Insights into the Binding of Cyclic RGD Peptidomimetics to α5β1Integrin by using Live-Cell NMR And Computational Studies.
The interaction of a small library of cyclic DKP-RGD peptidomimetics with α5β1integrin has been investigated by means of an integrated experimental and computational approach. Bioaffinity NMR techniques, including saturation transfer difference (STD) and transferred NOESY, were applied to the ligands in a suspension of intact MDA-MB-231 breast cancer cells, in which integrin α5β1is highly expressed. The NMR data were compared with the docking calculations of the RGD ligands in the crystal structure of the α5β1binding site, and were integrated with competitive binding assays to the purified α5β1integrin. Ligand binding epitopes involve protons of both the RGD moiety and the DKP scaffold, although the stereochemistry and the functionalization of the DKP scaffold as well as the macrocycle conformation determine a great variability in the interaction. The ligand showing the highest number of STD signals is also the most potent α5β1ligand of the series, displaying a nanomolarIC50value.
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Ileana
0000-0003-2137-9243
I
Guzzetti
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Monica
0000-0001-5171-1062
M
Civera
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Francesca
0000-0002-3926-8261
F
Vasile
CNR-Istituto di Scienze e Tecnologie Molecolari (ISTM) Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Daniela
0000-0001-5486-3504
D
Arosio
Dipartimento di Biotecnologie Mediche e Medicina Traslazionale Università degli Studi di Milano Via Fratelli Cervi, 93 20090 Segrate (MI) Italy.
Cristina
0000-0002-0632-6197
C
Tringali
Dipartimento di Scienza e Alta Tecnologia Università degli Studi dell'Insubria Via Valleggio, 11 22100 Como Italy.
Umberto
0000-0002-6952-1811
U
Piarulli
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Cesare
0000-0002-7635-4900
C
Gennari
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Luca
0000-0002-7200-9720
L
Pignataro
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Laura
0000-0002-3593-2970
L
Belvisi
Dipartimento di Chimica Università degli Studi di Milano Via Golgi, 19 20133 Milano Italy.
Donatella
0000-0001-5469-8027
D
Potenza
NMR spectroscopy; RGD peptidomimetics; integrins; ligand–protein interactions; molecular docking