title: Exploring the Essential Dynamics of B-DNA.
abstract: The essential dynamics of different normal and chemically modified DNA duplexes pertaining to the B family have been extensively explored from molecular dynamics simulations using powerful data mining techniques. Some of them, which are presented here for the first time, might become standard, powerful tools to characterize the dynamical behavior of complex biomolecular structures such as nucleic acids. Their potential impact is illustrated by examining the extended trajectories sampled for the set of DNA duplexes considered in this study, which allows us to discuss the degree of conservation of the natural flexibility pattern of the different DNAs, which in specific cases contain severe chemical modifications.
authors.affiliation: Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomèdica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Fisicoquímica, Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Avgda Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Química, Universitat de Barcelona, Martí i Franquès 1, Barcelona 08028, Spain, Institució Catalana per la Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Passeig Lluís Companys, 23, 08018 Barcelona, Spain, and Structure and Modeling Node, Instituto Nacional de Bioinformática, Spain.
authors.forename: Alberto
authors.initials: A
authors.lastname: Pérez
authors.affiliation: Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomèdica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Fisicoquímica, Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Avgda Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Química, Universitat de Barcelona, Martí i Franquès 1, Barcelona 08028, Spain, Institució Catalana per la Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Passeig Lluís Companys, 23, 08018 Barcelona, Spain, and Structure and Modeling Node, Instituto Nacional de Bioinformática, Spain.
authors.forename: José Ramón
authors.initials: JR
authors.lastname: Blas
authors.affiliation: Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomèdica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Fisicoquímica, Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Avgda Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Química, Universitat de Barcelona, Martí i Franquès 1, Barcelona 08028, Spain, Institució Catalana per la Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Passeig Lluís Companys, 23, 08018 Barcelona, Spain, and Structure and Modeling Node, Instituto Nacional de Bioinformática, Spain.
authors.forename: Manuel
authors.initials: M
authors.lastname: Rueda
authors.affiliation: Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomèdica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Fisicoquímica, Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Avgda Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Química, Universitat de Barcelona, Martí i Franquès 1, Barcelona 08028, Spain, Institució Catalana per la Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Passeig Lluís Companys, 23, 08018 Barcelona, Spain, and Structure and Modeling Node, Instituto Nacional de Bioinformática, Spain.
authors.forename: Jose María
authors.initials: JM
authors.lastname: López-Bes
authors.affiliation: Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomèdica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Fisicoquímica, Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Avgda Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Química, Universitat de Barcelona, Martí i Franquès 1, Barcelona 08028, Spain, Institució Catalana per la Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Passeig Lluís Companys, 23, 08018 Barcelona, Spain, and Structure and Modeling Node, Instituto Nacional de Bioinformática, Spain.
authors.forename: Xavier
authors.initials: X
authors.lastname: de la Cruz
authors.affiliation: Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomèdica, Parc Científic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Fisicoquímica, Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona, Avgda Diagonal 643, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Química, Universitat de Barcelona, Martí i Franquès 1, Barcelona 08028, Spain, Institució Catalana per la Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Passeig Lluís Companys, 23, 08018 Barcelona, Spain, and Structure and Modeling Node, Instituto Nacional de Bioinformática, Spain.
authors.forename: Modesto
authors.initials: M
authors.lastname: Orozco