title: Overview of a surface-ripened cheese community functioning by meta-omics analyses.
abstract: Cheese ripening is a complex biochemical process driven by microbial communities composed of both eukaryotes and prokaryotes. Surface-ripened cheeses are widely consumed all over the world and are appreciated for their characteristic flavor. Microbial community composition has been studied for a long time on surface-ripened cheeses, but only limited knowledge has been acquired about its in situ metabolic activities. We applied metagenomic, metatranscriptomic and biochemical analyses to an experimental surface-ripened cheese composed of nine microbial species during four weeks of ripening. By combining all of the data, we were able to obtain an overview of the cheese maturation process and to better understand the metabolic activities of the different community members and their possible interactions. Furthermore, differential expression analysis was used to select a set of biomarker genes, providing a valuable tool that can be used to monitor the cheese-making process.
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Eric
authors: E
authors: Dugat-Bony
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Cécile
authors: C
authors: Straub
authors: AgroParisTech, UMR 518 Mathématiques et Informatiques Appliquées, F-75231, Paris, France; INRA, UMR 518 Mathématiques et Informatiques Appliquées, F-75231, Paris, France.
authors: Aurélie
authors: A
authors: Teissandier
authors: INRA, Institut Micalis, F-78352, Jouy-en-Josas, France; AgroParisTech, Institut Micalis, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Djamila
authors: D
authors: Onésime
authors: INRA, UR1404 Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Valentin
authors: V
authors: Loux
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Christophe
authors: C
authors: Monnet
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Françoise
authors: F
authors: Irlinger
authors: AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Sophie
authors: S
authors: Landaud
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Marie-Noëlle
authors: MN
authors: Leclercq-Perlat
authors: INRA, UR1404 Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Pascal
authors: P
authors: Bento
authors: Actalia, F-74801, La Roche sur Foron, France.
authors: Sébastien
authors: S
authors: Fraud
authors: INRA, UR1404 Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Jean-François
authors: JF
authors: Gibrat
authors: AgroParisTech, UMR 518 Mathématiques et Informatiques Appliquées, F-75231, Paris, France; INRA, UMR 518 Mathématiques et Informatiques Appliquées, F-75231, Paris, France.
authors: Julie
authors: J
authors: Aubert
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 518 Mathématiques et Informatiques Appliquées, F-75231, Paris, France; INRA, UMR 518 Mathématiques et Informatiques Appliquées, F-75231, Paris, France.
authors: Frédéric
authors: F
authors: Fer
authors: INRA, Institut Micalis, F-78352, Jouy-en-Josas, France; AgroParisTech, Institut Micalis, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Eric
authors: E
authors: Guédon
authors: INRA, US 1367 Metagenopolis, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Nicolas
authors: N
authors: Pons
authors: INRA, US 1367 Metagenopolis, F-78352, Jouy-en-Josas, France.
authors: Sean
authors: S
authors: Kennedy
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Jean-Marie
authors: JM
authors: Beckerich
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Dominique
authors: D
authors: Swennen
authors: INRA, UMR 782 Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France; AgroParisTech, UMR 782 Génie et microbiologie des procédés alimentaires, F-78850, Thiverval-Grignon, France.
authors: Pascal
authors: P
authors: Bonnarme
mesh_terms: D002611:Cheese; D056186:Metagenomics; D064307:Microbiota; D059467:Transcriptome