title: Initial data on the molecular epidemiology of cryptosporidiosis in Lebanon.
abstract: Cryptosporidium spp. represent a major public health problem worldwide and infect the gastrointestinal tract of both immunocompetent and immunocompromised persons. The prevalence of these parasites varies by geographic region, and no data are currently available in Lebanon. To promote an understanding of the epidemiology of cryptosporidiosisin this country, the main aim of this study was to determine the prevalence Cryptosporidium in symptomatic hospitalized patients, and to analyze the genetic diversity of the corresponding isolates. Fecal specimens were collected in four hospitals in North Lebanon from 163 patients (77 males and 86 females, ranging in age from 1 to 88 years, with a mean age of 22 years) presenting gastrointestinal disorders during the period July to December 2013. The overall prevalence of Cryptosporidium spp. infection obtained by modified Ziehl-Neelsen staining and/or nested PCR was 11%, and children <5 years old showed a higher rate of Cryptosporidium spp. The PCR products of the 15 positive samples were successfully sequenced. Among them, 10 isolates (66.7%) were identified as C. hominis, while the remaining 5 (33.3%) were identified as C. parvum. After analysis of the gp60 locus, C. hominis IdA19, a rare subtype, was found to be predominant. Two C. parvum subtypes were found: IIaA15G1R1 and IIaA15G2R1. The molecular characterization of Cryptosporidium isolates is an important step in improving our understanding of the epidemiology and transmission of the infection.
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France; Centre AZM pour la recherche en biotechnologies et ses applications, Université Libanaise, Laboratoire de Microbiologie Santé et Environnement, Tripoli, Liban.
authors.forename: Marwan
authors.initials: M
authors.lastname: Osman
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France; Centre AZM pour la recherche en biotechnologies et ses applications, Université Libanaise, Laboratoire de Microbiologie Santé et Environnement, Tripoli, Liban.
authors.forename: Dima
authors.initials: D
authors.lastname: El Safadi
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France; Faculté Libre des Sciences et Technologies de Lille, Université Catholique de Lille, Université Lille Nord de France, Laboratoire Ecologie et Biodiversité, Lille, France.
authors.forename: Sadia
authors.initials: S
authors.lastname: Benamrouz
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France.
authors.forename: Karine
authors.initials: K
authors.lastname: Guyot
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France; Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Lille & Faculté de Médicine de Lille, Université Lille Nord de France, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre de Biologie et Pathologie, Lille, France.
authors.forename: Eduardo
authors.initials: E
authors.lastname: Dei-Cas
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France; Faculté des sciences pharmaceutiques et biologiques, Université Lille Nord de France, Département de Parasitologie-Mycologie, Lille, France.
authors.forename: El Moukhtar
authors.initials: el M
authors.lastname: Aliouat
authors.affiliation: Service d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques, Groupe Hospitalier de l'Université Catholique de Lille, 59020 Lille, France.
authors.forename: Colette
authors.initials: C
authors.lastname: Creusy
authors.affiliation: Centre AZM pour la recherche en biotechnologies et ses applications, Université Libanaise, Laboratoire de Microbiologie Santé et Environnement, Tripoli, Liban.
authors.forename: Hassan
authors.initials: H
authors.lastname: Mallat
authors.affiliation: Centre AZM pour la recherche en biotechnologies et ses applications, Université Libanaise, Laboratoire de Microbiologie Santé et Environnement, Tripoli, Liban.
authors.forename: Monzer
authors.initials: M
authors.lastname: Hamze
authors.affiliation: Centre AZM pour la recherche en biotechnologies et ses applications, Université Libanaise, Laboratoire de Microbiologie Santé et Environnement, Tripoli, Liban.
authors.forename: Fouad
authors.initials: F
authors.lastname: Dabboussi
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France.
authors.forename: Eric
authors.initials: E
authors.lastname: Viscogliosi
authors.affiliation: Institut Pasteur de Lille, Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), UMR CNRS 8204, Inserm U1019, Université Lille Nord de France, Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergents (BDPEE), Lille, France.
authors.forename: Gabriela
authors.initials: G
authors.lastname: Certad
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