Novel metabolic features inAcinetobacter baylyiADP1 revealed by a multiomics approach.
Expansive knowledge of bacterial metabolism has been gained from genome sequencing output, but the high proportion of genes lacking a proper functional annotation in a given genome still impedes the accurate prediction of the metabolism of a cell. To access to a more global view of the functioning of the soil bacteriumAcinetobacter baylyiADP1, we adopted a multi 'omics' approach. Application of RNA-seq transcriptomics and LC/MS-based metabolomics, along with the systematic phenotyping of the complete collection of single-gene deletion mutants ofA. baylyiADP1 made possible to interrogate on the metabolic perturbations encountered by the bacterium upon a biotic change. Shifting the sole carbon source from succinate to quinate elicited in the cell not only a specific transcriptional response, necessary to catabolize the new carbon source, but also a major reorganization of the transcription pattern. Here, the expression of more than 12 % of the total number of genes was affected, most of them being of unknown function. These perturbations were ultimately reflected in the metabolome, in which the concentration of about 50 % of the LC/MS-detected metabolites was impacted. And the differential regulation of many genes of unknown function is probably related to the synthesis of the numerous unidentified compounds that were present exclusively in quinate-grown cells. Together, these data suggest thatA. baylyiADP1 metabolism involves unsuspected enzymatic reactions that await discovery.
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Lucille
L
Stuani
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Christophe
C
Lechaplais
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.|Department of Chemistry and Bioengineering, Tampere University of Technology, Korkeakoulunkatu 10, 33720 Tampere, Finland.
Aaro V
AV
Salminen
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Béatrice
B
Ségurens
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Maxime
M
Durot
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Vanina
V
Castelli
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Agnès
A
Pinet
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Karine
K
Labadie
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Stéphane
S
Cruveiller
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Jean
J
Weissenbach
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Véronique
V
de Berardinis
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Marcel
M
Salanoubat
Direction des Sciences du Vivant, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), Institut de Génomique, Evry, France.|CNRS-UMR8030, Evry, France.|Université d'Evry Val d'Essonne, Evry, France.
Alain
A
Perret
Bacterial metabolism; Functional genomics; LC/MS-LTQ-Orbitrap; Metabolomics; Transcriptomics