title: Repressor activity of the RpoS/σS-dependent RNA polymerase requires DNA binding.
abstract: The RpoS/σ(S) sigma subunit of RNA polymerase (RNAP) activates transcription of stationary phase genes in many Gram-negative bacteria and controls adaptive functions, including stress resistance, biofilm formation and virulence. In this study, we address an important but poorly understood aspect of σ(S)-dependent control, that of a repressor. Negative regulation by σ(S) has been proposed to result largely from competition between σ(S) and other σ factors for binding to a limited amount of core RNAP (E). To assess whether σ(S) binding to E alone results in significant downregulation of gene expression by other σ factors, we characterized an rpoS mutant of Salmonella enterica serovar Typhimurium producing a σ(S) protein proficient for Eσ(S) complex formation but deficient in promoter DNA binding. Genome expression profiling and physiological assays revealed that this mutant was defective for negative regulation, indicating that gene repression by σ(S) requires its binding to DNA. Although the mechanisms of repression by σ(S) are likely specific to individual genes and environmental conditions, the study of transcription downregulation of the succinate dehydrogenase operon suggests that σ competition at the promoter DNA level plays an important role in gene repression by Eσ(S).
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Systèmes Macromoléculaires et Signalisation, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France CNRS ERL3526, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France Université Paris Sud XI, 15, rue Georges Clémenceau, 91405 Orsay Cedex, France.
authors.forename: Corinne
authors.initials: C
authors.lastname: Lévi-Meyrueis
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Systèmes Macromoléculaires et Signalisation, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France CNRS ERL3526, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Véronique
authors.initials: V
authors.lastname: Monteil
authors.affiliation: Institut Pasteur, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, Département Génomes et génétique, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Odile
authors.initials: O
authors.lastname: Sismeiro
authors.affiliation: Institut Pasteur, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, Département Génomes et génétique, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Marie-Agnès
authors.initials: MA
authors.lastname: Dillies
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Systèmes Macromoléculaires et Signalisation, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France CNRS ERL3526, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Annie
authors.initials: A
authors.lastname: Kolb
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Pathogenèse des bactéries anaérobies, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Marc
authors.initials: M
authors.lastname: Monot
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Pathogenèse des bactéries anaérobies, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Bruno
authors.initials: B
authors.lastname: Dupuy
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Systèmes Macromoléculaires et Signalisation, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France CNRS ERL3526, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Sara Serradas
authors.initials: SS
authors.lastname: Duarte
authors.affiliation: Institut Pasteur, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, Département Génomes et génétique, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Bernd
authors.initials: B
authors.lastname: Jagla
authors.affiliation: Institut Pasteur, Plate-forme Transcriptome et Epigénome, Département Génomes et génétique, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Jean-Yves
authors.initials: JY
authors.lastname: Coppée
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Systèmes Macromoléculaires et Signalisation, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France CNRS ERL3526, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Cellule Pasteur, Paris, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France.
authors.forename: Mélanie
authors.initials: M
authors.lastname: Beraud
authors.affiliation: Institut Pasteur, Laboratoire Systèmes Macromoléculaires et Signalisation, Département de Microbiologie, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France CNRS ERL3526, rue du Docteur Roux, 75015 Paris, France francoise.norel@pasteur.fr.
authors.forename: Françoise
authors.initials: F
authors.lastname: Norel
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