title: Genetic Variation and Structure in Contrasting Geographic Distributions: Widespread Versus Restricted Black-Tailed Prairie Dogs (Subgenus Cynomys).
abstract: Species of restricted distribution are considered more vulnerable to extinction because of low levels of genetic variation relative to widespread taxa. Species of the subgenus Cynomys are an excellent system to compare genetic variation and degree of genetic structure in contrasting geographic distributions. We assessed levels of genetic variation, genetic structure, and genetic differentiation in widespread Cynomys ludovicianus and restricted C. mexicanus using 1997bp from the cytochrome b and control region (n = 223 C. ludovicianus; 77 C. mexicanus), and 10 nuclear microsatellite loci (n = 207 and 78, respectively). Genetic variation for both species was high, and genetic structure in the widespread species was higher than in the restricted species. C. mexicanus showed values of genetic variation, genetic structure, and genetic differentiation similar to C. ludovicianus at smaller geographic scales. Results suggest the presence of at least 2 historical refuges for C. ludovicianus and that the Sierra Madre Occidental represents a barrier to gene flow. Chihuahua and New Mexico possess high levels of genetic diversity and should be protected, while Sonora should be treated as an independent management unit. For C. mexicanus, connectivity among colonies is very important and habitat fragmentation and habitat loss should be mitigated to maintain gene flow.
authors.affiliation: From the Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México. Circuito Exterior s/n Anexo al Jardín Botánico, Ciudad Universitaria, México Distrito Federal 04510, México (Castellanos-Morales and Eguiarte); Laboratorio de Bioconservación y Manejo, Departamento de Zoología, Posgrado en Ciencias Quimicobiológicas, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col. Sto. Tomas, México Distrito Federal 11340, México (Ortega); DICTUS, Universidad de Sonora, Luis Donaldo Colosio s/n, Hermosillo, Sonora 83100, México (Castillo-Gámez); Center for Conservation and Evolutionary Genetics, Smithsonian Institution, P.O. Box 37012, MRC 5503, Washington, DC 20013-7012 (Sackett).
authors.forename: Gabriela
authors.initials: G
authors.lastname: Castellanos-Morales
authors.affiliation: From the Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México. Circuito Exterior s/n Anexo al Jardín Botánico, Ciudad Universitaria, México Distrito Federal 04510, México (Castellanos-Morales and Eguiarte); Laboratorio de Bioconservación y Manejo, Departamento de Zoología, Posgrado en Ciencias Quimicobiológicas, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col. Sto. Tomas, México Distrito Federal 11340, México (Ortega); DICTUS, Universidad de Sonora, Luis Donaldo Colosio s/n, Hermosillo, Sonora 83100, México (Castillo-Gámez); Center for Conservation and Evolutionary Genetics, Smithsonian Institution, P.O. Box 37012, MRC 5503, Washington, DC 20013-7012 (Sackett).
authors.forename: Jorge
authors.initials: J
authors.lastname: Ortega
authors.affiliation: From the Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México. Circuito Exterior s/n Anexo al Jardín Botánico, Ciudad Universitaria, México Distrito Federal 04510, México (Castellanos-Morales and Eguiarte); Laboratorio de Bioconservación y Manejo, Departamento de Zoología, Posgrado en Ciencias Quimicobiológicas, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col. Sto. Tomas, México Distrito Federal 11340, México (Ortega); DICTUS, Universidad de Sonora, Luis Donaldo Colosio s/n, Hermosillo, Sonora 83100, México (Castillo-Gámez); Center for Conservation and Evolutionary Genetics, Smithsonian Institution, P.O. Box 37012, MRC 5503, Washington, DC 20013-7012 (Sackett).
authors.forename: Reyna A
authors.initials: RA
authors.lastname: Castillo-Gámez
authors.affiliation: From the Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México. Circuito Exterior s/n Anexo al Jardín Botánico, Ciudad Universitaria, México Distrito Federal 04510, México (Castellanos-Morales and Eguiarte); Laboratorio de Bioconservación y Manejo, Departamento de Zoología, Posgrado en Ciencias Quimicobiológicas, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col. Sto. Tomas, México Distrito Federal 11340, México (Ortega); DICTUS, Universidad de Sonora, Luis Donaldo Colosio s/n, Hermosillo, Sonora 83100, México (Castillo-Gámez); Center for Conservation and Evolutionary Genetics, Smithsonian Institution, P.O. Box 37012, MRC 5503, Washington, DC 20013-7012 (Sackett).
authors.forename: Loren C
authors.initials: LC
authors.lastname: Sackett
authors.affiliation: From the Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México. Circuito Exterior s/n Anexo al Jardín Botánico, Ciudad Universitaria, México Distrito Federal 04510, México (Castellanos-Morales and Eguiarte); Laboratorio de Bioconservación y Manejo, Departamento de Zoología, Posgrado en Ciencias Quimicobiológicas, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional. Prolongación de Carpio y Plan de Ayala s/n Col. Sto. Tomas, México Distrito Federal 11340, México (Ortega); DICTUS, Universidad de Sonora, Luis Donaldo Colosio s/n, Hermosillo, Sonora 83100, México (Castillo-Gámez); Center for Conservation and Evolutionary Genetics, Smithsonian Institution, P.O. Box 37012, MRC 5503, Washington, DC 20013-7012 (Sackett). fruns@unam.mx.
authors.forename: Luis E
authors.initials: LE
authors.lastname: Eguiarte
mesh_terms: D000818:Animals; D003247:Conservation of Natural Resources; D004272:DNA, Mitochondrial / Q000235:genetics; D051456:Gene Flow; D005787:Gene Frequency; D014644:Genetic Variation; D005828:Genetics, Population; D065948:Grassland; D008800:Mexico; D018895:Microsatellite Repeats; D008957:Models, Genetic; D009516:New Mexico; D012589:Sciuridae / Q000145:classification / Q000235:genetics*; D017422:Sequence Analysis, DNA
chemical_list: D004272:DNA, Mitochondrial
keywords: Conservation genetics; Cynomys ludovicianus; Cynomys mexicanus; microsatellites; mitochondria; phylogeography