title: Evaluation of a new extraction protocol for yeast identification by mass spectrometry.
abstract: In this paper, we evaluate a rapid and safe pretreatment procedure using glass beads for MALDI-TOF yeast identification in a routine clinical laboratory avoiding the use of formic acid. We created a new yeast database library using 1186 yeasts, including 11 references strains. The database was tested using 2131 clinical isolates allowing accurate species-level identification in 98.9% (2107/2131) of cases with a score over 1.9 and in 99% (2123/2131) of the strains at the genus level. The new protocol is a rapid, reliable and safe procedure for the accurate identification of pathogenic Candida strains and requires minimal handling.
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France; Pôle de Maladies Infectieuses, Hôpital de la Timone, Rue St Pierre, 13385 Marseille, France.
authors: Frédérique
authors: F
authors: Gouriet
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France.
authors: Farida
authors: F
authors: Ghiab
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France; Pôle de Maladies Infectieuses, Hôpital de la Timone, Rue St Pierre, 13385 Marseille, France.
authors: Carine
authors: C
authors: Couderc
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France.
authors: Fadi
authors: F
authors: Bittar
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France.
authors: Hervé
authors: H
authors: Tissot Dupont
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France; Pôle de Maladies Infectieuses, Hôpital de la Timone, Rue St Pierre, 13385 Marseille, France.
authors: Christophe
authors: C
authors: Flaudrops
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France; Pôle de Maladies Infectieuses, Hôpital de la Timone, Rue St Pierre, 13385 Marseille, France.
authors: Jean-Paul
authors: JP
authors: Casalta
authors: Hôpital Principal de Dakar, Dakar, Senegal.
authors: Bissoume
authors: B
authors: Sambe-Ba
authors: Hôpital Principal de Dakar, Dakar, Senegal.
authors: Bécaye
authors: B
authors: Fall
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France; Pôle de Maladies Infectieuses, Hôpital de la Timone, Rue St Pierre, 13385 Marseille, France. Electronic address: didier.raoult@gmail.com.
authors: Didier
authors: D
authors: Raoult
authors: Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes, UM 63, UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095, Aix-Marseille Université, Faculté de médecine, 13385 Marseille, France; Pôle de Maladies Infectieuses, Hôpital de la Timone, Rue St Pierre, 13385 Marseille, France.
authors: Florence
authors: F
authors: Fenollar
mesh_terms: D002175:Candida / Q000145:classification* / Q000302:isolation & purification* / Q000472:pathogenicity; D002177:Candidiasis / Q000382:microbiology; D016208:Databases, Factual; D005561:Formates; D005898:Glass; D006801:Humans; D008863:Microspheres; D009172:Mycology / Q000379:methods*; D019032:Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization / Q000379:methods*; D015003:Yeasts
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keywords: Identification; Mass spectrometry; Yeast