Solid-state NMR sequential assignments of the N-terminal domain of HpDnaB helicase.
We present solid-state NMR assignments of the N-terminal domain of the DnaB helicase from Helicobacter pylori (153 residues) in its microcrystalline form. We use a sequential resonance assignment strategy based on three-dimensional NMR experiments. The resonance assignments obtained are compared with automated resonance assignments computed with the ssFLYA algorithm. An analysis of the (13)C secondary chemical shifts determines the position of the secondary structure elements in this α-helical protein.
Laboratorium für Physikalische Chemie, ETH Zürich, Vladimir-Prelog-Weg 2, 8093, Zurich, Switzerland.
Thomas
T
Wiegand
Institut de Biologie et Chemie des Protéines, Bases Moléculaires et Structurales des Systèmes Infectieux, Labex Ecofect, UMR 5086 CNRS, Université de Lyon, 7 passage du Vercor, 69007, Lyon, France.
Carole
C
Gardiennet
Laboratorium für Physikalische Chemie, ETH Zürich, Vladimir-Prelog-Weg 2, 8093, Zurich, Switzerland.
Francesco
F
Ravotti
Institut de Biologie et Chemie des Protéines, Bases Moléculaires et Structurales des Systèmes Infectieux, Labex Ecofect, UMR 5086 CNRS, Université de Lyon, 7 passage du Vercor, 69007, Lyon, France.
Alexandre
A
Bazin
Institut de Biologie et Chemie des Protéines, Bases Moléculaires et Structurales des Systèmes Infectieux, Labex Ecofect, UMR 5086 CNRS, Université de Lyon, 7 passage du Vercor, 69007, Lyon, France.
Britta
B
Kunert
Institut de Biologie et Chemie des Protéines, Bases Moléculaires et Structurales des Systèmes Infectieux, Labex Ecofect, UMR 5086 CNRS, Université de Lyon, 7 passage du Vercor, 69007, Lyon, France.
Denis
D
Lacabanne
Laboratorium für Physikalische Chemie, ETH Zürich, Vladimir-Prelog-Weg 2, 8093, Zurich, Switzerland.
Riccardo
R
Cadalbert
Laboratorium für Physikalische Chemie, ETH Zürich, Vladimir-Prelog-Weg 2, 8093, Zurich, Switzerland.|Institute of Biophysical Chemistry, Center for Biomolecular Magnetic Resonance, Goethe University Frankfurt am Main, Max-von-Laue-Str. 9, 60438, Frankfurt am Main, Germany.
Peter
P
Güntert
Institut de Biologie et Chemie des Protéines, Bases Moléculaires et Structurales des Systèmes Infectieux, Labex Ecofect, UMR 5086 CNRS, Université de Lyon, 7 passage du Vercor, 69007, Lyon, France. laurent.terradot@ibcp.fr.
Laurent
L
Terradot
Institut de Biologie et Chemie des Protéines, Bases Moléculaires et Structurales des Systèmes Infectieux, Labex Ecofect, UMR 5086 CNRS, Université de Lyon, 7 passage du Vercor, 69007, Lyon, France. a.bockmann@ibcp.fr.
Anja
A
Böckmann
Laboratorium für Physikalische Chemie, ETH Zürich, Vladimir-Prelog-Weg 2, 8093, Zurich, Switzerland. beme@ethz.ch.
Beat H
BH
Meier
D000595:Amino Acid Sequence; D053488:DnaB Helicases / Q000737:chemistry*; D016480:Helicobacter pylori / Q000201:enzymology*; D019906:Nuclear Magnetic Resonance, Biomolecular; D000072417:Protein Domains; D017433:Protein Structure, Secondary; D012984:Software
D053488:DnaB Helicases
Assignments; HpDnaB; Secondary chemical shifts; Solid-state NMR; ssFLYA