title: The ongoing revolution of MALDI-TOF mass spectrometry for microbiology reaches tropical Africa.
abstract: Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) represents a revolution in routine pathogen identification in clinical microbiology laboratories. A MALDI-TOF MS was introduced to tropical Africa in the clinical microbiology laboratory of the Hôpital Principal de Dakar (Senegal) and used for routine pathogen identification. Using MS, 2,429 bacteria and fungi isolated from patients were directly assayed, leading to the identification of 2,082 bacteria (85.7%) and 206 fungi (8.5%) at the species level, 109 bacteria (4.5%) at the genus level, and 16 bacteria (0.75%) at the family level. Sixteen isolates remained unidentified (0.75%). Escherichia coli was the most prevalent species (25.8%) followed by Klebsiella pneumoniae (14.8%), Streptococcus agalactiae (6.2%), Acinetobacter baumannii (6.1%), Pseudomonas aeruginosa (5.9%), and Staphylococcus aureus (5.9%). MALDI-TOF MS has also enabled the detection of rare bacteria and fungi. MALDI-TOF MS is a powerful tool for the identification of bacterial and fungal species involved in infectious diseases in tropical Africa.
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Bécaye
authors.initials: B
authors.lastname: Fall
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Cheikh Ibrahima
authors.initials: CI
authors.lastname: Lo
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Bissoume
authors.initials: B
authors.lastname: Samb-Ba
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Nadine
authors.initials: N
authors.lastname: Perrot
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Silman
authors.initials: S
authors.lastname: Diawara
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Mamadou Wague
authors.initials: MW
authors.lastname: Gueye
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Kowry
authors.initials: K
authors.lastname: Sow
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Maxence
authors.initials: M
authors.lastname: Aubadie-Ladrix
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Oleg
authors.initials: O
authors.lastname: Mediannikov
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Cheikh
authors.initials: C
authors.lastname: Sokhna
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Yaya
authors.initials: Y
authors.lastname: Diemé
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Sonia
authors.initials: S
authors.lastname: Chatellier
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Boubacar
authors.initials: B
authors.lastname: Wade
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France.
authors.forename: Didier
authors.initials: D
authors.lastname: Raoult
authors.affiliation: Hôpital Principal, Dakar, Sénégal; Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, CNRS 7278, Research Institute for Development 198, Inserm 1095, Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée-Infection, Aix-Marseille Université, Marseille, France; bioMérieux, La Balme-Les-Grottes, France florence.fenollar@univ-amu.fr.
authors.forename: Florence
authors.initials: F
authors.lastname: Fenollar
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