Monitoring of four DNA extraction methods upstream of high-throughput sequencing of Anisakidae nematodes.
Different methods were evaluated to extract DNA from pooled nematodes belonging to Anisakis, Contracaecum, Pseudoterranova and Hysterothylacium genera isolated from edible fish. Pooled DNA extraction is the first and compulsory step to allow the identification of a large number of samples through high-throughput DNA sequencing with drastic time and cost reductions.
ANSES, Lab. Sécurité des Aliments, Dept Produits de la Pêche et de l'Aquaculture, Boulogne-sur-mer, France; Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents, Institut Pasteur de Lille (IPL), Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Univ. Lille Nord de France, France.
Y
Y
Seesao
Gènes Diffusion, Douai, France; PEGASE-Biosciences, Institut Pasteur de Lille, France.
C
C
Audebert
Ifremer, Nantes, France.
V
V
Verrez-Bagnis
Gènes Diffusion, Douai, France; PEGASE-Biosciences, Institut Pasteur de Lille, France.
S
S
Merlin
Ifremer, Nantes, France.
M
M
Jérôme
Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents, Institut Pasteur de Lille (IPL), Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Univ. Lille Nord de France, France.
E
E
Viscogliosi
Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents, Institut Pasteur de Lille (IPL), Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Univ. Lille Nord de France, France.
E
E
Dei-Cas
Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents, Institut Pasteur de Lille (IPL), Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Univ. Lille Nord de France, France. Electronic address: cecile.aliouat@univ-lille2.fr.
C M
CM
Aliouat-Denis
ANSES, Lab. Sécurité des Aliments, Dept Produits de la Pêche et de l'Aquaculture, Boulogne-sur-mer, France.
M
M
Gay
D000818:Animals; D001199:Ascaridoidea / Q000235:genetics* / Q000302:isolation & purification; D004247:DNA / Q000302:isolation & purification*; D005399:Fishes / Q000469:parasitology; D059014:High-Throughput Nucleotide Sequencing / Q000379:methods; D008967:Molecular Biology / Q000379:methods*
D004247:DNA
Anisakidae; COX2; High-throughput sequencing; Marine fish; Nematode; Pooled DNA extraction