title: FindPath: a Matlab solution for in silico design of synthetic metabolic pathways.
abstract: CONCLUSIONS
  Several methods and computational tools have been developed to design novel metabolic pathways. A major challenge is evaluating the metabolic efficiency of the designed pathways in the host organism. Here we present FindPath, a unified system to predict and rank possible pathways according to their metabolic efficiency in the cellular system. This tool uses a chemical reaction database to generate possible metabolic pathways and exploits constraint-based models (CBMs) to identify the most efficient synthetic pathway to achieve the desired metabolic function in a given host microorganism. FindPath can be used with common tools for CBM manipulation and uses the standard SBML format for both input and output files.
  
  
  METHODS
  http://metasys.insa-toulouse.fr/software/findpath/.
  
  
  BACKGROUND
  heux@insa-toulouse.fr
  
  
  BACKGROUND
  Supplementary data are available at Bioinformatics online.
authors.affiliation: Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France.
authors.forename: Gilles
authors.initials: G
authors.lastname: Vieira
authors.affiliation: Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France.
authors.forename: Marc
authors.initials: M
authors.lastname: Carnicer
authors.affiliation: Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France.
authors.forename: Jean-Charles
authors.initials: JC
authors.lastname: Portais
authors.affiliation: Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France Université de Toulouse; INSA, UPS, INP; LISBP, 135 Avenue de Rangueil, F-31077 Toulouse, France INRA, UMR792, Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, F-31400 Toulouse, France and CNRS, UMR5504, F-31400 Toulouse, France.
authors.forename: Stéphanie
authors.initials: S
authors.lastname: Heux
mesh_terms: D019295:Computational Biology / Q000379:methods*; D003198:Computer Simulation; D016208:Databases, Factual; D060847:Metabolic Engineering; D053858:Metabolic Networks and Pathways; D008954:Models, Biological; D012441:Saccharomyces cerevisiae / Q000235:genetics / Q000378:metabolism; D012984:Software