Contribution of copy number variants (CNVs) to congenital, unexplained intellectual and developmental disabilities in Lebanese patients.
BACKGROUND
Chromosomal microarray analysis (CMA) is currently the most widely adopted clinical test for patients with unexplained intellectual disability (ID), developmental delay (DD), and congenital anomalies. Its use has revealed the capacity to detect copy number variants (CNVs), as well as regions of homozygosity, that, based on their distribution on chromosomes, indicate uniparental disomy or parental consanguinity that is suggestive of an increased probability of recessive disease.


RESULTS
We screened 149 Lebanese probands with ID/DD and 99 healthy controls using the Affymetrix Cyto 2.7 M and SNP6.0 arrays. We report all identified CNVs, which we divided into groups. Pathogenic CNVs were identified in 12.1% of the patients. We review the genotype/phenotype correlation in a patient with a 1q44 microdeletion and refine the minimal critical regions responsible for the 10q26 and 16q monosomy syndromes. Several likely causative CNVs were also detected, including new homozygous microdeletions (9p23p24.1, 10q25.2, and 8p23.1) in 3 patients born to consanguineous parents, involving potential candidate genes. However, the clinical interpretation of several other CNVs remains uncertain, including a microdeletion affecting ATRNL1. This CNV of unknown significance was inherited from the patient's unaffected-mother; therefore, additional ethnically matched controls must be screened to obtain enough evidence for classification of this CNV.


CONCLUSIONS
This study has provided supporting evidence that whole-genome analysis is a powerful method for uncovering chromosomal imbalances, regardless of consanguinity in the parents of patients and despite the challenge presented by analyzing some CNVs.
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon ; Faculté de Médecine de la Timone, Aix-Marseille Université, Marseille, France ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, UMR_S910, Marseille, France.
Nancy
N
Choucair
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon.
Joelle Abou
JA
Ghoch
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon.
Sandra
S
Corbani
Faculté de Médecine de la Timone, Aix-Marseille Université, Marseille, France ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, UMR_S910, Marseille, France ; Département de Génétique Médicale, Assitance Publique Hôpitaux de Marseille, Hôpital d'Enfants de La Timone, Marseille, France.
Pierre
P
Cacciagli
Faculté de Médecine de la Timone, Aix-Marseille Université, Marseille, France ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, UMR_S910, Marseille, France.
Cecile
C
Mignon-Ravix
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon.
Nabiha
N
Salem
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon.
Nadine
N
Jalkh
Service de Pédiatrie, Hotel Dieu de France Hospital, Beirut, Lebanon.
Sandra
S
El Sabbagh
Neuropediatrics Department, Lebanese University, Beirut, Lebanon.
Ali
A
Fawaz
Département de Médecine interne, Hotel Dieu de France Hospital, Beirut, Lebanon.
Tony
T
Ibrahim
Faculté de Médecine de la Timone, Aix-Marseille Université, Marseille, France ; Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, UMR_S910, Marseille, France.
Laurent
L
Villard
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon ; Institut Jérôme Lejeune, Paris, France ; Université Saint-Joseph, rue de Damas B.P. 17-5208 Mar Mikhael, Beyrouth, 11042020 Lebanon.
André
A
Mégarbané
Unité de Génétique Médicale et Laboratoire Associé INSERM à l'Unité UMR_S 910, Faculté de Médecine, Université Saint-Joseph, Beirut, Lebanon.
Eliane
E
Chouery
Affymetrix 2.7 M; Affymetrix 6.0; Consanguinity; Copy number variants; Database; Intellectual disability; Lebanese population