Associations of common SNPs in the SORT1, GCKR, LPL, APOA1, CETP, LDLR, APOE genes with lipid trait levels in an Algerian population sample.
Genome-wide association studies have identified many lipid-associated loci primarily in European and Asian populations. In view of the differences between ethnic groups in terms of the frequency and impact of these variants, our objective was to evaluate the relationships between eight lipid-associated variants (considered individually and in combination) and fasting serum triglyceride, total cholesterol, HDL- and LDL-cholesterol levels in an Algerian population sample (ISOR study, n = 751). Three SNPs (in SORT1, CETP and GCKR) were individually associated with lipid level variations. Moreover, the risk allele scores for total cholesterol, triglyceride and LDL-C levels (encompassing between three and six SNPs) were associated with their corresponding lipid traits. Our study is the first to show that some of the lipid-associated loci in European populations are associated with lipid traits in Algerians. Although our results will have to be confirmed in other North African populations, this study contributes to a better understanding of genetic susceptibility to lipid traits in Algeria.
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria.
Djabaria Naïma
DN
Meroufel
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria ; Département de Biotechnologie, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, Université d'Oran BP 1524 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria.
Sounnia
S
Mediene-Benchekor
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria.
Sarah Aïcha
SA
Lardjam-Hetraf
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria ; Département de Biotechnologie, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, Université d'Oran BP 1524 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria.
Hadjira
H
Ouhaïbi-Djellouli
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria.
Houssam
H
Boulenouar
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria ; Caisse Nationale des Assurances Sociales des travailleurs salariés, Clinique Spécialisée en Orthopédie et Rééducation des Victimes des Accidents de Travail Oran, Algeria.
Imane
I
Hamani-Medjaoui
INSERM, U1167, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille 1 rue du Pr. Calmette, BP 245, F-59019 Lille Cedex, France.
Xavier
X
Hermant
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria.
Nadhira
N
Saïdi-Mehtar
INSERM, U1167, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille 1 rue du Pr. Calmette, BP 245, F-59019 Lille Cedex, France.
Philippe
P
Amouyel
Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, Université des Sciences et de Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf BP 1505 El M'Naouer 31000, Oran, Algeria ; Faculté de Médecine, Université Djillali Liabes de Sidi Bel Abbes Sidi Bel Abbes, Algeria ; Laboratoire des Systèmes d'Information en Santé, Université d'Oran Oran, Algeria.
Leïla
L
Houti
INSERM, U1167, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille 1 rue du Pr. Calmette, BP 245, F-59019 Lille Cedex, France.
Aline
A
Meirhaeghe
INSERM, U1167, Institut Pasteur de Lille, Université de Lille 1 rue du Pr. Calmette, BP 245, F-59019 Lille Cedex, France.
Louisa
L
Goumidi
D048868:Adaptor Proteins, Signal Transducing / Q000235:genetics*; D033942:Adaptor Proteins, Vesicular Transport / Q000235:genetics*; D000462:Algeria; D016632:Apolipoprotein A-I / Q000235:genetics; D001057:Apolipoproteins E / Q000235:genetics; D015415:Biomarkers / Q000097:blood; D044383:Black People / Q000235:genetics*; D053480:Cholesterol Ester Transfer Proteins / Q000235:genetics*; D005787:Gene Frequency; D056726:Genetic Association Studies; D005838:Genotype; D006801:Humans; D008055:Lipids / Q000097:blood*; D008071:Lipoprotein Lipase / Q000235:genetics; D010641:Phenotype; D020641:Polymorphism, Single Nucleotide; D011973:Receptors, LDL / Q000235:genetics; D000099183:Sortilin
D048868:Adaptor Proteins, Signal Transducing; D033942:Adaptor Proteins, Vesicular Transport; D016632:Apolipoprotein A-I; D001057:Apolipoproteins E; D015415:Biomarkers; D053480:Cholesterol Ester Transfer Proteins; D008055:Lipids; D008071:Lipoprotein Lipase; D011973:Receptors, LDL; D000099183:Sortilin; C505693:APOA1 protein, human; C506642:CETP protein, human; C485100:GCKR protein, human; C573412:LDLR protein, human; C548261:LPL protein, human
Algeria; ISOR study; North African population; combined risk allele score; lipid; polymorphism