title: Faecal virome of healthy chickens reveals a large diversity of the eukaryote viral community, including novel circular ssDNA viruses.
abstract: This study is focused on the identification of the faecal virome of healthy chickens raised in high-density, export-driven poultry farms in Brazil. Following high-throughput sequencing, a total of 7743 de novo-assembled contigs were constructed and compared with known nucleotide/amino acid sequences from the GenBank database. Analyses with blastx revealed that 279 contigs (4 %) were related to sequences of eukaryotic viruses. Viral genome sequences (total or partial) indicative of members of recognized viral families, including Adenoviridae, Caliciviridae, Circoviridae, Parvoviridae, Picobirnaviridae, Picornaviridae and Reoviridae, were identified, some of those representing novel genotypes. In addition, a range of circular replication-associated protein encoding DNA viruses were also identified. The characterization of the faecal virome of healthy chickens described here not only provides a description of the viruses encountered in such niche but should also represent a baseline for future studies comparing viral populations in healthy and diseased chicken flocks. Moreover, it may also be relevant for human health, since chickens represent a significant proportion of the animal protein consumed worldwide.
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Diane A
authors.initials: DA
authors.lastname: Lima
authors.affiliation: Laboratório de Virologia, Faculdade de Veterinária, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Samuel P
authors.initials: SP
authors.lastname: Cibulski
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Fabrine
authors.initials: F
authors.lastname: Finkler
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Thais F
authors.initials: TF
authors.lastname: Teixeira
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Ana Paula M
authors.initials: APM
authors.lastname: Varela
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Cristine
authors.initials: C
authors.lastname: Cerva
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Márcia R
authors.initials: MR
authors.lastname: Loiko
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Camila M
authors.initials: CM
authors.lastname: Scheffer
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Helton F
authors.initials: HF
authors.lastname: Dos Santos
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Fabiana Q
authors.initials: FQ
authors.lastname: Mayer
authors.affiliation: FEPAGRO Saúde Animal - Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (IPVDF), Rio Grande do Sul, Brazil.|Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde (ICBS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Rio Grande do Sul, Brazil.
authors.forename: Paulo M
authors.initials: PM
authors.lastname: Roehe
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