Optimization of total RNA isolation from human urinary sediment.
Extracting RNA from human urinary sediment is notoriously challenging because of cell paucity and hostile environment and column-based commercial kits using silica technology are commonly used. Nonetheless, in our experience, this methodology yields low amounts of total RNA and has low rates of success. We replaced the column-based commercial kit by a protocol using guanidine isothiocyanate-phenol-chloroform buffer (Trizol reagent) followed by addition of glycogen as a carrier and precipitation with isopropanol plus sodium acetate. This methodology was more affordable and efficient for urinary sediment total RNA isolation than silica technology, resulting in higher concentrations of total RNA of better quality.
Laboratório de Investigações Médicas (LIM-18) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Arnaldo, 455, #3324, 01246-903 São Paulo, SP, Brazil.
Maria Beatriz
MB
Monteiro
Laboratório de Investigações Médicas (LIM-18) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Arnaldo, 455, #3324, 01246-903 São Paulo, SP, Brazil.
Daniele Pereira
DP
Santos-Bezerra
Laboratório de Investigações Médicas (LIM-18) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Arnaldo, 455, #3324, 01246-903 São Paulo, SP, Brazil.
Karina
K
Thieme
Laboratório de Lípides (LIM-10) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Arnaldo, 455, #3305, 01246-903 São Paulo, SP, Brazil.
Marisa
M
Passarelli
Departamento de Fisiologia e Biofísica do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade de São Paulo, Av. Prof. Lineu Prestes 1524, 05508-900 São Paulo, SP,Brazil.
Ubiratan Fabres
UF
Machado
Laboratório de Patologia Molecular (LIM-22) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Arnaldo, 455, #1144, 01246-903 São Paulo, SP, Brazil.
Chin Jia
CJ
Lin
Laboratório de Investigações Médicas (LIM-18) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Av. Dr. Arnaldo, 455, #3324, 01246-903 São Paulo, SP, Brazil; Núcleo de Terapia Celular e Molecular (NUCEL/NETCEM) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, R. Pangaré, 05360-120 São Paulo, SP, Brazil. Electronic address: malugia@lim25.fm.usp.br.
Maria Lúcia
ML
Corrêa-Giannella
D003922:Diabetes Mellitus, Type 1 / Q000652:urine*; D006801:Humans; D012313:RNA / Q000302:isolation & purification* / Q000652:urine*
D012313:RNA
Chronic kidney disease; Gene expression; RNA; RNA isolation; Urinary sediment