title: Quantifying domain-ligand affinities and specificities by high-throughput holdup assay.
abstract: Many protein interactions are mediated by small linear motifs interacting specifically with defined families of globular domains. Quantifying the specificity of a motif requires measuring and comparing its binding affinities to all its putative target domains. To this end, we developed the high-throughput holdup assay, a chromatographic approach that can measure up to 1,000 domain-motif equilibrium binding affinities per day. After benchmarking the approach on 210 PDZ-peptide pairs with known affinities, we determined the affinities of two viral PDZ-binding motifs derived from human papillomavirus E6 oncoproteins for 209 PDZ domains covering 79% of the human 'PDZome'. We obtained sharply sequence-dependent binding profiles that quantitatively describe the PDZome recognition specificity of each motif. This approach, applicable to many categories of domain-ligand interactions, has wide potential for quantifying the specificities of interactomes.
authors.affiliation: Unité Mixte de Recherche (UMR) 7257, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix-Marseille Université, Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), Marseille, France.
authors.forename: Renaud
authors.initials: R
authors.lastname: Vincentelli
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Katja
authors.initials: K
authors.lastname: Luck
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Juline
authors.initials: J
authors.lastname: Poirson
authors.affiliation: Unité 1068 Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), UMR 7258, CNRS-Aix-Marseille Université, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, Institut Paoli-Calmettes, Marseille, France.
authors.forename: Jolanta
authors.initials: J
authors.lastname: Polanowska
authors.affiliation: Unité Mixte de Recherche (UMR) 7257, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix-Marseille Université, Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), Marseille, France.
authors.forename: Julie
authors.initials: J
authors.lastname: Abdat
authors.affiliation: Unité Mixte de Recherche (UMR) 7257, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix-Marseille Université, Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), Marseille, France.
authors.forename: Marilyne
authors.initials: M
authors.lastname: Blémont
authors.affiliation: Unité Mixte de Recherche (UMR) 7257, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix-Marseille Université, Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), Marseille, France.
authors.forename: Jeremy
authors.initials: J
authors.lastname: Turchetto
authors.affiliation: Unité Mixte de Recherche (UMR) 7257, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix-Marseille Université, Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), Marseille, France.
authors.forename: François
authors.initials: F
authors.lastname: Iv
authors.affiliation: Département de Biologie Structurale et Chimie, Unité de Résonance Magnétique Nucléaire des Biomolécules, Institut Pasteur, UMR 3528, CNRS, Paris, France.
authors.forename: Kevin
authors.initials: K
authors.lastname: Ricquier
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Marie-Laure
authors.initials: ML
authors.lastname: Straub
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Anne
authors.initials: A
authors.lastname: Forster
authors.affiliation: Département de Virologie, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN, Institut Pasteur, UMR 3569, CNRS, Université Paris Diderot, Paris, France.
authors.forename: Patricia
authors.initials: P
authors.lastname: Cassonnet
authors.affiliation: Unité 1068 Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), UMR 7258, CNRS-Aix-Marseille Université, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, Institut Paoli-Calmettes, Marseille, France.
authors.forename: Jean-Paul
authors.initials: JP
authors.lastname: Borg
authors.affiliation: Département de Virologie, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN, Institut Pasteur, UMR 3569, CNRS, Université Paris Diderot, Paris, France.
authors.forename: Yves
authors.initials: Y
authors.lastname: Jacob
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Murielle
authors.initials: M
authors.lastname: Masson
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Yves
authors.initials: Y
authors.lastname: Nominé
authors.affiliation: Unité 1068 Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), UMR 7258, CNRS-Aix-Marseille Université, Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille, Institut Paoli-Calmettes, Marseille, France.
authors.forename: Jérôme
authors.initials: J
authors.lastname: Reboul
authors.affiliation: Département de Biologie Structurale et Chimie, Unité de Résonance Magnétique Nucléaire des Biomolécules, Institut Pasteur, UMR 3528, CNRS, Paris, France.
authors.forename: Nicolas
authors.initials: N
authors.lastname: Wolff
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Sebastian
authors.initials: S
authors.lastname: Charbonnier
authors.affiliation: quipe labellisée Ligue 2015, UMR 7242, CNRS-Université de Strasbourg, École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg, Illkirch, France.
authors.forename: Gilles
authors.initials: G
authors.lastname: Travé
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