Validation of reference genes for RT-qPCR analysis in Herbaspirillum seropedicae.
The RT-qPCR technique needs a validated set of reference genes for ensuring the consistency of the results from the gene expression. Expression stabilities for 9 genes from Herbaspirillum seropedicae, strain HRC54, grown with different carbon sources were calculated using geNorm and NormFinder, and the gene rpoA showed the best stability values.
Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, Centro de Ciências da Saúde - CCS, Campus Ilha do Fundão, Av. Carlos Chagas Filho, 373 - Cidade Universitária, CEP: 21941-590 Rio de Janeiro, RJ, Brazil; Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia, CNPAB, Embrapa, Laboratório de Genética e Bioquímica, Embrapa Agrobiologia, BR 465, Km 7, s/n, Pavilhão Johanna Döbereiner, Bairro Ecologia, CEP: 23890-000 Seropédica, RJ, Brazil. Electronic address: dani.villarinho@gmail.com.
Daniella Duarte Villarinho
DDV
Pessoa
Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia, CNPAB, Embrapa, Laboratório de Genética e Bioquímica, Embrapa Agrobiologia, BR 465, Km 7, s/n, Pavilhão Johanna Döbereiner, Bairro Ecologia, CEP: 23890-000 Seropédica, RJ, Brazil.
Marcia Soares
MS
Vidal
Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia, CNPAB, Embrapa, Laboratório de Genética e Bioquímica, Embrapa Agrobiologia, BR 465, Km 7, s/n, Pavilhão Johanna Döbereiner, Bairro Ecologia, CEP: 23890-000 Seropédica, RJ, Brazil.
José Ivo
JI
Baldani
Centro Nacional de Pesquisa de Agrobiologia, CNPAB, Embrapa, Laboratório de Genética e Bioquímica, Embrapa Agrobiologia, BR 465, Km 7, s/n, Pavilhão Johanna Döbereiner, Bairro Ecologia, CEP: 23890-000 Seropédica, RJ, Brazil. Electronic address: jean.araujo@embrapa.br.
Jean Luiz
JL
Simoes-Araujo
D002244:Carbon / Q000378:metabolism; D005798:Genes, Bacterial; D020043:Genes, Essential; D042803:Herbaspirillum / Q000235:genetics* / Q000378:metabolism; D060888:Real-Time Polymerase Chain Reaction / Q000379:methods*
D002244:Carbon
Carbon source; Expression stability; Herbaspirillum seropedicae; Housekeeping genes; qPCR internal control