title: Exploiting Free-Energy Minima to Design Novel EphA2 Protein-Protein Antagonists: From Simulation to Experiment and Return.
abstract: The free-energy surface (FES) of protein-ligand binding contains information useful for drug design. Here we show how to exploit a free-energy minimum of a protein-ligand complex identified by metadynamics simulations to design a new EphA2 antagonist with improved inhibitory potency.
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Simonetta
authors.initials: S
authors.lastname: Russo
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Donatella
authors.initials: D
authors.lastname: Callegari
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Matteo
authors.initials: M
authors.lastname: Incerti
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Daniele
authors.initials: D
authors.lastname: Pala
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Carmine
authors.initials: C
authors.lastname: Giorgio
authors.affiliation: Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di Siena, Via Fiorentina 1, 53100, Siena, Italy.
authors.forename: Jlenia
authors.initials: J
authors.lastname: Brunetti
authors.affiliation: Dipartimento di Biotecnologie Mediche, Università degli Studi di Siena, Via Fiorentina 1, 53100, Siena, Italy.
authors.forename: Luisa
authors.initials: L
authors.lastname: Bracci
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Paola
authors.initials: P
authors.lastname: Vicini
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Elisabetta
authors.initials: E
authors.lastname: Barocelli
authors.affiliation: Department of Chemistry and Pharmaceutical Sciences, VU University, De Boelelaan 1083, 1081 HV, Amsterdam, the Netherlands.
authors.forename: Luigi
authors.initials: L
authors.lastname: Capoferri
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Silvia
authors.initials: S
authors.lastname: Rivara
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Massimiliano
authors.initials: M
authors.lastname: Tognolini
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy.
authors.forename: Marco
authors.initials: M
authors.lastname: Mor
authors.affiliation: Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Parma, Viale delle Scienze 27A, 43124, Parma, Italy. alessio.lodola@unipr.it.
authors.forename: Alessio
authors.initials: A
authors.lastname: Lodola
mesh_terms: D001665:Binding Sites; D015195:Drug Design; D006801:Humans; D007700:Kinetics; D008024:Ligands; D062105:Molecular Docking Simulation; D011485:Protein Binding; D017434:Protein Structure, Tertiary; D036104:Receptor, EphA2 / Q000037:antagonists & inhibitors / Q000378:metabolism*; D020349:Surface Plasmon Resonance; D013816:Thermodynamics
chemical_list: D008024:Ligands; D036104:Receptor, EphA2
keywords: computational chemistry; drug design; metadynamics; steroids; surface plasmon resonance