In Silico Identification of Highly Conserved Epitopes of Influenza A H1N1, H2N2, H3N2, and H5N1 with Diagnostic and Vaccination Potential.
The unpredictable, evolutionary nature of the influenza A virus (IAV) is the primary problem when generating a vaccine and when designing diagnostic strategies; thus, it is necessary to determine the constant regions in viral proteins. In this study, we completed an in silico analysis of the reported epitopes of the 4 IAV proteins that are antigenically most significant (HA, NA, NP, and M2) in the 3 strains with the greatest world circulation in the last century (H1N1, H2N2, and H3N2) and in one of the main aviary subtypes responsible for zoonosis (H5N1). For this purpose, the HMMER program was used to align 3,016 epitopes reported in the Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB) and distributed in 34,294 stored sequences in the Pfam database. Eighteen epitopes were identified: 8 in HA, 5 in NA, 3 in NP, and 2 in M2. These epitopes have remained constant since they were first identified (~91 years) and are present in strains that have circulated on 5 continents. These sites could be targets for vaccination design strategies based on epitopes and/or as markers in the implementation of diagnostic techniques.
Laboratorio Central de Epidemiología, Centro Médico Nacional La Raza, Instituto Mexicano del Seguro Social, Avenida Jacarandas S/N, Esquina Circuito Interior, Colonia La Raza Delegación Azcapotzalco, 02990 México, DF, Mexico.
José Esteban
JE
Muñoz-Medina
Laboratorio de Biotecnología y Bioinformática Genómica, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Carpio y Plan de Ayala S/N, Colonia Plutarco Elías Calles, Delegación Miguel Hidalgo, 11340 México, DF, Mexico.
Carlos Javier
CJ
Sánchez-Vallejo
Laboratorio de Biotecnología y Bioinformática Genómica, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, Carpio y Plan de Ayala S/N, Colonia Plutarco Elías Calles, Delegación Miguel Hidalgo, 11340 México, DF, Mexico.
Alfonso
A
Méndez-Tenorio
Laboratorio de Genómica, Departamento de Genética y Genómica Humana, Instituto Nacional de Perinatología "Isidro Espinosa de los Reyes", Montes Urales 800, Colonia Lomas Virreyes, Delegación Miguel Hidalgo, 11000 México, DF, Mexico.
Irma Eloísa
IE
Monroy-Muñoz
Laboratorio de Genómica, Departamento de Biología Molecular, Instituto Nacional de Cardiología "Ignacio Chávez", Juan Badiano No. 1, Colonia Sección XVI, Delegación Tlalpan, 14080 México, DF, Mexico.
Javier
J
Angeles-Martínez
Laboratorio Central de Epidemiología, Centro Médico Nacional La Raza, Instituto Mexicano del Seguro Social, Avenida Jacarandas S/N, Esquina Circuito Interior, Colonia La Raza Delegación Azcapotzalco, 02990 México, DF, Mexico.
Andrea
A
Santos Coy-Arechavaleta
Laboratorio Central de Epidemiología, Centro Médico Nacional La Raza, Instituto Mexicano del Seguro Social, Avenida Jacarandas S/N, Esquina Circuito Interior, Colonia La Raza Delegación Azcapotzalco, 02990 México, DF, Mexico.
Clara Esperanza
CE
Santacruz-Tinoco
División de Laboratorios de Vigilancia e Investigación Epidemiológica, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mier y Pesado No. 120, Colonia Del Valle, Delegación Benito Juárez, 03100 México, DF, Mexico.
Joaquín
J
González-Ibarra
Laboratorio Central de Epidemiología, Centro Médico Nacional La Raza, Instituto Mexicano del Seguro Social, Avenida Jacarandas S/N, Esquina Circuito Interior, Colonia La Raza Delegación Azcapotzalco, 02990 México, DF, Mexico.
Yu-Mei
YM
Anguiano-Hernández
División de Laboratorios de Vigilancia e Investigación Epidemiológica, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mier y Pesado No. 120, Colonia Del Valle, Delegación Benito Juárez, 03100 México, DF, Mexico.
César Raúl
CR
González-Bonilla
Laboratorio de Citopatologia Ambiental, Departamento de Morfología, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas Campus Zacatenco, Instituto Politécnico Nacional, Wilfrido Massieu S/N, Colonia Nueva Industrial Vallejo, Delegación Gustavo A. Madero, 07738 México, DF, Mexico.
Eva
E
Ramón-Gallegos
Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos "Manuel Martínez Báez", Francisco de P. Miranda No. 177, Colonia Unidad Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, 01480 México, DF, Mexico ; Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Avenida Universidad 3000, Colonia Copilco Universidad, Delegación Coyoacán, 04510 México, DF, Mexico.
José Alberto
JA
Díaz-Quiñonez
D003198:Computer Simulation; D000939:Epitopes / Q000235:genetics / Q000276:immunology; D006801:Humans; D053118:Influenza A Virus, H1N1 Subtype / Q000235:genetics / Q000276:immunology; D053121:Influenza A Virus, H2N2 Subtype / Q000235:genetics / Q000276:immunology; D053122:Influenza A Virus, H3N2 Subtype / Q000235:genetics / Q000276:immunology; D053124:Influenza A Virus, H5N1 Subtype / Q000235:genetics / Q000276:immunology; D007252:Influenza Vaccines / Q000235:genetics / Q000276:immunology
D000939:Epitopes; D007252:Influenza Vaccines