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--readTypes=TBB --read1PairFiles=QSC_KO_scRNAseq_rep1_I1_001.fastq.gz --read2PairFiles=QSC_KO_scRNAseq_rep1_R1_001.fastq.gz --read3PairFiles=QSC_KO_scRNAseq_rep1_R2_001.fastq.gz