title: Improving Ribosomal RNA Integrity in Surgically Resected Human Brain Tumor Biopsies.
abstract: BACKGROUND
  Biopsies extracted from brain cancer patients often display degraded ribosomal RNA, which makes them unusable in transcriptomic experiments. This has not been properly documented in previous works aimed at refining the molecular classification of brain cancer.
  
  
  OBJECTIVE
  To determine RNA integrity in a large cohort of human brain cancer biopsies and to evaluate different factors that may influence RNA integrity in both a murine model of glioblastoma and in additional subsets of patient biopsies.
  
  
  METHODS
  Total RNA was isolated from 255 biopsies of various human brain tumors (HBTs) and processed on a Bioanalyzer. Correct RNA integrity was considered for samples showing either the ribosomal 28S/18S peak ratio ≥ 1.2 or RNA integrity number ≥ 6. The time-dependent effect of ex vivo ischemia was evaluated in a murine model, whose results were tested in a new collection of 27 human biopsies. Multiple biopsy sampling was considered in a further set comprising 32 biopsies.
  
  
  RESULTS
  The 255 human biopsies revealed a substantial percentage of samples displaying degraded RNA (27.5%). The murine model confirmed the known relevance of ex vivo ischemia time in increased RNA degradation. Human biopsies extracted immediately after cauterization showed a trend toward less RNA degradation. Combining snap freezing and multiple sampling of biopsies, the percentage of patients with degraded RNA was reduced by twofold (15.6%).
  
  
  CONCLUSIONS
  We provide a first concise study of factors influencing RNA degradation in HBT biopsies. Immediate biopsy removal after cauterization of the tumor area, snap freezing, and multiple sampling improve RNA quality.
authors.affiliation: 1 Servei de Genòmica i Bioinformàtica, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|2 Institut de Biotecnologia i de Biomedicina & Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Xavier
authors.initials: X
authors.lastname: Castells Domingo
authors.affiliation: 2 Institut de Biotecnologia i de Biomedicina & Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|3 Grup d'Aplicacions Biomèdiques de la RMN (GABRMN), Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Biociències, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|4 Centro de Investigación Biomédica en Red en Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina (CIBER-BBN) , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Laura
authors.initials: L
authors.lastname: Ferrer-Font
authors.affiliation: 3 Grup d'Aplicacions Biomèdiques de la RMN (GABRMN), Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Biociències, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Myriam
authors.initials: M
authors.lastname: Davila
authors.affiliation: 2 Institut de Biotecnologia i de Biomedicina & Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|3 Grup d'Aplicacions Biomèdiques de la RMN (GABRMN), Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Biociències, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|4 Centro de Investigación Biomédica en Red en Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina (CIBER-BBN) , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Ana Paula
authors.initials: AP
authors.lastname: Candiota
authors.affiliation: 3 Grup d'Aplicacions Biomèdiques de la RMN (GABRMN), Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Biociències, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Rui V
authors.initials: RV
authors.lastname: Simões
authors.affiliation: 4 Centro de Investigación Biomédica en Red en Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina (CIBER-BBN) , Cerdanyola del Vallès, Spain .|5 Departament de Neurocirurgia, Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL), Hospital Universitari de Bellvitge, L'Hospitalet de Llobregat , Spain .
authors.forename: Alejandro
authors.initials: A
authors.lastname: Fernández-Coello
authors.affiliation: 5 Departament de Neurocirurgia, Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL), Hospital Universitari de Bellvitge, L'Hospitalet de Llobregat , Spain .
authors.forename: Andreu
authors.initials: A
authors.lastname: Gabarrós
authors.affiliation: 6 Institut de Neuropatologia, Servei d'Anatomia Patològica, Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL), Hospital Universitari de Bellvitge, L'Hospitalet de Llobregat , Spain .
authors.forename: Susana
authors.initials: S
authors.lastname: Boluda
authors.affiliation: 1 Servei de Genòmica i Bioinformàtica, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Anna
authors.initials: A
authors.lastname: Barceló
authors.affiliation: 1 Servei de Genòmica i Bioinformàtica, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|2 Institut de Biotecnologia i de Biomedicina & Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Joaquín
authors.initials: J
authors.lastname: Ariño
authors.affiliation: 2 Institut de Biotecnologia i de Biomedicina & Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|3 Grup d'Aplicacions Biomèdiques de la RMN (GABRMN), Departament de Bioquímica i Biologia Molecular, Facultat de Biociències, Universitat Autònoma de Barcelona , Cerdanyola del Vallès, Spain .|4 Centro de Investigación Biomédica en Red en Bioingeniería, Biomateriales y Nanomedicina (CIBER-BBN) , Cerdanyola del Vallès, Spain .
authors.forename: Carles
authors.initials: C
authors.lastname: Arús
mesh_terms: D000818:Animals; D001706:Biopsy; D001831:Body Temperature; D001932:Brain Neoplasms / Q000235:genetics* / Q000473:pathology / Q000601:surgery; D005260:Female; D006801:Humans; D051379:Mice; D008810:Mice, Inbred C57BL; D012335:RNA, Ribosomal / Q000235:genetics*
chemical_list: D012335:RNA, Ribosomal