title: In silico prediction and characterization of protein post-translational modifications.
abstract: This review outlines the computational approaches and procedures for predicting post translational modification (PTM)-induced changes in protein conformation and their influence on protein function(s), the latter being assessed as differential affinity in interaction with either low (ligands for receptors or transporters, substrates for enzymes) or high molecular mass molecules (proteins or nucleic acids in supramolecular assemblies). The scope for an in silico approach is discussed against a summary of the in vitro evidence on the structural and functional outcome of protein PTM.
authors.affiliation: Dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari, Università degli Studi di Milano, Gruppo di Studio per la Proteomica e la Struttura delle Proteine, Sezione di Scienze Farmacologiche, Via Balzaretti 9, I-20133 Milan, Italy. Electronic address: elisabetta.gianazza@unimi.it.
authors.forename: Elisabetta
authors.initials: E
authors.lastname: Gianazza
authors.affiliation: Dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari, Università degli Studi di Milano, Laboratorio di Biochimica e Biofisica Computazionale, Sezione di Biochimica, Biofisica, Fisiologia ed Immunopatologia, Via Trentacoste, 2, I-20134 Milan, Italy.
authors.forename: Chiara
authors.initials: C
authors.lastname: Parravicini
authors.affiliation: Dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari, Università degli Studi di Milano, Laboratorio di Biochimica e Biofisica Computazionale, Sezione di Biochimica, Biofisica, Fisiologia ed Immunopatologia, Via Trentacoste, 2, I-20134 Milan, Italy.
authors.forename: Roberto
authors.initials: R
authors.lastname: Primi
authors.affiliation: Institut für Medizinische Biochemie, Veterinärmedizinische Universität Wien, Veterinärplatz 1, A-1210 Vienna, Austria.
authors.forename: Ingrid
authors.initials: I
authors.lastname: Miller
authors.affiliation: Dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari, Università degli Studi di Milano, Laboratorio di Biochimica e Biofisica Computazionale, Sezione di Biochimica, Biofisica, Fisiologia ed Immunopatologia, Via Trentacoste, 2, I-20134 Milan, Italy.
authors.forename: Ivano
authors.initials: I
authors.lastname: Eberini
mesh_terms: D003198:Computer Simulation; D062105:Molecular Docking Simulation; D011499:Protein Processing, Post-Translational / Q000502:physiology*; D011506:Proteins / Q000737:chemistry* / Q000235:genetics* / Q000378:metabolism*; D020539:Sequence Analysis, Protein / Q000379:methods*
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keywords: Homology modeling; Molecular docking; Molecular dynamics; Molecular modeling; PTM prediction; Supramolecular assembly