Molecular identification of Mucorales in human tissues: contribution of PCR electrospray-ionization mass spectrometry.
Molecular methods are crucial for mucormycosis diagnosis because cultures are frequently negative, even if microscopy suggests the presence of hyphae in tissues. We assessed PCR/electrospray-ionization mass spectrometry (PCR/ESI-MS) for Mucorales identification in 19 unfixed tissue samples from 13 patients with proven or probable mucormycosis and compared the results with culture, quantitative real-time PCR, 16S-23S rRNA gene internal transcribed spacer region (ITS PCR) and 18S PCR sequencing. Concordance with culture identification to both genus and species levels was higher for PCR/ESI-MS than for the other techniques. Thus, PCR/ESI-MS is suitable for Mucorales identification, within 6 hours, for tissue samples for which microscopy results suggest the presence of hyphae.
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France; Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France; Institut Pasteur, Unité de Mycologie Moléculaire, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, Paris, France; CNRS URA3012, Paris, France. Electronic address: alexandre.alanio@sls.aphp.fr.
A
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Alanio
Institut Pasteur, Unité de Mycologie Moléculaire, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, Paris, France; CNRS URA3012, Paris, France.
D
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Garcia-Hermoso
Laboratoire de Microbiologie, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France.
S
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Mercier-Delarue
Université Paris Descartes, Hôpital Necker-Enfants malades, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (APHP), Centre d'Infectiologie Necker-Pasteur, Institut Imagine, Paris, France; Université Paris Descartes, Paris, France.
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Lanternier
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France.
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Gits-Muselli
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France; Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France; Institut Pasteur, Unité de Mycologie Moléculaire, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, Paris, France.
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Menotti
Service de Maladies Infectieuses et Tropicales, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France.
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Denis
Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France; UMR-S717 INSERM, Service de Pneumologie, AP-HP, Hôpital Saint Louis, Paris, France.
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Bergeron
Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France; UMR 942, INSERM, Service d'Anesthésie-Réanimation, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France.
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Legrand
Institut Pasteur, Unité de Mycologie Moléculaire, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, Paris, France; CNRS URA3012, Paris, France; Université Paris Descartes, Hôpital Necker-Enfants malades, Assistance Publique-Hôpitaux de Paris (APHP), Centre d'Infectiologie Necker-Pasteur, Institut Imagine, Paris, France; Université Paris Descartes, Paris, France.
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Lortholary
Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, AP-HP, Groupe Hospitalier Saint-Louis-Lariboisière-Fernand-Widal, Paris, France; Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, Paris, France; Institut Pasteur, Unité de Mycologie Moléculaire, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques, Paris, France; CNRS URA3012, Paris, France.
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Bretagne
D004271:DNA, Fungal / Q000737:chemistry / Q000235:genetics; D006801:Humans; D008828:Microbiological Techniques / Q000379:methods; D009090:Mucorales / Q000235:genetics / Q000302:isolation & purification*; D009091:Mucormycosis / Q000175:diagnosis*; D057089:Pathology, Molecular / Q000379:methods*; D016133:Polymerase Chain Reaction / Q000379:methods*; D011446:Prospective Studies; D060888:Real-Time Polymerase Chain Reaction / Q000379:methods; D017422:Sequence Analysis, DNA / Q000379:methods; D021241:Spectrometry, Mass, Electrospray Ionization / Q000379:methods*; D013997:Time Factors
D004271:DNA, Fungal
Culture; Mucorales identification; PCR; electrospray-ionization mass spectrometry; mucormycosis; species level