title: Fatal Psychrobacter sp. infection in a pediatric patient with meningitis identified by metagenomic next-generation sequencing in cerebrospinal fluid.
abstract: The genus Psychrobacter contains environmental, psychrophilic and halotolerant gram-negative bacteria considered rare opportunistic pathogens in humans. Metagenomics was performed on the cerebrospinal fluid (CSF) of a pediatric patient with meningitis. Nucleic acids were extracted, randomly amplified, and sequenced with the 454 GS FLX Titanium next-generation sequencing (NGS) system. Sequencing reads were assembled, and potential virulence genes were predicted. Phylogenomic and phylogenetic studies were performed. Psychrobacter sp. 310 was identified, and several virulence genes characteristic of pathogenic bacteria were found. The phylogenomic study and 16S rRNA gene phylogenetic analysis showed that the closest relative of Psychrobacter sp. 310 was Psychrobacter sanguinis. To our knowledge, this is the first report of a meningitis case associated with Psychrobacter sp. identified by NGS metagenomics in CSF from a pediatric patient. The metagenomic strategy based on NGS was a powerful tool to identify a rare unknown pathogen in a clinical case.
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Joanna María
authors.initials: JM
authors.lastname: Ortiz-Alcántara
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: José Miguel
authors.initials: JM
authors.lastname: Segura-Candelas
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Fabiola
authors.initials: F
authors.lastname: Garcés-Ayala
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Elizabeth
authors.initials: E
authors.lastname: Gonzalez-Durán
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Araceli
authors.initials: A
authors.lastname: Rodríguez-Castillo
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Patricia
authors.initials: P
authors.lastname: Alcántara-Pérez
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Claudia
authors.initials: C
authors.lastname: Wong-Arámbula
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Maribel
authors.initials: M
authors.lastname: González-Villa
authors.affiliation: Laboratorio de Genética, Departamento de Zoología, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB), Instituto Politécnico Nacional, Prolongación de Carpio y Plan de Ayala, S/N, Col. Casco de Santo Tomás, Delegación Miguel Hidalgo, C.P. 11340, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Gloria
authors.initials: G
authors.lastname: León-Ávila
authors.affiliation: Unidad de Investigación Médica en Enfermedades Infecciosas, Hospital de Pediatría, Instituto Mexicano del Seguro Social, Centro Médico Nacional SXXI, Av. Cuauhtémoc 330, Col. Doctores, Hospital de Pediatría, UIMEIP, CMN SXXI, IMSS, C.P. 06720, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Adda Jeanette
authors.initials: AJ
authors.lastname: García-Chéquer
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico.|Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Paseo de las Facultades S/N, Ciudad Universitaria, C.P. 04510, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: José Alberto
authors.initials: JA
authors.lastname: Diaz-Quiñonez
authors.affiliation: Laboratorio de Bioinformática y Biotecnología Genómica, Departamento de Bioquímica, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB), Instituto Politécnico Nacional, Prolongación de Carpio y Plan de Ayala, S/N, Col. Casco de Santo Tomás, Delegación Miguel Hidalgo, C.P. 11340, Mexico, D.F., Mexico.
authors.forename: Alfonso
authors.initials: A
authors.lastname: Méndez-Tenorio
authors.affiliation: Departamento de Biología Molecular y Validación de Técnicas, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), Secretaría de Salud, Francisco de P. Miranda 117Bis, Col. Lomas de Plateros, Delegación Álvaro Obregón, C.P. 01480, Mexico, D.F., Mexico. ernesto.ramirez@salud.gob.mx.
authors.forename: José Ernesto
authors.initials: JE
authors.lastname: Ramírez-González
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