Microbiological diagnostic procedures for respiratory cystic fibrosis samples in Spain: towards standard of care practices.
BACKGROUND
The microbiological procedures for cystic fibrosis (CF) samples of 17 participating Spanish centers were examined to verify their compliance with current international and national guidelines and to implement the best standards of care for microbiology practices. A 47-item questionnaire covering different CF microbiology aspects was sent to participant laboratories. Telephone interviews were performed when necessary. Data about samples processing for bacteria, mycobacteria and fungi were collected.


RESULTS
Gene sequencing (71%), MALDI-TOF (59%) or both (94%) were available for most laboratories. Susceptibility testing was performed by automated microdilution systems (94%) and manual diffusion methods (59%). However, a low use of selective media for Staphylococcus aureus (59%) and Burkholderia cepacia complex (71%), and of epidemiological typing methods (41%) was reported.


CONCLUSIONS
Most Spanish laboratories are in agreement with consensus guidelines for the processing of CF respiratory samples, but need to improve in the use of specific selective media and typing methods for epidemiologic studies.
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. juan.dcaballero@gmail.com.|Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. juan.dcaballero@gmail.com.
Juan de Dios
Jde D
Caballero
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. rosacampo@yahoo.com.|Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. rosacampo@yahoo.com.
Rosa
R
del Campo
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. marta.tato@salud.madrid.org.|Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. marta.tato@salud.madrid.org.
Marta
M
Tato
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. elia.gomez@gmail.com.|Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. elia.gomez@gmail.com.
Elia
E
Gómez G de la Pedrosa
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. martita_cobo@hotmail.com.
Marta
M
Cobo
Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. carla.lopez@ssib.es.|Servicio de Microbiología y Unidad de Investigación, Hospital Universitario Son Espases, Instituto de Investigación Sanitaria de Palma (IdISPa), Palma de Mallorca, Spain. carla.lopez@ssib.es.
Carla
C
López-Causapé
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. egomezm@salud.madrid.org.
Enrique
E
Gómez-Mampaso
Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. antonio.oliver@ssib.es.|Servicio de Microbiología y Unidad de Investigación, Hospital Universitario Son Espases, Instituto de Investigación Sanitaria de Palma (IdISPa), Palma de Mallorca, Spain. antonio.oliver@ssib.es.
Antonio
A
Oliver
Servicio de Microbiología, Hospital Universitario Ramón y Cajal and Instituto Ramón y Cajal de Investigaciones Sanitarias (IRYCIS), Madrid, 28034, Spain. rafael.canton@salud.madrid.org.|Red Española de Investigación en Patología Infecciosa (REIPI), Madrid, Spain. rafael.canton@salud.madrid.org.
Rafael
R
Cantón
D019121:Burkholderia Infections / Q000382:microbiology; D016956:Burkholderia cepacia / Q000302:isolation & purification; D003550:Cystic Fibrosis / Q000382:microbiology*; D006801:Humans; D007753:Laboratories / Q000592:standards*; D008828:Microbiological Techniques / Q000379:methods / Q000592:standards*; D012141:Respiratory Tract Infections / Q000382:microbiology*; D013030:Spain; D013048:Specimen Handling / Q000592:standards*; D013183:Sputum / Q000382:microbiology*; D059039:Standard of Care / Q000592:standards*; D013203:Staphylococcal Infections / Q000382:microbiology; D013211:Staphylococcus aureus / Q000302:isolation & purification