GHap: an R package for genome-wide haplotyping.
The GHap R package was designed to call haplotypes from phased marker data. Given user-defined haplotype blocks (HapBlock), the package identifies the different haplotype alleles (HapAllele) present in the data and scores sample haplotype allele genotypes (HapGenotype) based on HapAllele dose (i.e. 0, 1 or 2 copies). The output is not only useful for analyses that can handle multi-allelic markers, but is also conveniently formatted for existing pipelines intended for bi-allelic markers.



https://cran.r-project.org/package=GHap



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Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Reprodução Animal, UNESP - Univ. Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 14884-900 Jaboticabal, São Paulo, Brazil International Atomic Energy Agency (IAEA) Collaborating Centre on Animal Genomics and Bioinformatics, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil.
Yuri T
YT
Utsunomiya
International Atomic Energy Agency (IAEA) Collaborating Centre on Animal Genomics and Bioinformatics, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil Departamento de Apoio, Produção e Saúde Animal, UNESP - Univ. Estadual Paulista, Faculdade de Medicina Veterinária de Araçatuba, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil.
Marco
M
Milanesi
International Atomic Energy Agency (IAEA) Collaborating Centre on Animal Genomics and Bioinformatics, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil Departamento de Apoio, Produção e Saúde Animal, UNESP - Univ. Estadual Paulista, Faculdade de Medicina Veterinária de Araçatuba, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil.
Adam T H
AT
Utsunomiya
Istituto di Zootecnica, Università Cattolica del Sacro Cuore, 29122 Piacenza, Italy.
Paolo
P
Ajmone-Marsan
Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Reprodução Animal, UNESP - Univ. Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 14884-900 Jaboticabal, São Paulo, Brazil International Atomic Energy Agency (IAEA) Collaborating Centre on Animal Genomics and Bioinformatics, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil Departamento de Apoio, Produção e Saúde Animal, UNESP - Univ. Estadual Paulista, Faculdade de Medicina Veterinária de Araçatuba, 16050-680 Araçatuba, São Paulo, Brazil.
José F
JF
Garcia
D019295:Computational Biology / Q000379:methods; D003198:Computer Simulation; D001330:Electronic Data Processing; D005838:Genotype; D006239:Haplotypes; D006801:Humans; D016014:Linear Models; D012984:Software