title: Maripa hantavirus in French Guiana: phylogenetic position and predicted spatial distribution of rodent hosts.
abstract: A molecular screening of wild-caught rodents was conducted in French Guiana, South America to identify hosts of the hantavirus Maripa described in 2008 in a hantavirus pulmonary syndrome (HPS) case. Over a 9-year period, 418 echimyids and murids were captured. Viral RNA was detected in two sigmodontine rodents, Oligoryzomys fulvescens and Zygodontomys brevicauda, trapped close to the house of a second HPS case that occurred in 2009 and an O. fulvescens close to the fourth HPS case identified in 2013. Sequences from the rodents had 96% and 97% nucleotide identity (fragment of S and M segments, respectively) with the sequence of the first human HPS case. Phylogenetic reconstructions based on the complete sequence of the S segment show that Maripa virus is closely related to Rio Mamore hantavirus. Using environmental descriptors of trapping sites, including vegetation, landscape units, rain, and human disturbance, a maximal entropy-based species distribution model allowed for identification of areas of higher predicted occurrence of the two rodents, where emergence risks of Maripa virus are expected to be higher.
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana bdethoisy@pasteur-cayenne.fr.
authors.forename: Benoît
authors.initials: B
authors.lastname: de Thoisy
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Séverine
authors.initials: S
authors.lastname: Matheus
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: François
authors.initials: F
authors.lastname: Catzeflis
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Luc
authors.initials: L
authors.lastname: Clément
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Sébastien
authors.initials: S
authors.lastname: Barrioz
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Amandine
authors.initials: A
authors.lastname: Guidez
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Damien
authors.initials: D
authors.lastname: Donato
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Jean-François
authors.initials: JF
authors.lastname: Cornu
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Olivier
authors.initials: O
authors.lastname: Brunaux
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Stéphane
authors.initials: S
authors.lastname: Guitet
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Vincent
authors.initials: V
authors.lastname: Lacoste
authors.affiliation: Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence des Arbovirus, Virus Influenza et Hantavirus, Laboratoires Associés-Pôle Antilles Guyane, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne, French Guiana; Laboratoire de Paléontologie, Paléobiologie et Phylogénie, Institut des Sciences de l'Evolution, UMR5554, Montpellier, France; Association Kwata, Cayenne, French Guiana; Unité Mixte de Recherche (UMR) Biologie des ORganismes et des Ecosystèmes (BOREA), Département Milieux et Peuplements Aquatiques, Museum National d#x0027;Histoire Naturelle (MNHN), Centre National d#x0027;Etude Scientifique (CNRS) 7208, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) 207, Université Pierre et Marie Curie (UPMC), Muséum National d'Histoire Naturelle, Cayenne, French Guiana; Office National des Forêts, Cayenne, French Guiana.
authors.forename: Anne
authors.initials: A
authors.lastname: Lavergne
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