title: FSuite: exploiting inbreeding in dense SNP chip and exome data.
abstract: FSuite is a user-friendly pipeline developed for exploiting inbreeding information derived from human genomic data. It can make use of single nucleotide polymorphism chip or exome data. Compared with other software, the advantage of FSuite is that it provides a complete suite of scripts to describe and use the inbreeding information. It includes a module to detect inbred individuals and estimate their inbreeding coefficient, a module to describe the proportion of different mating types in the population and the individual probability to be offspring of different mating types that can be useful for population genetic studies. It also allows the identification of shared regions of homozygosity between affected individuals (homozygosity mapping) that can be used to identify rare recessive mutations involved in monogenic or multifactorial diseases.
  
  
  METHODS
  FSuite is developed in Perl and uses R functions to generate graphical outputs. This pipeline is freely available under GNU GPL license at: http://genestat.cephb.fr/software/index.php/FSuite.
authors.affiliation: Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France.
authors.forename: Steven
authors.initials: S
authors.lastname: Gazal
authors.affiliation: Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France.
authors.forename: Mourad
authors.initials: M
authors.lastname: Sahbatou
authors.affiliation: Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France.
authors.forename: Marie-Claude
authors.initials: MC
authors.lastname: Babron
authors.affiliation: Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France.
authors.forename: Emmanuelle
authors.initials: E
authors.lastname: Génin
authors.affiliation: Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France Inserm, U946, Genetic variability and human diseases, Paris, 75010, Université Paris Sud, Kremlin-Bicêtre, 94270, Fondation Jean Dausset CEPH, Paris, 75010, Université Paris-Diderot, UMR 946, Institut Universitaire d'Hématologie, Paris, 75475, Inserm, U1078, Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies, Brest, 29218 and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest, Brest, 29200, France.
authors.forename: Anne-Louise
authors.initials: AL
authors.lastname: Leutenegger
mesh_terms: D003241:Consanguinity; D059472:Exome; D023281:Genomics; D006720:Homozygote; D006801:Humans; D020641:Polymorphism, Single Nucleotide; D012984:Software