.1 deletion encompassing PTGER3 and a deletion of the entire DOCK10 gene associated with a rare hemizygous missense variant. We also identified multiple private or recurrent CNVs, the majority of which were inherited from asymptomatic parents. Although highly penetrant CNVs or variants inherited in an autosomal recessive manner were detected in rare cases, our results mainly support the hypothesis that most CNVs contribute to ASDs in association with other CNVs or point variants located elsewhere in the genome. Identification of these genetic interactions in individuals with ASDs constitutes a formidable challenge.
authors: 1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France [4] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France.
authors: Caroline
authors: C
authors: Nava
authors: AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de cytogénétique, Paris, France.
authors: Boris
authors: B
authors: Keren
authors: 1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [3] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [4] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France.
authors: Cyril
authors: C
authors: Mignot
authors: 1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France.
authors: Agnès
authors: A
authors: Rastetter
authors: AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Génétique et Embryologie Médicales, Paris, France.
authors: Sandra
authors: S
authors: Chantot-Bastaraud
authors: AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France.
authors: Anne
authors: A
authors: Faudet
authors: AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de cytogénétique, Paris, France.
authors: Eric
authors: E
authors: Fonteneau
authors: AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France.
authors: Claire
authors: C
authors: Amiet
authors: 1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France.
authors: Claudine
authors: C
authors: Laurent
authors: 1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [3] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France.
authors: Aurélia
authors: A
authors: Jacquette
authors: AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France.
authors: Sandra
authors: S
authors: Whalen
authors: 1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [3] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [4] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France [5] Centre de Référence des anomalies du développement et syndromes malformatifs, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.
authors: Alexandra
authors: A
authors: Afenjar
authors: 1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France [2] Centre Diagnostic Autisme, Pitié-Salpêtrière Hôpital, Paris, France.
authors: Didier
authors: D
authors: Périsse
authors: AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France.
authors: Diane
authors: D
authors: Doummar
authors: 1] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [2] Centre de Référence des anomalies du développement et syndromes malformatifs, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.
authors: Nathalie
authors: N
authors: Dorison
authors: 1] INSERM, U955, Créteil, France [2] Université Paris Est, Faculté de médecine, Créteil, France [3] AP-HP, Hôpital H Mondor - A. Chenevier, Pole de Psychiatrie, Créteil, France [4] Fondation FondaMental, Créteil, France.
authors: Marion
authors: M
authors: Leboyer
authors: AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Génétique et Embryologie Médicales, Paris, France.
authors: Jean-Pierre
authors: JP
authors: Siffroi
authors: 1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Service de Psychiatrie de l'enfant et de l'adolescent, Paris, France [2] Institut des Systèmes Intelligents et Robotiques, CNRS UMR 7222, UPMC-Paris-6, Paris, France.
authors: David
authors: D
authors: Cohen
authors: 1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France [4] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [5] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de neurogénétique moléculaire et cellulaire, Paris, France.
authors: Alexis
authors: A
authors: Brice
authors: 1] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [2] AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Service de Neuropédiatrie, Paris, France [3] Centre de Référence 'déficiences intellectuelles de causes rares', Paris, France [4] Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, Paris, France.
authors: Delphine
authors: D
authors: Héron
authors: 1] INSERM, U975 (CRICM), Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [2] CNRS 7225 (CRICM), Hôpital Pitié-Salpêtrière, Paris, France [3] Université Pierre et Marie Curie-Paris-6 (UPMC), UMR_S 975, Paris, France [4] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Paris, France [5] AP-HP, Hôpital Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique et de Cytogénétique, Unité fonctionnelle de neurogénétique moléculaire et cellulaire, Paris, France.
authors: Christel
authors: C
authors: Depienne
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